Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PTK2_0007200
Sequence Length
2204 nt
GC Content
0.4152
GCUGGUCUCGAACCCCUGACCUCCAGUGAUCUGCCUGCCUUGGCCUUCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCAUCGUGCAUGGCCGUACUUUCUUUUAAAAAUGUGAGUAAUUGAGUGAAUAGCUCUCUCACUUUCUCCAGAAUACAGAAACAAAUCAGUGCAUCACCAACACUUGGAAACUCAUUAAACAAGUUCUUGUGCCCCAUCCCAGGCCUGCUGAAUCAAACACUGGGCCGGGGGAGCAUUGUGUGAUUUCAUCAGCUGAACAUCUCUUCCUCCUCCACCAAAUCAAAUGGAGUGCUUAUGUAUAAUUUCUUGUUCACGGUACUUUUCUGCUUUUGCUUUUGGAGAGUUUGCUAAUUCUUCCGGCUCAAAAAAUAUGGCUAAAUAUUUCUCUCAUCAAUUAUUUAGAAUUAGGGUAUUAAUUGUGUCUGCCUUUCUUUGCCAUGUCAGCAUUUACCUCUAUUAAUGGUGUCAGUGGUAGCAUGAACAAGUAAGUACAUUGUGAUAAAUACCCAACAUGACUGUUCUGUGCUUCUGCAUCCAAAACUUCAUGGGGAAGGAAAUAAGAGGGGAGAUUCCUUCUUGUCCCUGCUUUCUCCGCAUUACAUUAUCCUCAUACCUUCGCAGAGCCACAGUAAGGUUUGAAGUGGAGAUAACUGACUGUGUAUUAGCCUUGUUUGGAUAGUAACUAGAUCUUUUUUCUUCCAGUUGUUAUUAUUAUUUAGCAAUAAUUUGUACUGUGCUUUUGUUCAUUCCAUUGAAGCUUAUCUUUCUAUAUUUUUUAAGAAAUUUGUCGUUAGUCAAAAAUAUUUUAAUUUCAUGAUAGGAUUUCAAAUAAAAAAUAAUCUGAAUCCAGAGUUUAAAUGUUUCAUUUAUUAUGCUUUAUUAGAAGAGACUUGAAGCCAUUCUAAUAUUAUUAAAAAUGCAUUGAAAACAGCAUUAUUGUUGAAUGUAGCUUUUUUGCUUUUGAUUUCGAUUCACUGCCACUAAUUCUUUUUUUUUUUUUUUUCUUUUGGUCAUUGUUCCAAAAGCUGAGGUCAUUUUUGCAAGUAAGGAAAUACAGUUUGGAUCUAGCAUCUUUGAUCCUGUAUGCCUAUCAGCUUAGUACAGCUCUUGCAUAUCUAGAGAGCAAAAGAUUUGUACACAGGGACAUUGCUGCUCGGAAUGUUCUGGUGUCCUCAAAUGAUUGUGUAAAAUUAGGAGACUUUGGAUUAUCCCGAUAUAUGGAAGAUAGUACUUACUACAAAGCUUCCAAAGGAAAAUUGCCUAUUAAAUGGAUGGCUCCAGAGUCAAUCAAUUUUCGACGUUUUACCUCAGCUAGUGACGUAUGGAUGUUUGGUGUGUGUAUGUGGGAGAUACUGAUGCAUGGUGUGAAGCCUUUUCAAGGAGUGAAGAACAAUGAUGUAAUCGGUCGAAUUGAAAAUGGGGAAAGAUUACCAAUGCCUCCAAAUUGUCCUCCUACCCUCUACAGCCUUAUGACGAAAUGCUGGGCCUAUGACCCCAGCAGGCGGCCCAGGUUUACUGAACUUAAAGCUCAGCUCAGCACAAUCCUGGAGGAAGAGAAGGCUCAGCAAGAAGAGCGCAUGAGGAUGGAGUCCAGAAGACAGGCCACAGUGUCCUGGGACUCCGGAGGGUCUGAUGAAGCACCGCCCAAGCCCAGCAGACCGGGUUAUCCCAGUCCGAGGUCCAGCGAAGGAUUUUAUCCCAGCCCACAGCACAUGGUACAAACCAAUCAUUACCAGGUUUCUGGCUACCCUGGUUCACAUGGAAUCACAGCCAUGGCUGGCAGCAUCUAUCCAGGUCAGGCAUCUCUUUUGGACCAAACAGAUUCAUGGAAUCAUAGACCUCAGGAGAUAGCAAUGUGGCAGCCCAAUGUGGAGGACUCUACAGUAUUGGACCUGCGAGGGAUUGGGCAAGUGUUGCCAACCCAUCUGAUGGAAGAGCGUCUAAUCCGACAGCAACAGGAAAUGGAAGAAGAUCAGCGCUGGCUGGAAAAAGAGGAAAGAUUUCUGGUAAUUGUGUUUCUGAAAGGCUUCUUUGACUUUUUAAGCCCUGUUAGAGUCUACUAUAUUGCAAAUUAUUGCAAAAUGUUAUCUUUCAAAGCAGGAGAGUUAGUUUUACAACUACUUCUUAAAACUUGGAAUAGGCCAGGCAUGGUGGCCUAUUUGGGAGGCUGAGGCAAGCAGAUCACCUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-618.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -663.13
Frequency: 0.0000
Diversity: 643.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((.....)))...).)(((..(((((((((.(((((((((((((((((..((((......)))......((((((((((.(((((..................(((((.....((((.....)))).)))))....(((((....((((((((...((((((..(((....(((((.............)))))....)))((((..(((((.................)))))..))))..))))))..((((...))))((((((.((((.(((((((((((..........)))))(((....))).....((((.(((.((....(((((((...(((((.(((((.....(((....(((((((..(((......(((((((((((..............))))))).....(((((((.(((((((((..(((((.((((((((.((.((((..........)))).)).)).))))))...))..)))..)).))))...))).)))))))...((((..(((.(((((....)))..)).))).))))((((((((..((((((((((....)))))))))).....))))))))(((..(((((..((.((..(((((((((..((((((......)))...((((((.((..(((((..(((((.((......)).)))))..))).))..)).)).))))(((((((........))))))).....((((((((.....((((.((((((((...............(((((((((.((((((((((((.(((.((((...)))).)))..)))))).))))))...)))))))))(((.(((((.(((((..(((.(((.((((((........((((((((..(........)..))))))))........(((((..........))))).....)))))).))).)))..))))).))))).)))...(((((((...................((((((..((((..((((((...(((((((((......(((((((.(((..(((((....(((((..........)))))))))).)))....)))).)))..((((((.........)))))).....(((((.((((.((((((((.(.....).)))))))).))))...)))))....((..((((((.((.(((((((((((((((.......((((((...(((.....)))....)))))).(((.......))).......)))))).)))))))))..))))))))..)).....)))))))))........(((((((((((((........((((((((((..((.((((((((.....(((((((((.((.(((...(((....)))..))).))...))))))).))........)))).)))).)).....))).))))))).(((((...(((((((.((...((((((((((....((((....)).)).(((((.((.((((.((........)).))))...)).))))).........)))))))))).......))))))))).))))).((((((((...(((....((.(((((((((.((((.((((((.((..((.........)).)).))))))(((....)))..)))).)))))......((((...))))..((...((((.((((((.....(((......((((((...........)))))).....))).......))))))))))...)).......)))).)))))...))))))))))))))))..))))))))).))..))))..)))))).......)))))))..))))).)))))))..)))))))))))..)))))))))..))))..))))))))....)))).))))))))))))).....))))).))))))))))))))))).)))).((((....))))......))))))))))))).))).....))))))))...(((((............)))))(((((((((...((.((.((((((....)))))).))))...))))...)))))(((((.(((((....))))).))))).....)))))...))))).)))))))))))..))))))))))))))))).)))))))))..)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.((,.....,,}}..).)(((..(((((((((.(((((((((((((((((..,(((......)))....,.((((((((((.(((((.,,,{{{{{.,.......(,(((.,..,((({,,...}})).))))},,,|||{|{{{..{{((({{,...{(((((.,{{({{..(((((.............}))))....|||({((..(((,(({{({.{{.......}},))))}}))))},))))}).|}|||,,|,...,,|||{,{,,,.,,,{,,(((({..........})))){((....))},....,||})}}},.|},||{{{{(((,{|{|{{{.||((({{({,.,{,|}||||||{|||{,........,..(((((((.{{........,,.)))))))...,{((((,(({(,,{{(((,(((((((.{(((((((.((.((((..........)))).)).)},))))))...||{{{{|{.||{||||.{{.|..,||,|||,.,{{((,,,{,,(((({,,,,||}..,,.,,,.}}}}|(((((((..((((((((({....})))))))))...,.}}}}}}}}||,......,..,,,,{,.{{{{,||||}|,||}}}.,.)))},,..,}))|||,...,,}}.}))}}}}.}||}}}}}}|,(((({.(((((({((((((((((((((((((((........))))}|,....,,,.|.(((((..(.(((.((((((({{{{,.....,}||..(((((((((.((((((((((((.(({.{((,...,))).)))..))))))}})))))...))))))))){((.(((({.{((((..(((.(({.({(({{..,.,,..((((((((..(.{,...}})..))))))))........{{{{{,,,,....,||||},..}}})))))).})).})}..))))}.))))).))),..(((((((....,,,..............,((({{((,,...,,,||}}}||((((((({.....{((,{({.(((..(((((....(((((..........)))))))))).)))....))},.}},..((((((.........)))))).....{{{((.((((.((((((((.(.....).)))))))).)))).,.}}}}}{{,{((,.((((((.{,.(((((((((((((((.......((((((...(({.....)))....)))))).(((.......))).......)))))).)))))))))..},))))))..|||,|,,||}|||}}}..,||.,}|,||||||{{(((,{{,{...((((((((((.{((.((((((((,....(((((((((.((.(((...(({....}))..))).))...)))))),.})},......))))},))).)}.,...)))}})))))).{{{{|,..(((({((.((...((((((((({....{{{{,,,.}}.)}|{{(((,{{.((((.({......,.)).)}}),..}}.))))).},......})))))})))....,..)}))))))).|||||(((((((((.,.(((....{{.(((((((({.((({.((((((.{{..((.........)).)}.))))))(((....)))..)))).))))|......(({|...})))..||...((((.((((((.....(({......((((((,........,.}})))).....})).......)))))))))),..}}......,)))).)))))...))))))))))},,,)},,}}}}))))))),..))))}})))))).,,....))))))).((((((((((....))))))..,)))).,|||||,|((,{{|||{,,,,.}}))}},}}}.,,,},}))}}}}}}}|},..}}}}},,)),.}})),)))))))))).)..))))).})))))}...}))))))))),.)))))).))))),,.,,,)}}}}}}......}}}...},}})))}}|,|{(({...{{.{{.((((({....}))))).}})}...}}}}.,,)))))))))))||{{{....}}})}.||||,,,,....)))}..))))).))))))))))}..))))))))))))))))).)))))))))..)))
Back