Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PRKCI_0001500

Sequence Length

1735 nt

GC Content

0.4167

GUGGGCAGAUCUUGAGGUCAGGAAAUCGAGACCAUCCUGGCUAACAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUCCAAAAAAUUAGCCGGGCGUGGUGGCAGGUGCCUAUAGUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAAGAGAAUGGCAUGAACCUGGGAGGCAGAGCUUGCAGUGAGCCGAGAUCGUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAGCAAGACUCCAUCUAAAAUAAAAAAAAAUGUCUAUUCAGGGCUAGGGAUGGUGUCUCACGCUUGUAAUCCCACCACUUUGGGAGGCCGAGGCGGGCGGAUCACUUGAGGUCAGGAGUUCCAGACCAGCCAGGCCAACAUGGUGAAACCCUGUCUCUACUAAAACUACAAAAAUUAGCUGGGCAUGGUGGCACGUGCCUGCAAUCCCAGCUACUUGGGAGGCCGAGGCAGUAGAACUACUUGAACCCAGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUUACGCCACUGCACUCCAGCCUGGGUGACAGAGCAAGAUCCGUUUCCAAAAAAAAAAAAGGAAAAAUGUCUAUUCAUAUCUUUUGCCCAUUAUUUAAUCAGAUUAUUAGGUUUUUUUUUUCCUAUUGAGUUGUUUGAACUCCUUGUCUAUUCUGGUUAUUAAUCCUUUGUCAGAUGCAUAGUGUGCAAAUAUUUUCUCCCAUUCUGUGGGUUGUCUCUUCAUUUUUUUGAUUGCUUUGUUUUGCAGAAACCUAAGUUGAUGUGAUCCCACUUACCUAUUUUUGCUUUGAUUACCUGUGAUUGCGGGGUGCUACUCAAGAAUUACUUGCCUGGACCAGUGUCAUGGAGAGUUUCCACAGUUUUUUCUUUUAGUAGUUGCAUAGUUUGAGGUUUUGGAUUUAAGUCUUUAAUUCAUUUUGAUUUGAUUUUUGUAUAUGGCGAGAAAUAGGGGUCUAGUUUCAUUCAUUCUUCUGCAUGUGGAUAUCUUGUUUUCCCAGCACUAUUUAUUGACAGUCUUAUUUAUUGAAGGCUGUCUUUUCCCCAGUGUUAUGUUCUUGGCACCUUUGUAAAAAAUGAGUUCACUCUAGAUGUAUGGAUUUAUUUCUGGGUUCUCUCUUCUGUUCCAUCGGUUUAUGUGUCUGUUUUUAUGCCAGCACCAUCCUGCUUUGGUUACUACAGUUUGUAGUAUAAUUUAAAGGCAUAGAAUGUGAUCCCUCCAGUUUUGUUCUUUUUGUUCAGGCUAGCUUUGGCCAUUCUGGGUCUUUUGUGGUUCCAUAUAAAUUUACAAUGAUUUUUUUCUAUUUCUGUGAAGAAUGUUAUUGGUAUUUUGAUAGGGAUUACACUGAAUCUGUAGAUUGCUUUCAGUAGUAUGGACAUUUUAACAGUAUUGAUUCUUCCAAUCCAUGAACAUGGAAUAUCUUUCCUUUUUUUUUUUUAAUGUGUAUGUCUUCUUCAGUUUCUUGUAUCAGUAUUUUAUGAUUUUCAUUGUAAAGAAAGAGAUCUUUCACUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACAGAGUUUCACUUUUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCACGAUCUCAGCUCACUGCAACCUCCACCUCCCGGGUUCAAGUGGUUCUCCUGCCUCAGUCUCCCGAGUAGCUGGGAUUACAGGGAUGCACCACCAUGCCUGGCUAAUUUUGUAUUUUUAGUGGAGACGAGGUUUCUCCAUGUUAGUCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGACCUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-677.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -703.77

Frequency: 0.0000

Diversity: 363.09

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.........)((((((((((((..(((((((((.((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((....(((((((((((((((((((((...((.(((.(((((((((((((((.(((((((((((((.((((((.((.(((((((((((((..(((.(((((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((.((((.((((((...............((((.....))))...)))))).))))...))))....(((((......)))))((((..(((.((((((.(.((((....)))).).))).).)).))).)))).....((((((((.(((((((....((((..(.(((((.((((((((..((..(((....)))..))..)))))))).((((((((((((((.(((((((......((((((((.((((.(((..(((((((.((.........))))))))))))..))))(((((((((((((((((...(((((............)))))...))))..........(((((.((((((.((((((((.((.((((..........))))..(((((.....)))))......)).))))))))...(((........)))..)))))).)))))................(((((..(((.(.(((.(((.....((((........))))......))).))).).))))))))...........))))))).))))))....(((((((((((....(((((((.....((((((...(((((...(((((((.((((((..................((((.((..((((...(((((((((((((.............)))))))(((((((.....)))))))......)))))).....))))..))..)))))))))).)).....)))))..))))).......(((((((((........)))))))))......)))).))...)))))))))))).)))))).(((((((((((..(.....)..)))))))))))))))))))....))))))))).)))))......(((...(((((((((...((((........))))(((((((...))))))).........)))))))))...))).....((((.(((((.....((((((.((((.....((((......))))...(((((((((...((((.(..(((((((.((((((.........)))))).)))))))..).))))...)))))))))(((((...(((...))).))))))))).))))))....))))).))))...)))))))(((((....)))))...........((((((((((((..(((...(((.............................)))...)))..)))))))))))).............))))).)..))))....))))))).))))))))..))))))))))))))))))))).)))))))))))).))))))))))).)))..))))))))))))).)).)))))).))))))))))))).))))))))))))))).))).))...)))))))))))))))))))))..)))))))))))))))).)))))).)))))))))))))).)))))))))..))))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

({......},|((((((((((((..(((((((((.((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((.(({{{{((((((((((((((((((...((.(((.(((((((((((((((.(((((((((((((.((((((.((.(((((((((((((..(((.(((((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((.((((.((((((...............((((.....))))...)))))).))))...)))}....(((((......)))))((((..(((.(({(((.{.((((....)))).).))).}.)).))).)))).....((((((((.(((((((....((((..,.{({{,.((((((((..({..(((....)))..)}..)))))))).((((((((((((((.(((((({......(((((((({((((.({({.(((((((.((.........)))))))))}}},.})))((((((({(((((((({.,.(((((............)))}}.,{{,,,...}}|.,.,{((((,,{{(({.,((((((({{{.((((..........))))..(((((.....)))))...,..,,.|||||,,,...,.|,...,},}))},,|}|,||{||||.,,,,..........,,(((((..,,(,(,(((,.,...,|,,{((........}}||,||...|||,}||.|,|},,,})).,,.....}}))))}}}}.}}}|||,,..,{||||((({(,,..(((({{{..,,,|{{{|{,,.{{{||,,}||||||..||||||}...........,}}}..||||,|{..{(((,..,{(((({{,,|{|...,,.,,,...,)))))))||{{{||,...,))))))}..,,|}))))}}...,,})))..)}..))))}))))}.},,,...,,}}},||||||.......(((((((((........)))))))))......}}))})),..))))})))))))}}}))},.,((((((((((..(.....)..)))))))))))))))))))....}})))}})).))))}....{.(((...(((((((((.,.({{{........)))}(((((({...})))))).........)))))))))...))).,...((((.(((((.....((((((.((((.,,..(({|{.{{{{{{{,...(((((((((.({((((.{..(((((((.((((((.........)))))).)))))))..).))),})})))))))))..|||,}}.,})).}))}...,})))).))))))....))))).))))...}}))))},,{{{,.,.}}|||{.....}}}}.,,,,,,,,,.,,,,||{.,,|||,,.,,,.,.....,,.{{{{........})))...})},,.|||||||||||.....,.},,,,,}}}}},,..,))}....))))))).)))))))).,))))))))))))))))))))).)))))))))))).))))))))))).)))..))))))))))))).)).)))))).))))))))))))).))))))))))))))).))).))...)))))))))))))))))))))).)))))))))))))))).)))))).)))))))))))))).)))))))))..))))))))))))