Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PRKCI_0010100

Sequence Length

2362 nt

GC Content

0.4301

GUAAUUUGGAGUAUUUUACAGAGAUUCUCUGAGAAAAACCUAUUCUAGAGUACAAAUGAGAGUGAUUCAGGUUACUACUUUGAGUAAGAAAAAUGAGCAUAAUCUGGAAAAUAUAAUCCUGACUGGUGGUAUUAGGUUUUGUUGUUGUUUUUGUUUGUUUUUGAGACAAGGUCUCACUCUUUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGGGGCGCAAUCUCGGCUCCAUGCAACCUCCACCUCCCUGGUUCAAGCAAUUCUUCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAACUGGGAUUACAGGCACACUCCCGAGUAACUGGGAUUACAGGCACACACCACUAUGCCCGGCUAAAUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUCUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGACUUCAAGUGAUCUGCCCACCUCAGCCUCCCCAGCAUGCUGAGAUUACAGGCAUGAGCCACUGCACCUGGCCUCUGUGUAUUAGGUUUUGAUGUUUUUUAAUACAUUCUUUCUUUUCUAUAGUCUUCACUCCUGUUCACAGUUACCUUCUCAUACUCAAAAUCAUAACAGGGGUUAUUUAGAAUUAUCCAUCACAAACAGAUUGGAGAAAGGAAUCCUGUGGCUAGAGAGAUAAUCUUUACACAGGGACCCUGAGGCUGAGUGCAUAAGUUCAAGAACAGUAUGAGGGGAAAAUAGAGCACCAAGAUGAUGAGUGAUCAAAAGAUGGGGAAAAAAGGCCCCACAUCAGGGAAUAUACAGAAUUGACAGAAACAAGCAGACAAGUGCAGGGACCUCUAGCACAGAAUCCAAAGAAGUAUGAAAACUACUAUAAAAUUCUACAUUUAAUAAUUAAAGCCAUCACAGGAUAUAAAUAGGCAUUUCAUGCCCAAAUGGCCAUGGAAUAUGUGAAAAGACAUUCAGUCUCACUAGCAAUUAAGGGAAUGCACAUUAAAUGUUAAUGAGUUACCAUUUCAUAUCGGUACAUUUGAUCAAAAUAUUAAAGUUGGGUAAUACCAGUGCUGGUGAGGAUGUGGAGCAACUGGAACUCUUCUAGACUGCUGGUAGGAAUGAAAACUGACACAACAGCUUUAAAGAAUAAUUUGGCAGUGUCCAAAAAAAUUGCAUAUUAUAUAUGCUAAGCAUUUUACAAAUGUUAACUCAUUUAAACCUCAUAACAAUCCUAUGAAGUAUUUUUUUAUUCCUAUUUUACAGAUGAGGAAACUGAGGCAUAAUUAGGUAGUCAAAGAAUAAGACAUUCAUGUAAAUGAUAAAUAGUAUUCAGAUUAGAGGCUUUCUCUGAGAAGAUGGGAAAAGAAGGGGUUUAGGAAAGUACAGGAGGCACUUCAGUUAUAUAUGUAAUAUCUUAUUUUUUUUCCUGGAAUGCCUUAAAUAUCUUAUAAUAAAAAUUUAAAGAUUGCACCCAGGCAUAGUGGCUCACAUCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGAUGGGCGGAUCACUUGAGGUUAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGCAAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUAAAAAAAAAUUAGCUGGGCGUCGUGGCGGGCACCUGUAAUCCUAACUACUCAGGAGGCUCAGGCAGGAGAAUCACUUCAGCCUGGAGGCGGAGGUUGCAGUGAGCUGAGAUCGUGCCACUGCACUCCAGUCUGGGCAAGACAGUGACACUCUGUCUCAAAAAAAAAAGAAAAAAGAAAUUUAAAGAUUGCCAGGUGCAGUGGUUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGUCCAAGGCAGGAGGAUUGCUUGAACCCAGGAGUUCAAGACCAGCUUGAGCAAUAUGGUGAGACCCUUAUCUCUACAAAAAAAUUUAAAAUUAGCCAGCCAUUGCUGGGCGCAGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGUGGGCGGAUCACUUACCUUCAUGAGGUCAGGAGUUUGAGACCAGCCCGGCCAGCAUGGUGAAACCCCAUCUCUACCAAAAACACAAAACUCACUGGGCAUAGUGGCACACGCCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAAGUGGUAGAAGCACUUGAACCCGGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCUGAGAUCGUGCCACUGUGCUCCAGCCUGGAUGACAAAACAAGACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUUUAGCCGAGCGUGAUGGUGGCGCCUGUGGUCCCAGCUACUUGGGAGGUUGAGGUGGAAGGAUUGCUUAAGCCCGGGAGGUCAAAGCUGCAGUGAGCUGUGAUUGCAUCACUGCACUCCAACCUGGGCAACAGAACAAGCCCCUUUCAAAAAAGAAGAAAAAAGAUUAAAGCCAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-883.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -924.94

Frequency: 0.0000

Diversity: 590.76

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.(((((((((((((.(((((...))))).))))....))))))))).)))(...((..(((.((((..(((((......)))))......)))))))..)).....(((((...((.....))..))))).(((((((..(((.(((((.(((.(((((((((...((.((...(((.(((((((((.((((((((((.((.((((((.((((((..((((......(((((((.((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((...((((.(((((..((((((((((((....(.((((.((((((((((((.((((.((((((((((((((((.((((....((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((.(((((((.....(((((.(((((((((..((((((((((..(((((.....((((((((((((((..(((.((((..((.((((((((((((((...((((((.....(((((...(((..(((((((((((...........(((((..............((((((.......)).)))).........((((((..((((((.....))))))))))))..)))))..((.....))....(((....))))))))))))))..))).)))))......((((.....)))).....(((((........)))))..((((((((......................(((......)))..((.((((((((.(((..(((..((.(((......))).))........(((((((...........(((.................)))((((((((.((....)).))))))))((((......)))).....((((((((((...............(((((((((..(((((.......)))))......))))))))).............((((......)))))))))))))))))))))((((.((((((...))))))..))))((((((((((((((..(((((..(((.((........)).)))...)))))..........((((((...))))))..(((((((...)))))))...........((.(((((.......))))).))...))))))))))))))..........)))..)))..))...........(((...(((((......((((....)))).......))))).))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))).))..)))).))).((((((.(((((........((((....))))........))))).))))))...............)))))))))....))))))))))..))))))))))..))))))))).)))))....))))))).))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))....)))).))))))))))))))))...)))).)))))))))))).)))).)....))))))))))))..))))).))))((((((((.((((....(((((.(((....))).)))))(((((((.((.........))))))))))))).)))))))).((((((.......))))))............................((((((.(((((..........)))))))))))......((((((....))))))..((((..(((.(((...(((((.(((((((.....)))))))......((((((......)))).))................((((..(((.(((((((.((((((.....)).))))...)))))))...)))..))))((((((((.(..((((.......((((.((((.((.(((.(....))))))))))..))))))))..)))))))))....................((((((((((((((((....((((((((.(.(((.(((.((.(..(.(((((.......))))).).)))))).))).).)))))))).((.......)))))))))))))).)))))))))....)))..)))..)))).............................(((..((......))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))).)))))))......))))..)))))).)))))).)).)))))))))).))))))))).)))...)).)).))))))))).))).))))).)))))))))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((.(((((((((((((.(((((...))))).})))....))))))))).)))(...{{,,{{{,({{{,||||||,||,..}}},......,|}|}|||..||,{{{.....,..}||.,,..}},}}}}}}.(((((((..{({.{((((.(((.(((((((((...((,{{...(((.(((((((((.((((((((((.((.((((((.((((((..((((.{.,..(((((((.((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((...((((.(((((..((((((((((((..{.(.((((.((((((((((((.((((.((((((((((((((((.((((.,..((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((.(((((((,((..(((((.(((((((((..((((((((((..(((((..,,,(((((((,,,(((({{(((,{(({.,{,,(((({{((((((((,,.{(((((,,,.{(((((...,((..{{,(((({{((,........,,{.,{{|||,,.........((((((.......)),})))....,{..{((((((..((((((.....))))))))))))),})))}},,,}}}}.,,...,,},...,}}}))}})))))))...}},)))}}..,,},,,,,}}}}}}}},...|,{((((........)))))}}|||||||},,,,},,,..,,..........(((.....{|||,{(,.,,|||,||,|{{,.{,,..,{.(((,.....}}),))......,|{{(((({...........(((,,,....,,,.......)))((((((((,({....)).)))))))),{((......}}}}....,((((((((((.,,...,...,,,.{{(({{,||}}}}}},|,,.{{,,,||.,{{{|||||.||||||......,}},,,.,(((......)))}))))))))))))}))))||{{.((((({...}))))).,)))}{(((((((((((({..(((((..,,({{,.,......,.,}})}}.)))))..........((((((...))))))..(((((({...}))))))...........{(.(((((.......))))).))...}))))))))))))}...,,,,,{{||,..}||{{|{,,..,{|||.,||,,,,(((((,,,.,,((((,,..}}}}.......}}}}}...||||||},,}})))))}}}}))).)))}}}))))}}}}|}},,},},.,),.{(({{{,|||{{..,,,,,,|{||,.,,)))),,,,,..,))))},)))))),...,||||,,....,,,}}}}}}.,,,)))}})))))..))))))))))..))))))))).)))))..}}))))))).))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))..,.)))).)))))))))))))))).,}))},.)))))))))))).)))).).,..))))))))))))..))))).))))((((((((.(({(,,,,((({(.(((,,,,|||,|||}}(((((((.((,,....,,.))))))))))))).))))}}}}.((((((.......))))))......................,,....{{{{{||||{{{.,|,||,,,.},}}}}|}}||{{,|,.{{||||,,,,)}}}})}.{|{|..||{,(((,{,{{{{{.||||||{....,)))))))....,{{{((((......))))..}................{(((..(((.(((((((.((((((.....))}})))...)))))))...)))..)))}((((((((.(..((((.......((((.((((.((.(((,{....})))))))))..))))))))..)))))))))..}}................((((((((((((((((.,{{(((({{((,{.(({.(((.{{.{,,|.{((((.,...,.))))).}.))})))}))).).)))))))).}.,},,.,.,,)))))))))))).))))))))).,,.}}}..}}}..}}}),,,,.........................{((.,|{,...,}})))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))).)))))))....}.)))),.)))))).)))))).)).)))))))))).))))))))).)))...})}),.))))))))}.))).))))}.})}))))))).)