Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PRKCI_0008800
Sequence Length
1225 nt
GC Content
0.4180
CUAUUAAAAUACAGGCCCGGCAUGGUGGCUUAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGUGGGCAGAUCAUCUGGUCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGAGCAACAUGGAGAAACCCCAUUUUCUACUAAAAAUACAAAAUUAGUUGGGUGUGGUGGCACACGCCUAUAAUCUCAGCUACUCUGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUUGCUUGAAUCCGGGAGGCGGAGGUUGCAGUGAGCUGACAUUGUGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCAACAAAGUGAAACUCUGUCUCCAAAAAAAAAAAAGUGUUCUUAGGAAAAAUAAACAGAAGGAAAAUAUUGUAGUCUUAUCAAUGGUUGUAUUAGGAGGUGAGAUUUAAAGUGCUUCUUUUCUUCAUGAAAUAUGCCUUAUUCUACUAAUAUUAAAAUUUUGUUAUUAAAUUUUAACUUGUAUGUAAAUUAUUUUAAAUUCAAGUCGUACCUUAAUUGAAUCAACUCUAGCAACAUCUAAUGAGGACAGGUUUUCUUCAAGCUAUUUAGUGGUGAUCUGUGAUUUUAAUAAUAAAGGCAGUUGCCAGGCAUGAUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCAGGUGGAUCACUUGAGGCCAGGAGAUCGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCUGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGUGUGUUGGUGCAUGCCUGUAAUUCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGACACAAGAAUUGCUUGAACCCAGGAGGUGGAGGUUGUAGUGAGCUGAGAUCGUGCCACUGCAUGCCAGCCUGGGCGACAGAGCAAGACCCUGUCAAAAAUAAUAAUAAUAAUAAAGGCAAUUGUUCUAGUGAUGUUAAGUGAGCUUAAUGUAUCACUGCAGAUGCUGAACUUAUAUGAUAGGUGAAAUAGAAAGGGUGAAUUUAAAACAGAACUUUUUAUCUCAUUCUUUCUUUCUGUUCUUUUUAAUAAAAGGAAGGAUUACGGCCAGGAGAUACAACCAGCACUUUCUGUGGUACUCCUAAUUACAUUGCUCCUGAAAUUUUAAGAGGAGAAGAUUAUGGUUUCAGUGUUGACUGGUGGGCUCUUGGAGUGCUCAUGUUUGAGAUGAUGGCAGGAAGGUCUCCAUUUGAUAUUGUUGGGAGCUCCGAUAACCCUGACCAGAACACAGAGGAUUAUCUCUUCCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-369.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -392.37
Frequency: 0.0000
Diversity: 333.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........(((((((..(((......)))...))))))).((((((....)))))).(((......)))......((((((((((.(((.(((.((.(((....((((((.((((....((((..((((((((..........)))))((((((((......))))))))....(((((((........)))))))((((.....)))).........(((((((((((((((...(.((((.....((((....))))..)))))...))))).........))))))))))...........(((((..((((((.............(((((((..(((..((((((.....(((((....((((.(((...((((.((((....((((.....)))).....................((((((((.......))))))))(((((....((((....))))....))))).)))).)))).....))).)))).))))).....))))))))).)))))))((((((.((((.(((((((.((((..((........))..))))))))(((((((((....)))))))))...((((((....))))))....((((((((.(..(((((((.(((((((.............)))))))..)).)))))..)))))))))..................((((((((......(((....)))......))))))))(((((....))))).)))..)))).))))))((((((((((((..(((((((....((((.(..(((((....))))))))))((((.((..(((((((...(((.......................)))...)))))))((((((((((((....))))))..))))))((....))...((((((...)))))).....(((((((((((...(((((.......)))))..))))))))))).(((.(((((((....))))))).)))...)).))))....)))))))..))))))))).)))..))))))..))))).(((((...........))))).)))..)))))))).))))))...))).)))))(((((((.((((.((.(.(((((..(((......)))..))))).).))...)))).))))))).))))))))))))).....(((((.....)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........(((((((..(((......)))...))))))).(((((,....|))))}.{||,.,.,,)))......((((((((((.(({.(((.((.(((...,((((((.,,(({{{{,,{({{(({,(({{..........}}}}}((((((((......))))))))...{(((((((......,.)))))))|((({{{..,},},,...,,},|{(((((((({{(((,,,(.(({{.....{{((,,,,)))),,)|))},.,}||||....,,,.,))})))}})}...........(((((..((((((.......((((((((......((((,.(({{..,..((((((((,,.{(((({({((,...{{{.{{.,,,|{{|,,,..}}}}..,|||||....,.......,((((((((.......)))))))}|((((.,,.((((....)))).,,.)))))..,,||||..,,{,.,,..{|{,,,...,..|,,,})))|{{{{{{{,|||{{{{((.{{{{.|{{{{|{.{{{{..{{||,....,))}})))}}}}}{((((((((....)))))))))...((((({....}))))){{,.((((((((.(..((((({{.(((((((.............)))))))..},.)))))..)))))))))..,,..............((((((((..{,..(((....)))......})))))))(((((....))))).,,}..}}}|,})}}},,((((((...(((....(((((((.((,{....},.)))))))))..))).)))))).,,,,|,|,,,..,|||}}}.....................{(((.{(({...((((((((((((....)))))}.,)))))))))).))))..{{||||...)))))},....(((((((((((..,,((({......}))).)..))))))))))),||{.(((((((....}))))))}))).}})))))).}}))))))),,....))))))))..,..))))))..))))).|||||,..........))})),)))}...)))))).)))))).}}))),))))){{(((({.((((.,..{.{{{{(,,(({.,,...))),,))))).,.,,.,.)))).))))))).}))))))))))))....,(((({....,)))}}....
Back