Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PRKCI_0005700
Sequence Length
1253 nt
GC Content
0.4166
CGUGCUCACUGUGCCAUCUGCACAGACCGAAUAUGGGGACUUGGACGCCAAGGAUAUAAGUGCAUCAACUGCAAACUCUUGGUUCAUAAGAAGUGCCAUAAACUCGUCACAAUUGAAUGUGGGCGGCAUUCUUUGCCACAGGAACCAGUGAUGCCCAUGGAUCAGUCAUCCAUGCAUUCUGACCAUGCACAGACAGUAAUUCCAUAUAAUCCUUCAAGUCAUGAGAGUUUGGAUCAAGUUGGUGAAGAAAAAGAGGCAAUGAACACCAGGGAAAGUGGCAAAGCUUCAUCCAGUCUAGGUCUUCAGGAUUUUGAUUUGCUCCGGGUAAUAGGAAGAGGAAGUUAUGCCAAAGUACUGUUGGUUCGAUUAAAAAAAACAGAUCGUAUUUAUGCAAUGAAAGUUGUGAAAAAAGAGCUUGUUAAUGAUGAUGAGGAUAUUGAUUGGGUACAGACAGAGAAGCAUGUGUUUGAGCAGGCAUCCAAUCAUCCUUUCCUUGUUGGGCUGCAUUCUUGCUUUCAGACAGAAAGCAGAUUGUUCUUUGUUAUAGAGUAUGUAAAUGGAGGAGACCUAAUGUUUCAUAUGCAGCGACAAAGAAAACUUCCUGAAGAACAUGCCAGAUUUUACUCUGCAGAAAUCAGUCUAGCAUUAAAUUAUCUUCAUGAGCGAGGGAUAAUUUAUAGAGAUUUGAAACUGGACAAUGUAUUACUGGACUCUGAAGGCCACAUUAAACUCACUGACUACGGCAUGUGUAAGGAAGGAUUACGGCCAGGAGAUACAACCAGCACUUUCUGUGGUACUCCUAAUUACAUUGCUCCUGAAAUUUUAAGAGGAGAAGAUUAUGGUUUCAGUGUUGACUGGUGGGCUCUUGGAGUGCUCAUGUUUGAGAUGAUGGCAGGAAGGUCUCCAUUUGAUAUUGUUGGGAGCUCCGAUAACCCUGACCAGAACACAGAGGAUUAUCUCUUCCAAGUUAUUUUGGAAAAACAAAUUCGCAUACCACGUUCUCUGUCUGUAAAAGCUGCAAGUGUUCUGAAGAGUUUUCUUAAUAAGGACCCUAAGGAACGAUUGGGUUGUCAUCCUCAAACAGGAUUUGCUGAUAUUCAGGGACACCCGUUCUUCCGAAAUGUUGAUUGGGAUAUGAUGGAGCAAAAACAGGUGGUACCUCCCUUUAAACCAAAUAUUUCUGGGGAAUUUGGUUUGGACAACUUUGAUUCUCAGUUUACUAAUGAACCUGUCCAGCUCACUCCAGAUGACGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-328.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -353.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 452.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.....((((((.....))))))......(((((.(.((((...(((((((.....(((......)))......)))))))...))))...).))))).))((((((.....((((((.(((((((.....))))...((...(((.(((((..((((((.....)))))))))))))).))....((((((((.........(((((((((..(((((.(.(((((((.......((((((...................)))))).....(((((....(((((...(((((((.(((((((((...((((((.((((........)))...).)))))).(((((.......))))).(((((..........))))).......(((((....)))))........((((...((((((.((.(((((...(((((((((.((((((.(......).)))))).......)))))))))))))))).))))))))))(((.(((.((((((.....))))))))).)))((((((((.....(((((.(((((.(((...)))..)))))))))).....)))))))).....)))))))))(((((((((.((((((((((((((......))).))..((((((((((((......)).)))))))))).))))...))))))))).).))))....))))))).))))))))))..))))))).))))))..((((.((((((...((((.(((.((.(((((.............))))))).))).))))..))))))))))..(((((((.(((..........))).)))))))(((((..((((((((...(((((((.((((.((.(.(((((..(((......)))..))))).).))...)))).)))))))...)))..)))))))))).)))))))))...(((((((....)))))))........................))))))))...((((.(((.((((((..((.(((((.......))))).))..)))))).)))))))...(((((.....)))))..))).))))))(((((((((.(((.(((((..(((((......)))))..)))))....))).)))).....)))))..............(((((((....(((.(((((((....(((...)))(((((....))))).))))))).))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((,.,,.((((((.....))))))...},.{{{{(,{,((((,,.(((((((.....{{(,,,...}}),,,...})))))),,.}}}}.,,).))}}}.,}((((((...,{(,,,(({(((((((.....)))),{,((,..(({,(((({.,((((((.....)))))})}}}}))).}}.}}..||{{{{{,..,||{,.,,,{({({{,.{{(({.|.||{|{{{|,{,..,{(({({........,,,,,..,,..|||}},.....|||{|,..}||||(,{{((((,,,{((((((,,(,,{((((,,{(((,.,.,,,,,|,...,|,},}}},,{||,{....|,||}}}},{{{{{.......,,.)))}),.||{.,(((((....})))).......,)))|,}}}}|,}}},,}|||||}..,||||||||.{{{{{{.{..,,,.}.||||||{{..{{{||||||||,|||||||{||||||,||{(((,(({{((((((.....))))))))).,,|{(((((((,{,..,{,||}|||||}||({,,|,,..,)))))}}))})}}},}}}}|||{{{{,}}||,,|||(((({{(((.((((((,,{(((((.....,|||.}}..((((((((((((......))))))))))))).,}))},,}}}||||||.|{{|||,...}}|||||,|}},||||,}.,||,,|||.||}|||,,{{{,.||||{|,..||||,||,}||}{((((.,,,...,,,...,,,}))),))),))))..,)))))))||(((...........)))}}..,.,,,,})}}}},(((({..((((((((.,.(((((((.((((.,,.{.(((((..(((......)))..))))).}.,,...)))).))))))).,.)))..)))))})))),{{(|,,,.,)}}|((((((....))))))}...............,,,.}}},})))),,))}}},.}}}|,.}}|||||..||}|}}}}}}}}}}})))),.,,}}))),.}}}))|||||||,|,||}}}}})})},.}}}}|,...}}||{||||||,{{|,{{(({..(((((...,,,)))))..})))}....,}).)))).....)))}|,,{{{{{{{{,.,{{{,,,||,}}}}}}}}||||{{...,||,,,,,}}{{{{,....}}))},)))))}))))))},))),))))))
Back