Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PTK2_0014900
Sequence Length
1768 nt
GC Content
0.4214
CAAUAGUGAGCCAACCACCUGGGCCAGUAUUAUCAGGCAUGGAGAUGCUACUGAUGUCAGGAUAUGAAUUGAGAAUUCGUUAUUUGCCAAAAGGAUUUCUAAACCAGUUUACUGAAGAUAAGCCAACUUUGAAUUUCUUCUAUCAACAGGUGAAGAGCGAUUAUAUGUUAGAGAUAGCUGAUCAAGUGGACCAGGAAAUUGCUUUGAAGUUGGGUUGUCUAGAAAUACGGCGAUCAUACUGGGAGAUGCGGGGCAAUGCACUAGAAAAGAAGUCUAACUAUGAAGUAUUAGAAAAAGAUGUUGGUUUAAAGCGAUUUUUUCCUAAGAGUUUACUGGAUUCUGUCAAGGCCAAAACACUAAGAAAACUGAUCCAACAAACAUUUAGACAAUUUGCCAACCUUAAUAGAGAAGAAAGUAUUCUGAAAUUCUUUGAGAUCCUGUCUCCAGUCUACAGAUUUGAUAAGGAAUGCUUCAAGUGUGCUCUUGGUUCAAGCUGGAUUAUUUCAGUGGAACUGGCAAUCGGCCCAGAAGAAGGAAUCAGUUACCUAACGGACAAGGGCUGCAAUCCCACACAUCUUGCUGACUUCACUCAAGUGCAAACCAUUCAGUAUUCAAACAGUGAAGACAAGGACAGAAAAGGAAUGCUACAACUAAAAAUAGCAGGUGCACCCGAGCCUCUGACAGUGACGGCACCAUCCCUAACCAUUGCGGAGAAUAUGGCUGACCUAAUAGAUGGGUACUGCCGGCUGGUGAAUGGAACCUCGCAGUCAUUUAUCAUCAGACCUCAGAAAGAAGGUGAACGGGCUUUGCCAUCAAUACCAAAGUUGGCCAACAGCGAAAAGCAAGGCAUGCGGACACACGCCGUCUCUGUGUCAGAUGAAAUUAGUGGGGACGAAACAGAUGAUUAUGCUGAGAUUAUAGAUGAAGAAGAUACUUACACCAUGCCCUCAAAAAGCUAUGGAAUAGAUGAAGCCAGGGAUUAUGAGAUUCAAAGAGAAAGAAUAGAACUUGGACGAUGUAUUGGAGAAGGCCAAUUUGGAGAUGUACAUCAAGGCAUUUAUAUGAGUCCAGAGAAUCCAGCUUUGGCGGUUGCAAUUAAAACAUGUAAAAACUGUACUUCGGACAGCGUGAGAGAGAAAUUUCUUCAAGAAGCCUUAACAAUGCGUCAGUUUGACCAUCCUCAUAUUGUGAAGCUGAUUGGAGUCAUCACAGAGAAUCCUGUCUGGAUAAUCAUGGAGCUGUGCACACUUGGAGAGCUGAGGUCAUUUUUGCAAGUAAGGAAAUACAGUUUGGAUCUAGCAUCUUUGAUCCUGUAUGCCUAUCAGCUUAGUACAGCUCUUGCAUAUCUAGAGAGCAAAAGAUUUGUACACAGGGACAUUGCUGCUCGGAAUGUUCUGGUGUCCUCAAAUGAUUGUGUAAAAUUAGGAGACUUUGGAUUAUCCCGAUAUAUGGAAGAUAGUACUUACUACAAAGCUUCCAAAGGAAAAUUGCCUAUUAAAUGGAUGGCUCCAGAGUCAAUCAAUUUUCGACGUUUUACCUCAGCUAGUGACGUAUGGAUGUUUGGUGUGUGUAUGUGGGAGAUACUGAUGCAUGGUGUGAAGCCUUUUCAAGGAGUGAAGAACAAUGAUGUAAUCGGUCGAAUUGAAAAUGGGGAAAGAUUACCAAUGCCUCCAAAUUGUCCUCCUACCCUCUACAGCCUUAUGACGAAAUGCUGGGCCUAUGACCCCAGCAGGCGGCCCAGGUUUACUGAACUUAAAGCUCAGCUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-452.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -486.59
Frequency: 0.0000
Diversity: 590.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((.....(((((((((.((..((((((((((....))))..))))))((((....(((((((((((.((.((.........)).)).))))....)))))))))))......((((((((((...((((((.(((....))))))))).(((((...((((....)))))))))...((((((((((.(((((((((.(((..(((((((((....)).)))))))..)))........)))))))))((((((((.......))))(((.(((((((((.(((((((.((((.......)))).)))))))(((((.((((..((((((...((..((........))..)).....))))))..)))).))))).............((((...(((((...((....))....)))))))))..(((...((.((((....)))).))..))))))))))))))))))))))))))))).((((((....)))))).....((((((..(((((.......(((.(((((..(((........))))))).).)))(((.(.((((.((((.....(((..((((..(((.....((.((((.....)))).))................(((((..........))))))))))))..))).(((((.(((((..((.......))....)))))))))).....(((.((((((.....))))).).)))(((((((((((((..........))))...))))))).)))))).)))).))))...))))))))))).......)))))))))).....((.....))(((((.((.((((((((((((((((((((...(((..(((((((....((((....((((.(((.(((...........(((((......))).))((((((.........)).))))...........(((((..((((....(((.....)))...))))..)))))..(((((((((...(((((...((((.((((((........))))))......((((.(((....(((.(((.((((((........))).))).))).)))..))).)))).....((((((....))))))))))..)))))..)))))))))))).))).))))......))))...)))))))...)))..))))))))...((.((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..)))))))).))(((...(((((.((((.((((((((.(.....).)))))))).))))...)))))..))).(.((((((.((.(((((((((((((((.......((((((...(((.....)))....)))))).(((.......))).......)))))).)))))))))..)))))))))((((((((((.(((.....))).))).)))))))))))))))))..((((((((((..((.((((((((.....(((((((((.((.(((...(((....)))..))).))...))))))).))........)))).)))).)).....))).)))))))...)).))))))).........(((((((........))))))).)))))))))))....(((.((...)).)))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,(((((.....(((((((((.{{.,(((({(((((,,,,||||,.,|||||(({{.,{{{{,,(({,.,,{(({((.,,.,{{....|}|,||||....(((,,,.}}},,{{{{{,(((((((((,,.{(((((.(((....))}))))}|,{{((,..,(({,..,,}}}}}}})}...|{{{{{{{{{,||{{{{|||||||,,|{|||||||....,..}}}}}}}..}}|.,,,{.,.||||||},|((((({((...,,,,||},{((.{{{{{{{{|.{{{{(((,((((,,.....}|}}.}}}}}}|(((((.((((..((((((,,.((..((........}}..}}.....))))))..)))).))))).....,,|,,...(({,..,{{|{{,,,{(,,|,||....}|}||||||,,{(({{,,,.||{{..,,))}}.}}},}))))))))))}})}}}}})))))||||,.((((((....)))))).}}}}||||||..||||{.,.....|||,|||||..{||........})))))}.,.,|)||{||,||||.{{||||||,{{|.|||||,..,,.....||,|{{....,,)))),.,.............,..{((({..........))))}||}}},},,},},|{(((,(({|(|,{{|....{{||....|,}})|))}}.....(((.((((({.....})))).}.)))((((((((({(((,.,......}}},)}},))))))).||||,,..,)}.}))}...})}},,}))),,,.....},,,)))))).,...||.....))|||||.||.|||||||,||||||||||||}}.}}|,,.,,,,{|||||||,|..,,||{,,{{|,{||||{,,,,,,|,{{,,(,,,,,.}}|.,.((((({.........)},)))).,,|.,,....(((((..((((....(((.....)))...))))..))))).,,||((({{(,.,{((({,,,((((((({,{{...,,.,,||,||{.,,{,.((((.(((....(((.(((.((((((........))).))).))).)))..})).))))..},||{{{{{....}}))))))}}..)))))..}}}}}}|||{||{{.,{|||...{,,,||||,|.||||||,,,|}||,|)}}}|||,.,,((.((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..)))))))).)}{,,...{{||{.((((.((((((((.(.....).)))))))).)))).,.}}}}},,||.,,...||||,|},(((((((((((((((.......((((((...(({.....)))....)))))).(((.......))).......)))))).)))))))))..,,,}}}}}},{|||||{{{,|||,,...)}),))}.}}))))),)))))))),..||{|{{||{|,|||,|||{((((,....(((((((((.((.(((...(({....)))..))).))...)))))),.})},......)))),,))),))}},,,))}))))))}),,,)),},|||},.,,......(((((((........))))))),)))))))))))...,(({.{{...}).)))))))).
Back