Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PTK2_0003900
Sequence Length
1624 nt
GC Content
0.4692
GUUGGCCAACAGCGAAAAGCAAGGCAUGCGGACACACGCCGUCUCUGUGUCAGAUGAAAUUAGUGGGGACGAAACAGAUGAUUAUGCUGAGAUUAUAGAUGAAGAAGAUACUUACACCAUGCCCUCAAAAAGCUAUGGAAUAGAUGAAGCCAGGGAUUAUGAGAUUCAAAGAGAAAGAAUAGAACUUGGACGAUGUAUUGGAGAAGGCCAAUUUGGAGAUGUACAUCAAGGCAUUUAUAUGAGUCCAGAGAAUCCAGCUUUGGCGGUUGCAAUUAAAACAUGUAAAAACUGUACUUCGGACAGCGUGAGAGAGAAAUUUCUUCAAGAAGCCUUAACAAUGCGUCAGUUUGACCAUCCUCAUAUUGUGAAGCUGAUUGGAGUCAUCACAGAGAAUCCUGUCUGGAUAAUCAUGGAGCUGUGCACACUUGGAGAGCUGAGGUCAUUUUUGCAAGUAAGGAAAUACAGUUUGGAUCUAGCAUCUUUGAUCCUGUAUGCCUAUCAGCUUAGUACAGCUCUUGCAUAUCUAGAGAGCAAAAGAUUUGUACACAGGGACAUUGCUGCUCGGAAUGUUCUGGUGUCCUCAAAUGAUUGUGUAAAAUUAGGAGACUUUGGAUUAUCCCGAUAUAUGGAAGAUAGUACUUACUACAAAGCUUCCAAAGGAAAAUUGCCUAUUAAAUGGAUGGCUCCAGAGUCAAUCAAUUUUCGACGUUUUACCUCAGCUAGUGACGUAUGGAUGUUUGGUGUGUGUAUGUGGGAGAUACUGAUGCAUGGUGUGAAGCCUUUUCAAGGAGUGAAGAACAAUGAUGUAAUCGGUCGAAUUGAAAAUGGGGAAAGAUUACCAAUGCCUCCAAAUUGUCCUCCUACCCUCUACAGCCUUAUGACGAAAUGCUGGGCCUAUGACCCCAGCAGGCGGCCCAGGUUUACUGAACUUAAAGCUCAGCUCAGCACAAUCCUGGAGGAAGAGAAGGCUCAGCAAGAAGAGCGCAUGAGGAUGGAGUCCAGAAGACAGGCCACAGUGUCCUGGGACUCCGGAGGGUCUGAUGAAGCACCGCCCAAGCCCAGCAGACCGGGUUAUCCCAGUCCGAGGUCCAGCGAAGGAUUUUAUCCCAGCCCACAGCACAUGGUACAAACCAAUCAUUACCAGGUUUCUGGCUACCCUGGUUCACAUGGAAUCACAGCCAUGGCUGGCAGCAUCUAUCCAGGUCAGGCAUCUCUUUUGGACCAAACAGAUUCAUGGAAUCAUAGACCUCAGGAGAUAGCAAUGUGGCAGCCCAAUGUGGAGGACUCUACAGUAUUGGACCUGCGAGGGAUUGGGCAAGUGUUGCCAACCCAUCUGAUGGAAGAGCGUCUAAUCCGACAGCAACAGGAAAUGGAAGAAGAUCAGCGCUGGCUGGAAAAAGAGGAAAGAUUUCUGAAACCUGAUGUGAGACUCUCUCGAGGCAGUAUUGACAGGGAGGAUGGAAGUCUUCAGGGUCCGAUUGGAAACCAACAUAUAUAUCAGCCUGUGGGUAAACCAGAUCCUGCAGCUCCACCAAAGAAACCGCCUCGCCCUGGAGCUCCCGGUCAUCUGGGAAGCCUUGCCAGCCUCAGCAGCCCUGCUGACAGCUACAACGAGGGUGUCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-476.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -505.57
Frequency: 0.0000
Diversity: 433.43
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.....((.....))(((((..(((......)))(((((((..................)))))))..............(((((...((((.(((..((((((.......((((((.........)).))))...........(((((..((((....(((.....)))...))))..)))))..(((((((((...(((((...((((.((((((........))))))......((((.(((....(((.(((.((((((........))).))).))).)))..))).)))).....((((((....))))))))))..)))))..))))))))).......((((((((...((((.((((((.((((((((.((((........((.((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..)))))))).))......(((((.((((.((((((((.(.....).)))))))).))))...)))))((((......))))....(((((((((((((((.......((((((...(((.....)))....)))))).(((.......))).......)))))).))))))))).((((..((((((.(((((.((((((((((.(((.(...((((.(((((((((((.((((((.....(((..((.(((.(((..((.((.((((((((.((...........((((((..((..............))..))))))((((........)))))))))))(((((((....(((((((.((...((((((((((....((((....)).)).(((((.((.((((.((........)).))))...)).))))).........)))))))))).......)))))))))..(((((((....((((........))))...)))))))))))))).))).)).))..)))))).)).)))..(((.(((....))).))).(((((((......))))))).......)))))))))))).......))))).))))...).))).))))))....((((((.....))))))((((((..(((((...(.(((.((((..((..(((((((((..((........(((((...))))).....))..))))))).))....(.((((.((((((((((....))))))...))))..)))).)(((.((((.(((...)))))))))).(((......)))(((((......))).)).....))..))))))).).)))))..))))))......)))).))))).)).))))..)))))))))))))...)))..)))).)).)))).))))))))..)))))).((.(((....)))..))..))).))))))))).((((((..........))))))((((((.....((.......))....))))))((((((....)))))).)))))))))))((..(((.((((................)))))))..))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.....((.....))(((((..((({{(((((((((((((((({,,.,,,..,,{{{,{,},}|||...,,{{{{,{{{.(((({{,,,,.{{{{{..(,,{{{.|||.,.((((((..,......)},})))..,,,.,,..,(((((..((((....(((.....))}...))))..))))).|(((((((((...(((((...((((((((,{(...,,...||}|||.,,{{.((((.(((....(((.(((.((((((........))).))).})}.)))..})).))))..},}|{|{||....},)))))))}..)))))..)))))))))|||,|,|,|||,.,|,,.||||,|.|||}}}|,,|}||.|)}}}}}},.,.((.((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..)))))))).)){{,...{{{{{.((((.((((((((.(.....).)))))))).))))...}}}}},,||,,,..,||||,||,(((((((((((((((.......((((((...(({.....)))....)))))).(((.......))).......)))))).)))))))))..,,,}}}}}}{{|||||{{{,|||,,..,)}},}}}.,}))))},))))))))}..{{((((((({.{({.((((((((,....(((((((((.((.(((...(({....}))..))).))...)))))),.})},......)))),,))).)),,...)))}}))))||(((({....(((((((.((...((((((((((....((((....)).)){(((((.{{.((((.((........)).))))...,,.))))).,.......)))))))))).......)))))))))..((((((({{..((((........))))}},))))))))))))||{{...,..},.))}}.....(((((..(((((((...,|{{((..((((((..{((..(((((({.......(((((((({...((((....}}}}.....,,|||((({{{{{{..{{{{(({{((.....)}}}|.((((((..(((({,..{.(((.((({.,((,,(((((((((..((........(((((...)))))...,.))..))))))).))....,.((((.((((((((((....))))))..,))))..)))).}(((.{{{{{(({...}))))}}))).,|||}||},}}}|||{||..||,},).}}....|}}..)))),,,.}.}))))..)))))),......,{{,{{{{||||||...{{{|.||{|{{{{{{|,,,},}.,}}}.}}.}}}}}||||,|}},,))))))}||}|||..,,))),})).............}}}))))))).....)))))))...))}.,......,.....))))))..))))),..)))))))..)))))..)))))))))))((..(({,(((({,{,.......,....)))))))..))
Back