Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PRKCI_0003500
Sequence Length
1480 nt
GC Content
0.4243
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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-394.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -426.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 541.62
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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