Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PRKCI_0007800
Sequence Length
1611 nt
GC Content
0.3811
GAUAUUGAUUGGGUACAGACAGAGAAGCAUGUGUUUGAGCAGGCAUCCAAUCAUCCUUUCCUUGUUGGGCUGCAUUCUUGCUUUCAGACAGAAAGCAGAUUGUUCUUUGUUAUAGAGUAUGUAAAUGGAGGAGACCUAAUGUUUCAUAUGCAGCGACAAAGAAAACUUCCUGAAGAACAUGCCAGAUUUUACUCUGCAGAAAUCAGUCUAGCAUUAAAUUAUCUUCAUGAGCGAGGGAUAAUUUAUAGAGAUUUGAAACUGGACAAUGUAUUACUGGACUCUGAAGGCCACAUUAAACUCACUGACUACGGCAUGUGUAAGGUGAGGAAAAUUUUCUAGUUAUUUUAAAAGGUCUUCAGCAGCUAGUAGUCUUUGUAAAAUAACUUCAUGUUUAAAGAUGAGGAAAUGAUUACUAAUUUUGCUAAUUUACUUAAGCUUUGUGGAAUUCUAGCACAAAGACAAAUGUACUUUUUUUCUAACCAUUUGCAAAAUUUGUAUCUUCUGUGUUAUGUGUACUACAAUAAGAGCUAAUUUCUUUUUAUUAUACAUAACUUUUUAUCUUGAAAGUUGAAAUACAAUUGAAGACAAUUUGGAAAUAAAAAUUGUCUGCAAUUCCACUACUUAACACAACCAUUUGCAUAUGACCUUCCAAUUUUUGCCAUUUAGUAGUGAAUCUUAUAUAAUGCAUUCAGGAUUUUCCUCAGAAGUCAAACAUUUUUUAUAUUUAAAUUUUAAACAUCUGACAUAAAGCAUAAUAGGAUAAAACAAGAAUUUCAGUUACUCCCGGAAUAUGUCUUCAUUUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACAGGGUCUUGCUCUGUCCCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCAAUCUCGGCUCAGUGCCAGCUCCGCCUCCCGGGUUGACGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCGCCUGCCACCACGCCCAGCUAAGUUUUUGUAUUUUUAGAAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUAGCCAGGAUGAUCUCAAUCUCCUGAUCUCAUGAUCCGCCUGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCAUCGCGCCUGGCCUAUUUCUUGAUGUUUUAUUCUUUUAUAACAGUGUUCCAUUUUAAAUGUCUGAUAUUUUCCCACUAAAUGUGUAAGGAACUAUUCCUUGUUAAGGUAACUGGUACAAAAUUAUCCUCACAUAGCAAUACAACAACCAGUAUGUAAAUGUGUGAAUUGCAUUCCCUGUUCACCUGUGGGAAGUGCCUCCAGAGCCUGGAGAUUAUCUAAAUGCUAACAACAUGGCAUAUGACAACCUAGUUGUAUCGAAGAUUUAACUUUAUUAUCUGUUCAGCAUGCAUUAAAGAAUAAAAUCUUCACUUAAACUAUGUUUGCUUUUAUGUACAGAAUUCAACCGUACUUUUCACAUGAUACUUAUUAAUUAAUUAUUGUUGUUUUUUUUUUUUGGAGACAGAGUCUCGCUCUGUCGUCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCACAAUCUUGGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCUGGAUUCAAGCCGUUCUCCAGCCUCAGCCUUCCAAGUAGCUGAGAUUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-420.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -453.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 344.67
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((...(((((((((.((((((.(......).)))))).......)))))))))))(((..((((..((((((((.(((.((((((.....))))))))).))(((((((((.....(((((.(((((.(((...)))..)))))))))).....)))))))))........((((((((..((((.((((((((((((((......))).))..((((((((((((......)).)))))))))).))))...)))))))))((((.(.((((((((.(((((((((((........((((((...((((.....)))).))))))(((....)))..............))))))))).))))))))))).))))..(((((..((((((..((((.((((((((.(((.((.((((((((.............(((((((.........)))))))..(((((...............))))))))))))).)))))......((((((((((.((....(((((.....)))))..)).)))))))))).....((((((((.((........(((((.(((((((((........))))))))).))))).(((((((............(((.(........).)))............))))))).............)).))))))))))))))))...................................((((((((((((((.....((((((..........(((((((((...((((.(((((..(((((......................((((((((...))))))))((((((((((.((.((((((((((((((.(((...((.((.......)))).)))))))).))))).....))))))))))))......((((((((......(((....)))......)))))))).((((((...........))))))))))......((((.....(((((.(((....))))))))....))))..........((((((((.....)).))))))....(((((((((....))))))))).............((((.((......)).))))............)))))...))))).))))(((.....)))(((((((...)))))))....))))))))).......))))))(((((((...((((........)))).....)))))))...((((((((...........))).)))))((((((...)))))).........((((((......)))))).....(((.(((((.....((((((((..(((((.....(((...))).....)))))....)))))))).....))))).)))))).))))))).))))...........))))..))))))...))))).............))))))))......(((((((((((...)))))))).)))(((((((((...((((((..(((((.(((..............)))....)))))...)))))))))))))))))))))..))))...........)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((...(((((((((.((((((.(......).)))))).,.....}))))))))}}{{,}}{{((((((((((,,,(({(((((((.....)))))))}}.,,(((((((((.....(((((.(((({.(((...)))..}))))))))).,...))))))))}....,,....,|,...{({{(((......)))))}}},..)))))))))}.((((((((((((......))))))))))))).,(({({{{(({,,{{{((((.(.((((((((.(((((((((((........((((((...((({....}))}..)))))){{{,,,.,,,.......,}},...))))))))).))))))))))}.}))}..,{{{,..{{((((,,{{{{.((((((({.((,{((.{(((((((.,,..{{{....,(((((((.........))))))).,.,,.}},..............}}}.)))))))}.)))))......((((((((((.,,.,,.(((((.....})))).,)}.)))))))))).....((((((((.((........{((((.(((((((((........))))))))).))))}.(((((((.....,,,....{{(.{........,.})}...,}}......))))))).............}}.))))))))}))))))),,,,,...,,}},,,|,,...,}}},..,,.,,..{(((((((((((((..,.{((((((..........(((((((((...((((.(((((..{{{{{....................,.((((((((...)))))))){{,,((((({{((.(((((((((((((({{((,..((,{{..,,,..)))}.}})))))).))))).....))))))))))))......((((((((......(((....)))......)))))))).{(((((.,,....}}.}))))}}}}}}......{{{(..,..(((((.(((....}))))))),}..}}}),,,.,}}}}.({((((((.....}).))))))....(((((((((....)))))))))...........,.|{{|,||,.....)),}))},}}...,,,,..)))))...))))}.})))(((.....)))(((((({...}))))))....))))))))).......}))))){((((((,,.{(((........))))}}...)))))))...((((((((...........)))}}})))((((((...)))))).........((((((......))))))..,,,(((.(((((.....((((((((..(((((.....(((...))).,...)))))....)))))))).....))))).))})))}}}})))).)))}........,,,}}}}..}}||||,,.|||.....,}}.}}},))})},,,.......{(((((((((((...)))))))).)))|((({((((,,,({((((.,({{{,,|||.,,.,}},..,,,,))}..},))})}...)}}}})))))))}|(((((,,.....,..))))))...}))
Back