Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PTK2_0004100
Sequence Length
2723 nt
GC Content
0.4513
GCAGAACUGGGGCUCCCUUGCAUCUUCCAGUUACAAAUUCAGUGCCUUCUGCAGUUUCCCCAGAGCUCCUCAAGAAUAACGGAAGGGAGAAUAUGACAGAUACCUAGCAUCUAGCAAAAUAAUGGCAGCUGCUUACCUUGACCCCAACUUGAAUCACACACCAAAUUCGAGUACUAAGACUCACCUGGGUACUGGUAUGGAACGUUCUCCUGGUGCAAUGGAGCGAGUAUUAAAGGUCUUUCAUUAUUUUGAAAGCAAUAGUGAGCCAACCACCUGGGCCAGUAUUAUCAGGCAUGGAGAUGCUACUGAUGUCAGGGGCAUCAUUCAGAAGAUAGUGGACAGUCACAAAGUAAAGCAUGUGGCCUGCUAUGGAUUCCGCCUCAGUCACCUGCGGUCAGAGGAGGUUCACUGGCUUCACGUGGAUAUGGGCGUCUCCAGUGUGAGGGAGAAGUAUGAGCUUGCUCACCCACCAGAGGAGUGGAAAUAUGAAUUGAGAAUUCGUUAUUUGCCAAAAGGAUUUCUAAACCAGUUUACUGAAGAUAAGCCAACUUUGAAUUUCUUCUAUCAACAGGUGAAGAGCGAUUAUAUGUUAGAGAUAGCUGAUCAAGUGGACCAGGAAAUUGCUUUGAAGUUGGGUUGUCUAGAAAUACGGCGAUCAUACUGGGAGAUGCGGGGCAAUGCACUAGAAAAGAAGUCUAACUAUGAAGUAUUAGAAAAAGAUGUUGGUUUAAAGCGAUUUUUUCCUAAGAGUUUACUGGAUUCUGUCAAGGCCAAAACACUAAGAAAACUGAUCCAACAAACAUUUAGACAAUUUGCCAACCUUAAUAGAGAAGAAAGUAUUCUGAAAUUCUUUGAGAUCCUGUCUCCAGUCUACAGAUUUGAUAAGGAAUGCUUCAAGUGUGCUCUUGGUUCAAGCUGGAUUAUUUCAGUGGAACUGGCAAUCGGCCCAGAAGAAGGAAUCAGUUACCUAACGGACAAGGGCUGCAAUCCCACACAUCUUGCUGACUUCACUCAAGUGCAAACCAUUCAGUAUUCAAACAGUGAAGACAAGGACAGAAAAGGAAUGCUACAACUAAAAAUAGCAGGUGCACCCGAGCCUCUGACAGUGACGGCACCAUCCCUAACCAUUGCGGAGAAUAUGGCUGACCUAAUAGAUGGGUACUGCCGGCUGGUGAAUGGAACCUCGCAGUCAUUUAUCAUCAGACCUCAGAAAGAAGGUGAACGGGCUUUGCCAUCAAUACCAAAGUUGGCCAACAGCGAAAAGCAAGGCAUGCGGACACACGCCGUCUCUGUGUCAGAAACAGAUGAUUAUGCUGAGAUUAUAGAUGAAGAAGAUACUUACACCAUGCCCUCAACCAGGGAUUAUGAGAUUCAAAGAGAAAGAAUAGAACUUGGACGAUGUAUUGGAGAAGGCCAAUUUGGAGAUGUACAUCAAGGCAUUUAUAUGAGUCCAGAGAAUCCAGCUUUGGCGGUUGCAAUUAAAACAUGUAAAAACUGUACUUCGGACAGCGUGAGAGAGAAAUUUCUUCAAGAAGCCUUAACAAUGCGUCAGUUUGACCAUCCUCAUAUUGUGAAGCUGAUUGGAGUCAUCACAGAGAAUCCUGUCUGGAUAAUCAUGGAGCUGUGCACACUUGGAGAGCUGAGGUCAUUUUUGCAAGUAAGGAAAUACAGUUUGGAUCUAGCAUCUUUGAUCCUGUAUGCCUAUCAGCUUAGUACAGCUCUUGCAUAUCUAGAGAGCAAAAGAUUUGUACACAGGGACAUUGCUGCUCGGAAUGUUCUGGUGUCCUCAAAUGAUUGUGUAAAAUUAGGAGACUUUGGAUUAUCCCGAUAUAUGGAAGAUAGUACUUACUACAAAGCUUCCAAAGGAAAAUUGCCUAUUAAAUGGAUGGCUCCAGAGUCAAUCAAUUUUCGACGUUUUACCUCAGCUAGUGACGUAUGGAUGUUUGGUGUGUGUAUGUGGGAGAUACUGAUGCAUGGUGUGAAGCCUUUUCAAGGAGUGAAGAACAAUGAUGUAAUCGGUCGAAUUGAAAAUGGGGAAAGAUUACCAAUGCCUCCAAAUUGUCCUCCUACCCUCUACAGCCUUAUGACGAAAUGCUGGGCCUAUGACCCCAGCAGGCGGCCCAGGUUUACUGAACUUAAAGCUCAGCUCAGCACAAUCCUGGAGGAAGAGAAGGCUCAGCAAGAAGAGCGCAUGAGGAUGGAGUCCAGAAGACAGGCCACAGUGUCCUGGGACUCCGGAGGGUCUGAUGAAGCACCGCCCAAGCCCAGCAGACCGGGUUAUCCCAGUCCGAGGUCCAGCGAAGGAUUUUAUCCCAGCCCACAGCACAUGGUACAAACCAAUCAUUACCAGGUUUCUGGCUACCCUGGUUCACAUGGAAUCACAGCCAUGGCUGGCAGCAUCUAUCCAGGUCAGGCAUCUCUUUUGGACCAAACAGAUUCAUGGAAUCAUAGACCUCAGGAGAUAGCAAUGUGGCAGCCCAAUGUGGAGGACUCUACAGUAUUGGACCUGCGAGGGAUUGGGCAAGUGUUGCCAACCCAUCUGAUGGAAGAGCGUCUAAUCCGACAGCAACAGGAAAUGGAAGAAGAUCAGCGCUGGCUGGAAAAAGAGGAAAGAUUUCUGAAACCUGAUGUGAGACUCUCUCGAGGCAGUAUUGACAGGGAGGAUGGAAGUCUUCAGGGUCCGAUUGGAAACCAACAUAUAUAUCAGCCUGUGGGUAAACCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-776.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -826.59
Frequency: 0.0000
Diversity: 653.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((.((((.((..((((((((((((((((...........((((.((((((..((((((.....(((...........))).))).)))..)).)))).....((((.((.((.........)))).))))...((.(((((((((((.((.((....((......((((......)))).(((((((((((((..(((....)))((.((((...(((..(.(.((((....(.((((((......))))))))))).))..)))..)))).))))))))))..)))))..((((((((((.(((....))).)))))).))))....(((((((...((((((..........)))))))))))))((..((((((((..(((((((..(..((((((((((((.((((((((.((((((.(((....((((..((((.(((((((((....)))).))).)))).))..))))((((((((((((((...)))))).))))).)))..............)))))))))))).....)))))....))))))))))))..)..))))))).))).(((((...((((....)))))))))..))))))).))....))..)).))))))))..))).))......)))).....))))))))))))))))....)).))))........(((((((....)))..)))).....((((((((((....(((((...((((((((.(((......((((((((((((.......(((((.....((......))....))))).......)))...(((....)))...........((((..((((((.(..((((((..(((((((((.((..((((..((..((..(((((......)))))..))..))..))))..)).)))).)))))....((((((......(((.........))).........))))))(((((((.(((((..(((((......(((..((((..(((.....((.((((.....)))).))................(((((..........))))))))))))..))).(((((.(((((..((.......))....))))))))))...(((.(((((((....(((((((.(((((((((((.((.(((((((((((.(.............((((((........(((....((((..((((((((............(((....((.....))..)))..(((.(((((((((((((((((.......))))).)))...((((((.....(((((..((((((..((((((....((((.....))))..((((((((((.........)))).....(((((((((((((((...(((((...((((.((((((........))))))......((((.(((....(((.(((.((((((........))).))).))).)))..))).)))).....((((((....))))))))))..)))))..))))))))).)))))).....)))))).(((((.(((......)))..))))).......((.((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..)))))))).))......(((((.((((.((((((((.(.....).)))))))).))))...)))))....))))))........(((((((((((((((.......((((((...(((.....)))....)))))).(((.......))).......)))))).))))))))).....))))))..)))))...))))))....(((((....))))).))))))))).)))((((((((..((.((((((((.....(((((((((.((.(((...(((....)))..))).))...))))))).))........)))).)))).)).....))).)))))(((((((....(((((((.((...((((((((((....((((....)).)).(((((.((.((((.((........)).))))...)).))))).........)))))))))).......)))))))))..(((((((....((((........))))...)))))))))))))).)))))..)))..))))..))).....(((.(((....))).))).))))))).))).))).)))))))))))))...(((.((((((.....(((......((((((...........)))))).....))).......)))))))))))))).))))))).))))))).))).((((((((........(((((...))))).......))))))))))))))))))((((.((((((((((....))))))...))))..))))..)))))))(((((...)))))...((((...))))....(((((......))).)).))))))..).))))))..)))).((((.((.((...((((.....((.((........)).))....)))).)).)).)))).)))))))))......))).)))).))))...))))).)))))))))).....)).))(((.(......))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.{{.((((.((..((((((((((((((((..,..,,{{..{,(({(((({{,,((({{{.,,,.,,|,,..,,,...,))),))},))),.)).}|||,,,{{(((.,{,{|{{......{{{|.{{{|,,...((.({{((({(((({{{,,,....{{{....{,((({{{.{{,,,,..||,}}}||||||.}||,......|{({(({|,..,|{,.|,,,{,,,...,{,{(((((......))))))}}})),)}.}}}}..},||{||}|||,|,,..||||},.((((((((({.(((....))).}))))).)))}{{{.,,,((((.{{((((((..,,...,,.))))))}))))))...}))(({{((..(((((((..(..((((((((((((.((((((((.((((((.(((....((((..((((.(((((((((....)))).))).))))}})..)))){(((((((((((((...})))))},)))).))}...{,....,,...)))))))))))).....)))))....))))))))))))..)..))))))).))))).......{{{,....)}))))})},,,))},))))),..,})},,},)})))))),.))).}}.....,))),.,,,.))))))))))))))))....)).))))........((((({(....})}.,)))).....((((((((((...{(((,{,,.{{(((((.((((..((((((,,,((.,((........}}..}}.....}}}}}}..)}}}.))))).....}})},...(({....}||,{,..{{{,,,{({{..{({((({{{{{,((({..,{{{{{,||,||.,|{{|.,||},||,}|||||..,},,))}|{{((..{((({|....}))))).)))))}}{{{{((((((.{{{{{.{{..,{,{{,.{{{........,||||||({,{{{{.({({{.{(((({.(((({((,.,((((...,,.....||}||,....}}))))}.,..,..........,..(((({..........))))}||}}}}}.,},|,((({{.{{{{{..||,.,,..,||....}}}})})))}...,((.(((((((....(((((((.(((((((((((.(,,(((((((((((.,.......,,,,,,((((((........(((,...((((..{(({{{{{...,|...{{,,{{{....((.....))..})}..||,.(((((((((({((((((.......))))).}||,,.((((((.....(((((..((((((..{(((((.{,.((((.....))))..{{({{({(((.....,...},,,.,...{{(((((((((((((...(((((...{(((((((,((...,,...}|}|||.,,{{.((((.(((....(((.(((.((((((........))).))).})).)))..})).))))..},}||||||....},)))))))}..)))))..))))))))).))))}}.....)))}}},(((((.(((......))}}.)))))}.,..,,((.((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..)))))))).))......{((((.((((.((((((((.(.....).)))))))).))))...)))))..},)))))}......,.(((((((((((((((.......((((((...(({.....)))....)))))).(((.......))).......)))))).))))))))).....))))))..)))))...)))))),,,,(((((....))))).)))))))))..||((((((((.,((.((((((((.....(((((((((.((.(((...(((....)))..))).))...)))))),.})),......)))),,))).)).,...)))}}))))||(((({....(((((((.((...((((((((((....((((....)).))|(((((.{{.((((.((........)).))))...,,.))))).,.......)))))))))).......)))))))))..((((((({{..((((........))))}},)))))))))))))),)))))..}}}..))}}..})}...,.(((.(((....))).))).))))))..))),,)).)))))))))))))...(((.((((((.....(((......((((((,........}.)))))).....))).......)))))))))))))).))))))).))))))).))|{((((.,({........(((((...))))).....}}..}))))}}}))))))))((((.((({((((((....)))))}..,))))..)))).,|||}||}((((,...}))))..,||{{,,,|||}...,|||||...,,,}}}.}|..||}},..},}}}},,..||||,{{{{.||.{{...{(((.....{{,{|......,.)}.}}....}))),)).)).)))).}))}},}}||||||,,...))))).))).)}))))).)))))))))).....}}.))(((.(......))))
Back