Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PTK2_0006000

Sequence Length

333 nt

GC Content

0.5015

GUUUCUGGCUACCCUGGUUCACAUGGAAUCACAGCCAUGGCUGGCAGCAUCUAUCCAGGUCAGGCAUCUCUUUUGGACCAAACAGAUUCAUGGAAUCAUAGACCUCAGGAGAUAGCAAUGUGGCAGCCCAAUGUGGAGGACUCUACAGUAUUGGACCUGCGAGGGAUUGGGCAAGUGUUGCCAACCCAUCUGAUGGAAGAGCGUCUAAUCCGACAGCAACAGGAAAUGGAAGAAGAUCAGCGCUGGCUGGAAAAAGAGGAAAGAUUUCUGAAACCUGAUGUGAGACUCUCUCGAGGCAGUAUUGACAGGGAGGAUGGAAGUCUUCAGGGUCCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-91.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -98.82

Frequency: 0.0000

Diversity: 69.90

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(...)(((..((((((((((.....))))..((((((..(((((...(.(((.((((..((..(((((((((..((........(((((...))))).....))..))))))).))....(.((((.((((((((((....))))))...))))..)))).)(((.((((.(((...)))))))))).(((......)))(((((......))).)).....))..))))))).).)))))..))))))...........((((((((((...(((..(((.(((((((.....)).))).)).)))...))).)))))))))))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(...)(((..((((((((((.....))}||.((((((..(((((...(.(((.((((..((,,(((((((((..((........(((((...)))))...,.))..))))))).))....{.((((.((((((((((....))))))..,))))..)))).}(((.(({(((({...}))))))))).,||},}|}}}}}||{((,..,||},}.}}....,))..)))),},.}.)))))..)))))),........,.{(((((((({...(((,.{((,{{{((({,..,,),.}}).}}.}))}}.}}}.}))))))))))))))))))