Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PRKCI_0005100

Sequence Length

1339 nt

GC Content

0.4227

AAUCCAUCUACCGUAGAGGUGCACGCCGCUGGAGAAAGCUUUAUUGUGCCAAUGGCCACACUUUCCAAGCCAAGCGUUUCAACAGGCGUGCUCACUGUGCCAUCUGCACAGACCGAAUAUGGGGACUUGGACGCCAAGGAUAUAAGUGCAUCAACUGCAAACUCUUGGUUCAUAAGAAGUGCCAUAAACUCGUCACAAUUGAAUGUGGGCGGCAUUCUUUGCCACAGGAACCAGUGAUGCCCAUGGAUCAGUCAUCCAUGCAUUCUGACCAUGCACAGACAGUAAUUCCAUAUAAUCCUUCAAGUCAUGAGAGUUUGGAUCAAGUUGGUGAAGAAAAAGAGGCAAUGAACACCAGGGAAAGUGGCAAAGCUUCAUCCAGUCUAGGUCUUCAGGAUUUUGAUUUGCUCCGGGUAAUAGGAAGAGGAAGUUAUGCCAAAGUACUGUUGGUUCGAUUAAAAAAAACAGAUCGUAUUUAUGCAAUGAAAGUUGUGAAAAAAGAGCUUGUUAAUGAUGAUGAGGAUAUUGAUUGGGUACAGACAGAGAAGCAUGUGUUUGAGCAGGCAUCCAAUCAUCCUUUCCUUGUUGGGCUGCAUUCUUGCUUUCAGACAGAAAGCAGAUUGUUCUUUGUUAUAGAGUAUGUAAAUGGAGGAGACCUAAUGUUUCAUAUGCAGCGACAAAGAAAACUUCCUGAAGAACAUGCCAGAUUUUACUCUGCAGAAAUCAGUCUAGCAUUAAAUUAUCUUCAUGAGCGAGGGAUAAUUUAUAGAGAUUUGAAACUGGACAAUGUAUUACUGGACUCUGAAGGCCACAUUAAACUCACUGACUACGGCAUGUGUAAGGAAGGAUUACGGCCAGGAGAUACAACCAGCACUUUCUGUGGUACUCCUAAUUACAUUGCUCCUGAAAUUUUAAGAGGAGAAGAUUAUGGUUUCAGUGUUGACUGGUGGGCUCUUGGAGUGCUCAUGUUUGAGAUGAUGGCAGGAAGGUCUCCAUUUGAUAUUGUUGGGAGCUCCGAUAACCCUGACCAGAACACAGAGGAUUAUCUCUUCCAAGUUAUUUUGGAAAAACAAAUUCGCAUACCACGUUCUCUGUCUGUAAAAGCUGCAAGUGUUCUGAAGAGUUUUCUUAAUAAGGACCCUAAGGAACGAUUGGGUUGUCAUCCUCAAACAGGAUUUGCUGAUAUUCAGGGACACCCGUUCUUCCGAAAUGUUGAUUGGGAUAUGAUGGAGCAAAAACAGGUGGUACCUCCCUUUAAACCAAAUAUUUCUGGGGAAUUUGGUUUGGACAACUUUGAUUCUCAGUUUACUAAUGAACCUGUCCAGCUCACUCCAGAUGACGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-355.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -384.30

Frequency: 0.0000

Diversity: 486.62

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...((.((((...))))))....((.((((((((..((((....((((((...)).))))...((((((((((((((((....)))))).......((((((((((.(((((((((.(((((.(.((((...(((((((.....(((......)))......)))))))...))))...).)))))...)))........(((((((((.((((.....)))).).((((..(.((.((..(((((.((((.............)))))))))..))..)).)..))))..(((((((((..(((((.(.(((((((.......((((((...................)))))).....(((((....(((((...(((((((.(((((((((...((((((.((((........)))...).)))))).(((((.......))))).(((((..........))))).......(((((....)))))........((((...((((((.((.(((((...(((((((((.((((((.(......).)))))).......)))))))))))))))).))))))))))(((.(((.((((((.....))))))))).)))((((((((.....(((((.(((((.(((...)))..)))))))))).....)))))))).....)))))))))(((((((((.((((((((((((((......))).))..((((((((((((......)).)))))))))).))))...))))))))).).))))....))))))).))))))))))..))))))).))))))..((((.((((((...((((.(((.((.(((((.............))))))).))).))))..))))))))))..(((((((.(((..........))).)))))))(((((..((((((((...(((((((.((((.((.(.(((((..(((......)))..))))).).))...)))).)))))))...)))..)))))))))).)))))))))...(((((((....)))))))...............))))))))...))))))....(((.((.(((((((((.((..((((......((....))..((((.((.(((((.((((((((.....)))))...((((...)))).)))))))).))))))))))..))..)))))))))..)).))).....)))))))))).(((((.................)))))..)))))))))).............(((((((....)))).)))...))))..)))))).)).)).

Thermodynamic Ensemble Prediction

....(((((,((,{{..||{(((((((.,({({({,{((({...((((((...))},)}}.,..,,,,||,}}}}.}}}}..,,)))))))...((((((.....)))))),||...}}}}},{{(((({,.,||{(((,,....{,((({{.,||{....,{||||||.{,.{{|,,{{{{{,,....,{{((({,...,,.||||||,||||}}}},})}}.},|||..|||}|||||.{((((((.....))))))),,,||||.,,.,,..}}}},,,,...,,|.,||.|||||||}||||..|.({{{{{({{{,..{((((((,,......{{{{{..{{..|||,,......})),|}..}||||({{{((((.,,{((((((,,{{{{((((,,{(((,.,.,,,,,|,...,|,,,,}},,||}.,..,.|||||}||,{{{{{........,.)}}}},.|||.,{(({(....})))),.,...,}))),,})}}}.})),.)}}}}))..,}}}}}|||.,,{{{{{(,,{{{{|.((((((((..(((((((((((.((((((((((((({,(((((({{({{((((((.....))))))))}.,.,,((((((({{{..,,.||}||||}}||({{{{.....))))),,)))))))..,,||(((((({,.{{..(((((((,,(((.((((((..,(((((..,,,{|||.,,..((((((((((((......)))))))))))))..,))}},|||{{||||.{{{((({....,|||{{{{,,.((((.,.,|,..{{|.((||{,{{,,,..||||,|}..||||,||,}}}}{{{{|.,,,.,,{{,......}))),))},)))}..,))))))){{(((...........))))}....,,.,})}}))}(((({..((((((((.,.(((((((.((((.,,.{.(((((..(((......)))..))))}.}.,,...)))).))))))).,.)))..)))))})))),({(|....,))}|((((((....)))))),..........,....,,,.}}},)))))..)))))}.))),..}))))))..}))))))))))})))))))....)))))..))))))),}))).,.)))))))),}.,.}})},....}}|(({|{{{(.(({,{((({..(((((......)))))..)))))....}}).))))...,,))}}|{{((((((({{.,{{{...})}))))))))))}|,,....||,.,,}},|||||,,,,),}},.}))))))))}.},,,))))).,..