Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PTK2_0013000
Sequence Length
2151 nt
GC Content
0.4342
GCAGAACUGGGGCUCCCUUGCAUCUUCCAGUUACAAAUUCAGUGCCUUCUGCAGUUUCCCCAGAGCUCCUCAAGAAUAACGGAAGGGAGAAUAUGACAGAUACCUAGCAUCUAGCAAAAUAAUGGCAGCUGCUUACCUUGACCCCAACUUGAAUCACACACCAAAUUCGAGUACUAAGACUCACCUGGGUACUGGUAUGGAACGUUCUCCUGGUGCAAUGGAGCGAGUAUUAAAGGUCUUUCAUUAUUUUGAAAGCAAUAGUGAGCCAACCACCUGGGCCAGUAUUAUCAGGCAUGGAGAUGCUACUGAUGUCAGGGGCAUCAUUCAGAAGAUAGUGGACAGUCACAAAGUAAAGCAUGUGGCCUGCUAUGGAUUCCGCCUCAGUCACCUGCGGUCAGAGGAGGUUCACUGGCUUCACGUGGAUAUGGGCGUCUCCAGUGUGAGGGAGAAGUAUGAGCUUGCUCACCCACCAGAGGAGUGGAAAUAUGAAUUGAGAAUUCGUUAUUUGCCAAAAGGAUUUCUAAACCAGUUUACUGAAGAUAAGCCAACUUUGAAUUUCUUCUAUCAACAGGUGAAGAGCGAUUAUAUGUUAGAGAUAGCUGAUCAAGUGGACCAGGAAAUUGCUUUGAAGUUGGGUUGUCUAGAAAUACGGCGAUCAUACUGGGAGAUGCGGGGCAAUGCACUAGAAAAGAAGUCUAACUAUGAAGUAUUAGAAAAAGAUGUUGGUUUAAAGCGAUUUUUUCCUAAGAGUUUACUGGAUUCUGUCAAGGCCAAAACACUAAGAAAACUGAUCCAACAAACAUUUAGACAAUUUGCCAACCUUAAUAGAGAAGAAAGUAUUCUGAAAUUCUUUGAGAUCCUGUCUCCAGUCUACAGAUUUGAUAAGGAAUGCUUCAAGUGUGCUCUUGGUUCAAGCUGGAUUAUUUCAGUGGAACUGGCAAUCGGCCCAGAAGAAGGAAUCAGUUACCUAACGGACAAGGGCUGCAAUCCCACACAUCUUGCUGACUUCACUCAAGUGCAAACCAUUCAGUAUUCAAACAGUGAAGACAAGGACAGAAAAGGAAUGCUACAACUAAAAAUAGCAGGUGCACCCGAGCCUCUGACAGUGACGGCACCAUCCCUAACCAUUGCGGAGAAUAUGGCUGACCUAAUAGAUGGGUACUGCCGGCUGGUGAAUGGAACCUCGCAGUCAUUUAUCAUCAGACCUCAGAAAGAAGGUGAACGGGCUUUGCCAUCAAUACCAAAGUUGGCCAACAGCGAAAAGCAAGGCAUGCGGACACACGCCGUCUCUGUGUCAGAAACAGAUGAUUAUGCUGAGAUUAUAGAUGAAGAAGAUACUUACACCAUGCCCUCAACCAGGGAUUAUGAGAUUCAAAGAGAAAGAAUAGAACUUGGACGAUGUAUUGGAGAAGGCCAAUUUGGAGAUGUACAUCAAGGCAUUUAUAUGAGUCCAGAGAAUCCAGCUUUGGCGGUUGCAAUUAAAACAUGUAAAAACUGUACUUCGGACAGCGUGAGAGAGAAAUUUCUUCAAGAAGCCUUAACAAUGCGUCAGUUUGACCAUCCUCAUAUUGUGAAGCUGAUUGGAGUCAUCACAGAGAAUCCUGUCUGGAUAAUCAUGGAGCUGUGCACACUUGGAGAGCUGAGGUCAUUUUUGCAAGUAAGGAAAUACAGUUUGGAUCUAGCAUCUUUGAUCCUGUAUGCCUAUCAGCUUAGUACAGCUCUUGCAUAUCUAGAGAGCAAAAGAUUUGUACACAGGGACAUUGCUGCUCGGAAUGUUCUGGUGUCCUCAAAUGAUUGUGUAAAAUUAGGAGACUUUGGAUUAUCCCGAUAUAUGGAAGAUAGUACUUACUACAAAGCUUCCAAAGGAAAAUUGCCUAUUAAAUGGAUGGCUCCAGAGUCAAUCAAUUUUCGACGUUUUACCUCAGCUAGUGACGUAUGGAUGUUUGGUGUGUGUAUGUGGGAGAUACUGAUGCAUGGUGUGAAGCCUUUUCAAGGAGUGAAGAACAAUGAUGUAAUCGGUCGAAUUGAAAAUGGGGAAAGAUUACCAAUGCCUCCAAAUUGUCCUCCUACCCUCUACAGCCUUAUGACGAAAUGCUGGGCCUAUGACCCCAGCAGGCGGCCCAGGUUUACUGAACUUAAAGCUCAGCUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-580.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -621.73
Frequency: 0.0000
Diversity: 621.40
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((.(((((.((((((((((((((((...........((((.((((((..((((((.....(((...........))).))).)))..)).)))).....((((.((.((.........)))).))))...((.(((((((((((.((.((....((......((((......)))).(((((((((((((..(((....)))((.((((...(((..(.(.((((....(.((((((......))))))))))).))..)))..)))).))))))))))..)))))..((((((((((.(((....))).)))))).))))....(((((((...((((((..........)))))))))))))((..((((((((..(((((((..(..((((((((((((.((((((((.((((((.(((....((((..((((.(((((((((....)))).))).)))).))..))))((((((((((((((...)))))).))))).)))..............)))))))))))).....)))))....))))))))))))..)..))))))).))).(((((...((((....)))))))))..))))))).))....))..)).))))))))..))).))......)))).....))))))))))))))))(((.((((((((.......))))(((.(((((((((.(((((((.((((.......)))).)))))))(((((.((((..((((((...((..((........))..)).....))))))..)))).))))).............((((...(((((...((....))....)))))))))..(((...((.((((....)))).))..)))))))))))))))))))..)))((((..((((((....)))))).))))((((((..(((((.......(((.(((((..(((........))))))).).)))(((.(.((((.((((.....(((..((((..(((.....((.((((.....)))).))................(((((..........))))))))))))..))).(((((.(((((..((.......))....)))))))))).....(((.((((((.....))))).).)))(((((((((((((..........))))...))))))).)))))).)))).))))...))))))))))).((((......))))(((....((.....))(((((.((.(((((((((((((((((((.......))))).)))...((((((.....(((((..((((((..((((((....((((.....))))..((((((((((.........)))).....(((((((((((((((...(((((...((((.((((((........))))))......((((.(((....(((.(((.((((((........))).))).))).)))..))).)))).....((((((....))))))))))..)))))..))))))))).)))))).....)))))).(((((.(((......)))..))))).......((.((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..)))))))).))......(((((.((((.((((((((.(.....).)))))))).))))...)))))....))))))........(((((((((((((((.......((((((...(((.....)))....)))))).(((.......))).......)))))).))))))))).....))))))..)))))...))))))....(((((....))))).)))))))))..((((((((((..((.((((((((.....(((((((((.((.(((...(((....)))..))).))...))))))).))........)))).)))).)).....))).)))))))...)).))))))).........(((((((........))))))))))))))).))))).((((.((........)).))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
......((((((((((.((((((({{{{{((,.,....{({{(((({((((((..((((((.....{{{...........))).))).)))..)).)))}.....((({.((.{(,......,||})).)))}...,.,{....,,((((((((..........}))))))|....,,......,,))))))))),.)}||},....,,,.))))))}.))))),,.,......(({,.((((((({{.,,...,.))))))))},,.,}}{((((((((.,{,,{{{{,{{{.((((((((({.(((....))).}))))).}}}}...,||,((({...{{|||,..,....||.|||||||||||||{{.|||{(((({..((((((({.({{({,((((((((,,({{((((({{((((({({((((((((({((((({(((((((((....)))).))).))}|{{|..,}.})}|{{({(((((((...})))))},})}|{((....{.,{{{{{....{{{....))).,{{{{{.||{{{{{{||||||||||,,{|..|,}}|||,}||||,{{....,,{,..,,},}))},)},.,}}},.,})}}}}}}},}}))))))))),))))))))}}),.})))},))))))))))))))))||||...((((((.((...((((((..,((,...|||..},|...((((((((((..,..{((|,{{{||{{(({((.(({{,,(((((({,.((..((,,......}}..},....,|}}}}}..}}}}.})))).....{{{{{,..(({...,|||,{,.,{({{{{||...,|||{||{{((,.((({...,||||,.}})),},,,},})))))}}))||||,,,}}})))|((((..((((((....)))))).)))))|||}}..||||..,..},,})}}))|||..|||...,,,..)))))),.,,.,)}}.))))))}.,,))))))..)).))))))..}}...}.|}}}}},..,.)))))}.}..,.........||..{(({{..........)))}}}}}}}}}},}})}||||{.|{{||}}{|}....{{{{....,,,}),)))}.....(((.((((((.....))))).}.)))((((((((({(((,,,......}}},)}},))))))).))||.....},,)))},.,})))..}})},,,,,,.,,..,))})}}}....{|.....)){{{|{.||.{{(((((((((({{(((((.......))))).}||,,.((((((.....(((((..((((((..{(((((,{{.((((.....))))..{(({{({(((.....,...,,}}.,...{{{((((((((((((...(((((...((((((((,{(...,,...||}|||.,,{{.((((.(((....(((.(((.((((((........))).))).})).)))..})).))))..},}||||||....},)))))))}..)))))..))))))))).))))}}.....}))}}},(((((.(((......))}}.)))))}.,..,,((.((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..)))))))).))......{((((.((((.((((((((.(.....).)))))))).))))...)))))..},)))))}......,.(((((((((((((((.......((((((...(({.....)))....)))))).(((.......))).......)))))).))))))))).....))))))..)))))...)))))),,,,{((((....))))).)))))))))..((((((((((.,((.((((((((.....(((((((((.((.(((...(((....)))..))).))...)))))),.})),......)))),,))).)).,...)))}}))))))...}}.}})))),.,.......(((((((........))))))),}))))))))))...((((.{{...,).)))))))))
Back