Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PTK2_0017000

Sequence Length

771 nt

GC Content

0.4125

AAGGUGAACGGGCUUUGCCAUCAAUACCAAAGUUGGCCAACAGCGAAAAGCAAGGCAUGCGGACACACGCCGUCUCUGUGUCAGAUGAAAUUAGUGGGGACGAAACAGAUGAUUAUGCUGAGAUUAUAGAUGAAGAAGAUACUUACACCAUGCCCUCAAAAAGCUAUGGAAUAGAUGAAGCCAGGGAUUAUGAGAUUCAAAGAGAAAGAAUAGAACUUGGACGAUGUAUUGGAGAAGGCCAAUUUGGAGAUGUACAUCAAGGCAUUUAUAUGAGUCCAGAGAAUCCAGCUUUGGCGGUUGCAAUUAAAACAUGUAAAAACUGUACUUCGGACAGCGUGAGAGAGAAAUUUCUUCAAGAAGCCUUAACAAUGCGUCAGUUUGACCAUCCUCAUAUUGUGAAGCUGAUUGGAGUCAUCACAGAGAAUCCUGUCUGGAUAAUCAUGGAGCUGUGCACACUUGGAGAGCUGAGGUCAUUUUUGCAAGUAAGGAAAUACAGUUUGGAUCUAGCAUCUUUGAUCCUGUAUGCCUAUCAGCUUAGUACAGCUCUUGCAUAUCUAGAGAGCAAAAGAUUUGUACACAGGGACAUUGCUGCUCGGAAUGUUCUGGUGUCCUCAAAUGAUUGUGUAAAAUUAGGAGACUUUGGAUUAUCCCGAUAUAUGGAAGAUAGUACUUACUACAAAGCUUCCAAAGGAAAAUUGCCUAUUAAAUGGAUGGCUCCAGAGUCAAUCAAUUUUCGACGUUUUACCUCAGCUAGUGACGUAUGGAUGUUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-191.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -205.34

Frequency: 0.0000

Diversity: 187.76

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.....((((((((((((....(((....)))....((((((.......(((.((......)).)))(((((((((((((((.......(((((((..((((..((((((.......))))))...(((((......))).))((((((.........)).))))...........(((((..((((....(((.....)))...))))..)))))..(((((((((...(((((...((((.((((((........))))))......((((.(((....(((.(((.((((((........))).))).))).)))..))).)))).....((((((....))))))))))..)))))..))))))))).)))).....)))))))..(((((.(((......)))..))))).......((.((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..)))))))).))......))))).)))))))))).)))))).((((.(((.((((((.((((.....((((......)))))))).)))..))).))).))))....((((((...(((.....)))....)))))).(((.......)))........))))))...)))))).....)))))(((((((((((.(((.....))).))).))))).)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((({,...((((((((((((....{{,..{{|||,...||{{.....||..|||.,({{....,.}))|(((((((((((((((.......(((((((,|...{,,{{,,{{,.,{{{,|,,|,,.,.{{,,{......}}}.,.((((({.........)}.))))..........,(((((..((((....(((.....)))...))))..))))).,(((((((((...(((((...{(((((((,((...,,...}|}|||..,{{.((((.(((....(((.(((.((((((........))).))).})).)))..})).))))..},}||||||....},)))))))}..)))))..))))))))).}}}},..,.))))))}.,{((((.{{(,,,...})}}.)))))}......((.((((((((..((.((((((((((..(((((.((((.((....)).)))).))))).(((..(((((....(((((..........)))))))))).))).........))))))))))))..)))))))).))......})))).}))))))))).||}|},.{{((,|||,|||{||,{{({,...{{{{{......}))))))),})},,})},}}}.)))}....((((((...(({.....)))....)))))).(((.......)))........)))))}..,))))))..,,.)))))((((((({(((.(((.....))).))).)))))})})