Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PTK2_0001100
Sequence Length
1653 nt
GC Content
0.4894
GAGAAUCCAGCUUUGGCGGUUGCAAUUAAAACAUGUAAAAACUGUACUUCGGACAGCGUGAGAGAGAAAUUUCUUCAAGAAGCCUUAACAAUGCGUCAGUUUGACCAUCCUCAUAUUGUGAAGCUGAUUGGAGUCAUCACAGAGAAUCCUGUCUGGAUAAUCAUGGAGCUGUGCACACUUGGAGAGCUGAGGUCAUUUUUGCAAGUAAGGAAAUACAGUUUGGAUCUAGCAUCUUUGAUCCUGUAUGCCUAUCAGCUUAGUACAGCUCUUGCAUAUCUAGAGAGCAAAAGAUUUGUACACAGGGACAUUGCUGCUCGGAAUGUUCUGGUGUCCUCAAAUGAUUGUGUAAAAUUAGGAGACUUUGGAUUAUCCCGAUAUAUGGAAGAUAGUACUUACUACAAAGCUUCCAAAGGAAAAUUGCCUAUUAAAUGGAUGGCUCCAGAGUCAAUCAAUUUUCGACGUUUUACCUCAGCUAGUGACGUAUGGAUGUUUGGUGUGUGUAUGUGGGAGAUACUGAUGCAUGGUGUGAAGCCUUUUCAAGGAGUGAAGAACAAUGAUGUAAUCGGUCGAAUUGAAAAUGGGGAAAGAUUACCAAUGCCUCCAAAUUGUCCUCCUACCCUCUACAGCCUUAUGACGAAAUGCUGGGCCUAUGACCCCAGCAGGCGGCCCAGGUUUACUGAACUUAAAGCUCAGCUCAGCACAAUCCUGGAGGAAGAGAAGGCUCAGCAAGAAGAGCGCAUGAGGAUGGAGUCCAGAAGACAGGCCACAGUGUCCUGGGACUCCGGAGGGUCUGAUGAAGCACCGCCCAAGCCCAGCAGACCGGGUUAUCCCAGUCCGAGGUCCAGCGAAGGAUUUUAUCCCAGCCCACAGCACAUGGUACAAACCAAUCAUUACCAGGUUUCUGGCUACCCUGGUUCACAUGGAAUCACAGCCAUGGCUGGCAGCAUCUAUCCAGGUCAGGCAUCUCUUUUGGACCAAACAGAUUCAUGGAAUCAUAGACCUCAGGAGAUAGCAAUGUGGCAGCCCAAUGUGGAGGACUCUACAGUAUUGGACCUGCGAGGGAUUGGGCAAGUGUUGCCAACCCAUCUGAUGGAAGAGCGUCUAAUCCGACAGCAACAGGAAAUGGAAGAAGAUCAGCGCUGGCUGGAAAAAGAGGAAAGAUUUCUGAAACCUGAUGUGAGACUCUCUCGAGGCAGUAUUGACAGGGAGGAUGGAAGUCUUCAGGGUCCGAUUGGAAACCAACAUAUAUAUCAGCCUGUGGGUAAACCAGGUAAAGAAGAAAAGAAUUGGGCGGAAAGAAAUCCUGCAGCUCCACCAAAGAAACCGCCUCGCCCUGGAGCUCCCGGUCAUCUGGGAAGCCUUGCCAGCCUCAGCAGCCCUGCUGACAGCUACAACGAGGGUGUCAAGCCAUGGAGGCUUCAGCCCCAGGAAAUCAGCCCCCCUCCUACUGCCAACCUGGACCGGUCGAAUGAUAAGGUGUACGAGAAUGUGACGGGCCUGGUGAAAGCUGUCAUCGAGAUGUCCAGUAAAAUCCAGCCAGCCCCACCAGAGGAGUAUGUCCCUAUGGUGAAGGAAGUCGGCUUGGCCCUGAGGACAUUAUUGGCCACUGUGGAUGAGACCAUUCCCCUCCUACCAGCCAGCACCCACCGAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-502.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -532.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 541.74
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((...))(...(((((.((.(((.......(((.((....)))))...((((((.((((((((((....)))))).................))))..))))))((((((((...((((.((((((.((((((((.((((........((.((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..)))))))).))......(((((.((((.((((((((.(.....).)))))))).))))...)))))((((......))))....(((((((((((((((.......((((((...(((.....)))....)))))).(((.......))).......)))))).))))))))).((((..((((((.(((((.((((((((((.(((.(...((((.(((((((((((.((((((.....(((..((.(((.(((..((.((.((((((((.((...........((((((..((..............))..))))))((((........)))))))))))(((((((....(((((((.((...((((((((((....((((....)).)).(((((.((.((((.((........)).))))...)).))))).........)))))))))).......)))))))))..(((((((....((((........))))...)))))))))))))).))).)).))..)))))).)).)))..(((.(((....))).))).(((((((......))))))).......)))))))))))).......))))).))))...).))).))))))....((((((.....))))))((((((..(((((...(.(((.((((..((..(((((((((..((........(((((...))))).....))..))))))).))....(.((((.((((((((((....))))))...))))..)))).)(((.((((.(((...)))))))))).(((......)))(((((......))).)).....))..))))))).).)))))..))))))......)))).))))).)).))))..)))))))))))))...)))..)))).)).)))).))))))))..(((((((((((((((((((...)).............(((((.(......))))))............))))))))(((......)))....((((((.....((.......))....))))))((((((....))))))(.(((((..(((.((((((....))))))..)))....))))).)((((((((.....((((((....(((((....(((...........)))....)))))(((.(((....)))..))).(((......)))..((((((((.....((((.(((....)))..)))).....))))...))))(((((.(((........))).)))))...))))))))))))))))))))))).....((((....((((..(((.........)))))))..))))))).)).))))).)
Thermodynamic Ensemble Prediction
({...})(..,(((((.((.(((.........,.{|.....|{(|.{{{{((((,{,,{({((((....}}}}|},,,|,,|,|||..,.|{||{{{{{{{|,.(((({{{(((,{(((((.(((,.....})}|.))))},.,,,{,((.((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..)))))))).)),,...,|||||.{(((.((((((((.(.....).)))))))).)))}{{{|..,,{{{({{{,,,||||.||.(((((((((((((((.......((((((...(({.....)))....)))))).(((.......))).......)))))).)))))))))..|||}}}||,(((((({(((.(((.....))).))}.})))))),||||||||...||||{,||,|}|||,||||{({{,...,{{(((((({.((.(((...{({....})}..))).))...})))}},.||||,...,,}))}|.}}}.}}}}...}))}}||}}||,{{{|||,,||{{{{,.{{...((((((({{.....,|||}}}}||{|||{{(({{{,.((((.{{...,}.},)),}},)},,}}})}},),)}.......,||||,,,.....}}})}}))))))},|{{||||,|,,|||{,,,,,..,||||||,||}}}}}||||((,({{{{...{{{,,{{,...,(((((..((({(((...,|||{{,,{(((((,,(((..{(((({{{.||{,.((({{,,,{.,,((((....}}}}..,..,{{{{(({{,||||..|,||{(|{{{...,,),,}}.{{{|||.,(((({,.,(.(((.((((.,((,{(((((((((..((.,......(((((...)))))...,.))..))))))).))....{.((((.((((((((((....))))))...))))..)))).,(((.{{{((((,...}))))))))).,||},}}},}}}||{((,..,{{},}.}}....,)}..)))),},.}.})))},,||)))}|.....,,{{,{,{,|||||,...,{{|.,|{{{{{{{,|}}}},,.}}}},||.|||||{|||{|||,.||||||||{||{{,.,{||}..))..........,..{{({{,{,,....))))))...,...........}))|}||,..}}}})))}...|||,,......,.....}})))}..})))),,,|||||}}..)))))..,|,{||,.(((.((((((....))))))..)))....,},||||,..,,,((.{{{.|||,,..))))))))..}))}),,,))))))...,,,.,,,||||{|,..{{{..{{|||,|}|,|{{.||...,,...{{||||,|}}...,|||}|||}}}.,,)}}))),.....|,||{{.||{|(((((.{((.......,))).)))))..))..}).)))},))))))})))))}}}.,)}}}}.||||{||,||{,...,)),}})},..}}}),,,))).)).))))).)
Back