Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PTK2_0002900

Sequence Length

567 nt

GC Content

0.5220

CCCAGCAGACCGGGUUAUCCCAGUCCGAGGUCCAGCGAAGGAUUUUAUCCCAGCCCACAGCACAUGGUACAAACCAAUCAUUACCAGGUUUCUGGCUACCCUGGUUCACAUGGAAUCACAGCCAUGGCUGGCAGCAUCUAUCCAGGUCAGGCAUCUCUUUUGGACCAAACAGAUUCAUGGAAUCAUAGACCUCAGGAGAUAGCAAUGUGGCAGCCCAAUGUGGAGGACUCUACAGUAUUGGACCUGCGAGGGAUUGGGCAAGUGUUGCCAACCCAUCUGAUGGAAGAGCGUCUAAUCCGACAGCAACAGGAAAUGGAAGAAGAUCAGCGCUGGCUGGAAAAAGAGGAAAGAUUUCUGAAACCUGAUGUGAGACUCUCUCGAGGCAGUAUUGACAGGGAGGAUGGAAGUCUUCAGGGUCCGAUUGGAAACCAACAUAUAUAUCAGCCUGUGGGUAAACCAGAUCCUGCAGCUCCACCAAAGAAACCGCCUCGCCCUGGAGCUCCCGGUCAUCUGGGAAGCCUUGCCAGCCUCAGCAGCCCUGCUGACAGCUACAACGAGGGUGUCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-173.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -185.63

Frequency: 0.0000

Diversity: 121.03

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((..(((((((.....((((..((((((..(((..(((((((.......(((((((((...((((....))))..........((((((((((.((((((((((.....))))..((((((..(((((...(.(((.((((..((..(((((((((..((........(((((...))))).....))..))))))).))....(.((((.((((((((((....))))))...))))..)))).)(((.((((.(((...)))))))))).(((......)))(((((......))).)).....))..))))))).).)))))..))))))...........((((((((((...(((..(((.(((((((.....)).))).)).)))...))).))))))))))))))))..).))))))))).............).)))))))).....)))))))...)))..............))))))..))))....)))))))..)))))...(((((..(((.((((((....))))))..)))....)))))........

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((..(((((((...{{((((..((((((..(((..(((((((.......(((((((((...((((,...,}}}.....,,,||(((((((((..{(((((((((.....))}}|.((((((..(((((..,(.(((.((((..((,{(((((((((..((........(((((...)))))...,.))..))))))).))....{.((((.((((((((((....))))))..,))))..)))).}(((.(({(((({...}))))))))).,||},}}}}}}}||{((,..,||},}.}}....,))..)))),},.}.)))))..))))))........,{,{{{{{{||||...{({,.{{{|{{{(({{,,,,,},.}}}.}}.}))}},|||.|}}}})))))))))))|,,.,}))))))).............),}))))))).....)))))))...)))..............))))))..))))}...)))))))..)))))...{((((.,({(,((((((....}))))}..)))....,)))).),.,,,,