Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PTK2_0021100
Sequence Length
1422 nt
GC Content
0.4198
AAUAUGACAGAUACCUAGCAUCUAGCAAAAUAAUGGCAGCUGCUUACCUUGACCCCAACUUGAAUCACACACCAAAUUCGAGUACUAAGACUCACCUGGGUACUGGUAUGGAACGUUCUCCUGGUGCAAUGGAGCGAGUAUUAAAGGUCUUUCAUUAUUUUGAAAGCAAUAGUGAGCCAACCACCUGGGCCAGUAUUAUCAGGCAUGGAGAUGCUACUGAUGUCAGGAUAUGAAUUGAGAAUUCGUUAUUUGCCAAAAGGAUUUCUAAACCAGUUUACUGAAGAUAAGCCAACUUUGAAUUUCUUCUAUCAACAGGUGAAGAGCGAUUAUAUGUUAGAGAUAGCUGAUCAAGUGGACCAGGAAAUUGCUUUGAAGUUGGGUUGUCUAGAAAUACGGCGAUCAUACUGGGAGAUGCGGGGCAAUGCACUAGAAAAGAAGUCUAACUAUGAAGUAUUAGAAAAAGAUGUUGGUUUAAAGCGAUUUUUUCCUAAGAGUUUACUGGAUUCUGUCAAGGCCAAAACACUAAGAAAACUGAUCCAACAAACAUUUAGACAAUUUGCCAACCUUAAUAGAGAAGAAAGUAUUCUGAAAUUCUUUGAGAUCCUGUCUCCAGUCUACAGAUUUGAUAAGGAAUGCUUCAAGUGUGCUCUUGGUUCAAGCUGGAUUAUUUCAGUGGAACUGGCAAUCGGCCCAGAAGAAGGAAUCAGUUACCUAACGGACAAGGGCUGCAAUCCCACACAUCUUGCUGACUUCACUCAAGUGCAAACCAUUCAGUAUUCAAACAGUGAAGACAAGGACAGAAAAGGAAUGCUACAACUAAAAAUAGCAGGUGCACCCGAGCCUCUGACAGUGACGGCACCAUCCCUAACCAUUGCGGAGAAUAUGGCUGACCUAAUAGAUGGGUACUGCCGGCUGGUGAAUGGAACCUCGCAGUCAUUUAUCAUCAGACCUCAGAAAGAAGGUGAACGGGCUUUGCCAUCAAUACCAAAGUUGGCCAACAGCGAAAAGCAAGGCAUGCGGACACACGCCGUCUCUGUGUCAGAUGAAAUUAGUGGGGACGAAACAGAUGAUUAUGCUGAGAUUAUAGAUGAAGAAGAUACUUACACCAUGCCCUCAAAAAGCUAUGGAAUAGAUGAAGCCAGGGAUUAUGAGAUUCAAAGAGAAAGAAUAGAACUUGGACGAUGUAUUGGAGAAGGCCAAUUUGGAGAUGUACAUCAAGGCAUUUAUAUGAGUCCAGAGAAUCCAGCUUUGGCGGUUGCAAUUAAAACAUGUAAAAACUGUACUUCGGACAGCGUGAGAGAGAAAUUUCUUCAAGAAGCCUUAACAAUGCGUCAGUUUGACCAUCCUCAUAUUGUGAAGCUGAUUGGAGUCAUCACAGAGAAUCCUGUCUGGAUAAUCAUGGAGCUGUGCACACUUGGAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-334.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -365.97
Frequency: 0.0000
Diversity: 315.18
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((..((((((.(((((((..(((((.((....................((((((((..........))))))))........((((((((((((((((.(((((.(((((..(((((.((((..((((((.......(.((((((......)))))))((((.((.(((.........))))).))))(((((((((....))))..))))).((((........))))..)))))))))))))))..)))))))))).))))))..)))(((((.((..((....))..)))))))......)))))))...)).))))).)))))))....))))....((((((((((((((((((((((((((..(((((((((....)).)))))))..))).......(((......)))(((((........(((((((....)))..))))........)))))))))))))))...)))))..).)))))))))..))))))).(((.......(((((.....((......))....))))).......)))...((((...(((((...((....))....))))))))).((((...((.((((....)))).))..))))...((((((((((((.(..(((((..((((((....)))))).)))))(((((..(((((.......(((.(((((..(((........))))))).).)))(((.(.((((.((((.....(((..((((..(((.....((.((((.....)))).))................(((((..........))))))))))))..))).(((((.(((((..((.......))....)))))))))).....(((.((((((.....))))).).)))(((((((((((((..........))))...))))))).)))))).)))).))))...))))))))))..((((......))))(((....((.....))..)))..(((......)))..((((((((...(((..(((((((....((((....((((.(((.(((...........(((((......))).))((((((.........)).))))...........(((((..((((....(((.....)))...))))..)))))..(((((((((...(((((...((((.((((((........))))))......((((.(((....(((.(((.((((((........))).))).))).)))..))).)))).....((((((....))))))))))..)))))..)))))))))))).))).))))......))))...)))))))...)))..))))))))((((.....))))............).))))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((((..{(((((.(((((((..(((((.((...,..,,,.,,{{....,.((((((((..........))))))))........(({{{{{||{((((((.(((((.(((((..(((((.(({,.{((((((.,,,...{.((((((......))))))}{(((.((.{((,......,})}})).)))|(((((((((....))))..))))),{{{|....}}}.})))..)))))))}}))))))..)))))))))).))))))..,}}(((((.{{..{{....}}..,,)))))......})))))),,.)).))))).)))))))..}.)))},{{.((((((((((((((((((((((((((..((((((({{....}}.)))))))..)))......{(({......)))|{({{........((((({(....,}}.,))))........})))})))))))))),..}))))..).)))))))}),,))))))).(((.{{,...(((({.....{(......}}....}))))....}},)))...((({,.{{({,(,,.,,..,}))....})}}))}}}.(((({{,...{(((....)))).))},))))...((((((((((((.,..((((((((((((((...{((..((({,{((((((..(((((.......(((.,((((..(((........))))))).,.)))(((.(.((({.((((,,,,,(({..((((...{{.....||,||{,...,,)))),.,.............,..{((({..........))))}}}})))}..}}).(((((.(((((..((......,}}....)))))))))).....(((.((((((.....))))).).)))((((((((({(((,,,......})},)}},))))))).)))))).,))).})))...)))))))))),......((((({((((((....((.....))..{{{,,(((......))){((((,{((.((((,,,.,{(({.{,,........)...)}})).,.)))).}},,.}))}}{{{......}}}...{{{|||,........)}.})))((((.((....(((((..((((....(((.....)))...))))..)))))...)).))))......)))))))))))((((((........)))))).....,})))),,))))))))))}..((((((,{,.........}))...})))))..(((((((((,{{{{{{({....}}}|||||{,.,|,}||..,,|{|.((((,,,|}||,|}...,..,,|)),},)))},),||}}},.}},},|,,..||)))))))))........)))))).))))))))))))..
Back