Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PTK2_0003200
Sequence Length
1292 nt
GC Content
0.4822
UAACAAUGCGUCAGUUUGACCAUCCUCAUAUUGUGAAGCUGAUUGGAGUCAUCACAGAGAAUCCUGUCUGGAUAAUCAUGGAGCUGUGCACACUUGGAGAGCUGAGGUCAUUUUUGCAAGUAAGGAAAUACAGUUUGGAUCUAGCAUCUUUGAUCCUGUAUGCCUAUCAGCUUAGUACAGCUCUUGCAUAUCUAGAGAGCAAAAGAUUUGUACACAGGGACAUUGCUGCUCGGAAUGUUCUGGUGUCCUCAAAUGAUUGUGUAAAAUUAGGAGACUUUGGAUUAUCCCGAUAUAUGGAAGAUAGUACUUACUACAAAGCUUCCAAAGGAAAAUUGCCUAUUAAAUGGAUGGCUCCAGAGUCAAUCAAUUUUCGACGUUUUACCUCAGCUAGUGACGUAUGGAUGUUUGGUGUGUGUAUGUGGGAGAUACUGAUGCAUGGUGUGAAGCCUUUUCAAGGAGUGAAGAACAAUGAUGUAAUCGGUCGAAUUGAAAAUGGGGAAAGAUUACCAAUGCCUCCAAAUUGUCCUCCUACCCUCUACAGCCUUAUGACGAAAUGCUGGGCCUAUGACCCCAGCAGGCGGCCCAGGUUUACUGAACUUAAAGCUCAGCUCAGCACAAUCCUGGAGGAAGAGAAGGCUCAGCAAGAAGAGCGCAUGAGGAUGGAGUCCAGAAGACAGGCCACAGUGUCCUGGGACUCCGGAGGGUCUGAUGAAGCACCGCCCAAGCCCAGCAGACCGGGUUAUCCCAGUCCGAGGUCCAGCGAAGGAUUUUAUCCCAGCCCACAGCACAUGGUACAAACCAAUCAUUACCAGGUUUCUGGCUACCCUGGUUCACAUGGAAUCACAGCCAUGGCUGGCAGCAUCUAUCCAGGUCAGGCAUCUCUUUUGGACCAAACAGAUUCAUGGAAUCAUAGACCUCAGGAGAUAGCAAUGUGGCAGCCCAAUGUGGAGGACUCUACAGUAUUGGACCUGCGAGGGAUUGGGCAAGUGUUGCCAACCCAUCUGAUGGAAGAGCGUCUAAUCCGACAGCAACAGGAAAUGGAAGAAGAUCAGCGCUGGCUGGAAAAAGAGGAAAGAUUUCUGAAACCUGAUGUGAGACUCUCUCGAGGCAGUAUUGACAGGGAGGAUGGAAGUCUUCAGGGUCCGAUUGGAAACCAACAUAUAUAUCAGCCUGUGGGUAAACCAGAUCCUGCAGCUCCACCAAAGAAACCGCCUCGCCCUGGAGCUCCCGGUCAUCUGGGAAGCCUUGCCAGCCUCAGCAGCCCUGCUGACAGCUACAACGAGGGUGUCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-400.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -420.60
Frequency: 0.0000
Diversity: 225.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((.....))...((((((.((((((...((((..(((((...((((((.((((........((.((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..)))))))).))......(((((.((((.((((((((.(.....).)))))))).))))...)))))((((......))))....(((((((((((((((.......((((((...(((.....)))....)))))).(((.......))).......)))))).))))))))).((((..((((((.(((((.((((((((((.(((.(...((((.(((((((((((.((((((.....(((..((.(((.(((..((.((.((((((((.((...........((((((..((..............))..))))))((((........)))))))))))(((((((....(((((((.((...((((((((((....((((....)).)).(((((.((.((((.((........)).))))...)).))))).........)))))))))).......)))))))))..(((((((....((((........))))...)))))))))))))).))).)).))..)))))).)).)))..(((.(((....))).))).(((((((......))))))).......)))))))))))).......))))).))))...).))).))))))....((((((.....))))))((((((..(((((...(.(((.((((..((..(((((((((..((........(((((...))))).....))..))))))).))....(.((((.((((((((((....))))))...))))..)))).)(((.((((.(((...)))))))))).(((......)))(((((......))).)).....))..))))))).).)))))..))))))......)))).))))).)).))))..))))))))))))))..((((((.((.((.....((....((((.(.((.(((((((....(((..(((.(((............))).)))...)))))))))).)))))))))...)).)).))))))..((((.((((((((....))))).)))....))))..((((((....))))))))))))))).))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,.((.....)}...{(((({{((((((...((((..(((((...((((((.((((,..,..{{((.((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..)))))))).)),,....||||{.((((.((((((((.(.....).)))))))).)))),,,},},|,,{|.,....,}}}}}},(((((((((((((((.......((((((...(({.....)))....)))))).(((.......))).......)))))).))))))))).{(((..((((((.(((((.((((((((((.(((.{...((((.(((((((((((.((((((.,...(((..((.(((.(((..((,((,(((({(({,((...,{{....,||{{||,.||...,},,.,..,|,},..}}})))||,|...,,...,}}}}}}}}}}(((((((....(((((((.((...((((((((((....((((....)).)){(((((.{{.((((.((........)).))))...,,.))))).,.......)))))))))).......)))))))))..((((((({{..((((........))))}},)))))))))))))).})).}).))..)))))).)).)))..(((.(((....))).))).{((((((......))))))).......)))))))))))).......))))).))))...}.))).))))))....((((((.....)))))}((((((..(((((..,(.(((.((((..((,{(((((((((..((........(((((...)))))...,.))..))))))).))....{.((((.((((((((((....))))))..,))))..)))).}(((.(({(((({...}))))))))).,||},||}}}}}||{((,..,||},}.},....,))..)))),},.}.)))))..))))))......)))).))))).)).))))..))))))))))))))..((((((.((.((....,({.{{.(((,,(.((.(((((((....(((..{((.{({............))).)))...)))))))))).)))))))))...}}.)).))))))..((((,((((((((....))))),,))....))))..((((((....))))))))))))))).)))))))))))}
Back