Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PRKCI_0008200

Sequence Length

636 nt

GC Content

0.4119

AUUUUACUCUGCAGAAAUCAGUCUAGCAUUAAAUUAUCUUCAUGAGCGAGGGAUAAUUUAUAGAGAUUUGAAACUGGACAAUGUAUUACUGGACUCUGAAGGCCACAUUAAACUCACUGACUACGGCAUGUGUAAGGAAGGAUUACGGCCAGGAGAUACAACCAGCACUUUCUGUGGUACUCCUAAUUACAUUGCUCCUGAAAUUUUAAGAGGAGAAGAUUAUGGUUUCAGUGUUGACUGGUGGGCUCUUGGAGUGCUCAUGUUUGAGAUGAUGGCAGGAAGGUCUCCAUUUGAUAUUGUUGGGAGCUCCGAUAACCCUGACCAGAACACAGAGGAUUAUCUCUUCCAAGUUAUUUUGGAAAAACAAAUUCGCAUACCACGUUCUCUGUCUGUAAAAGCUGCAAGUGUUCUGAAGAGUUUUCUUAAUAAGGACCCUAAGGAACGAUUGGGUUGUCAUCCUCAAACAGGAUUUGCUGAUAUUCAGGGACACCCGUUCUUCCGAAAUGUUGAUUGGGAUAUGAUGGAGCAAAAACAGGUGGUACCUCCCUUUAAACCAAAUAUUUCUGGGGAAUUUGGUUUGGACAACUUUGAUUCUCAGUUUACUAAUGAACCUGUCCAGCUCACUCCAGAUGACGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-154.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -169.44

Frequency: 0.0000

Diversity: 183.22

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...(((.((((.((...(((((((.....((((((((((((......)).))))))))))...))).))))..(((((((...(((((.((((((..(((((((........((..((.((.((.....)))).))..))......)))).((((.(((.(((......((((((.(((.(((((((((((((.(((((...........))))).(((...((((....(((((..((((((((...(((((((.((((.((.(.(((((..(((......)))..))))).).))...)))).)))))))...)))..))))))))))((((......))))((((((....))))))...............))))...))).....((((.....))))((.(((((...(((....)))....))))).))..((((.((.(((((.((((((((.....)))))...((((...)))).)))))))).))))))..)))).)))))))))))).))))))........))).))).)))).((((((((((((...........)))))))))))).........)))..)))))).)))))....)))))))....)).)))))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,,((,.{{((,(({..,,,,{||.,,..((((((((((((......)))))))))))))..}))))||||..(((((((...(((((.((((((..(({((((..,,,,..{(,,((,,{.{{,....}))}.})..}},,,,,.)))).((((.(((.(((.,....{(((((.(((.(((((((((((((.(((((...........}}}||,{,,...{{{{.||.(((({..((((((((.,.(((((((.((((.,,.{.(((((..(((......)))..))))).}.,,...)))).))))))).,.)))..)))))})))),((({.....}}}|((((((....))))))}..............}}}}.,,}}},},|,|{{|...,.}))}{{.(((((..,(({...,))}....))))).}}..((((.((.(((({{((({{(((....,}})}}...((({...}))).)))))))).))))))..}))),,))))))))))).))))))......,.))).))).)))).((((((((((({.{{{{...})))))))))))))).........}))..)))))}.)))))....))))))).,,,}),)))}}},...