Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PTK2_0040100
Sequence Length
2716 nt
GC Content
0.3991
AUAUGAAUUGAGAAUUCGUUAUUUGCCAAAAGGAUUUCUAAACCAGUUUACUGAAGAUAAGCCAACUUUGAAUUUCUUCUAUCAACAGGUGAAGAGCGAUUAUAUGUUAGAGAUAGCUGAUCAAGUGGACCAGGAAAUUGCUUUGAAGUUGGGUUGUCUAGAAAUACGGCGAUCAUACUGGGAGAUGCGGGGCAAUGCACUAGAAAAGAAGUCUAACUAUGAAGUAUUAGAAAAAGAUGUUGGUUUAAAGCGAUUUUUUCCUAAGAGUUUACUGGAUUCUGUCAAGGUAAUUAGAGUCUCCUUUAUCAUAAUAAAAUAACAAAAUUAUGCCAAGACCUUUUCCCCAGUGGUAAAUUGCUUUUGGGAAAGUAAAAUGUAGUUUCCUUCCUUACAUGUAAAAUAUAUAAUUUAAAAAGCUGACAUUUAUUCUAGUCACAUUAAUGGCAAAUAGGUUUUUAGUAUAGCUUUCUCCCAUAAAACAUGGUUUUACUUCUUAAUUGUGUUUGAUACUCUGCUAAGCAUAAAACUAAAAAAGUUAUGUGCACAGUUAUUCCUGUCAUCUAGGUCUUCACAGGCUAAAAUAUUUUGACAUGCAGAAGAAAAGGAGCAAUAUGUAAAAUAAUCGUGGUGGUGGAAUCAUUAAUAUUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUAUGUGUGUGCGUGCAUGUUAGUGCAUUUUGAAGGUCUGUCUUUUGUUUCAACCCUUUGGAUGCUUCCCCGCAUUAGUAGCUUUGGCAGAGCCUCAGUUCUUAUCCUUCCCAUAUCCAGCGUGGAGAGCACCUUGGAGUGAGGUGGGAGGACUCUGAAUGUGUGAUUCCCCCAGCUAAUCCAGAGCACACAUCAAGAUUUUCAAGCGCAGCAGGGGAUACAAACUUUAGGGUUAAGGCAGAGUCUGGCUCAGAUGAGCUCUGCCAUUUUCUAGCCUCAGGGUCUUGGGCCUGGUUUCUUAUUUCUACAAUGAAGAAAAUAGUAUUUUGUAGGGUUGAUGUGAAUAUUUAACAGAUUAGUAAAUAUAUUACUUACCACAGUACCUGUCACAUAGCAACAGUGGAUGUUACUGCUCUUACUUUUUAUUUUUCAAAGAUCUUAUUCUACAUCCCAUCAGCUGAAGCCCAAGCAGGAGAAGAUACUCAUUAUGAGAAAAUGUAGCUAACUUUGGAUAAGUUAUUUCAUCUUUUGGUAUUUCAGUUUACACAUCCGUAAAAUGGGGAUAAAAUCCAUUUCUAACACGAGAUUAAUAAGAGGAUUAAAUCUUAGAAAGACCAAAAGAGAGAGAACUGUCGACGUCAUGUUGAUUAUCAUUGGGCCGGAGUGUUGGUAUAAUUUAUCAGAUGCAAUCUGUGACAAAAGCUCUGUAUUCAGAUAUCUGGGUCCUGCUCUCUGUCAAACCCAUCCAGAAUAGGACUGUAAGGAUUAGUCACUGUUUCCCUGAGUCCAGAAAGUAACAGUAUCCCUUCCUCUCUCACAUAGCUUCUUGAUAAUCUAAUGGGAAAAAUAGAUAUAAAGGUGUUGGCUUUAAAACACAAUGCAUUCUAGAAAUGCAAUAAGACGUGCAUUUAAGAAUAGUACAGGAAAAAUAUACUCUUUAUUUCAGGCUCUCUUUCUAGUGAUGCUGCUCGACUUUUUCAGUGUUCAUUCAAGUUUCCUGAUCUAUUAGUGAAAUACUACAGUGAAUUAUUAGGGAACAGAGCAUACUCCAUUUAGUGUGGUUGAGGCCAGGACUACAGAUCGAGACACUGUCCCAGUCUACAAGUAGCCCACAGACCAUUGGCAUGAGUGGGUUGAGUCAGAUUUGAAAGAGAACAAAGAGUUUUAAAUGAAGUUUGGCACAGUGGAAGGGGAAUGAGAGAGAAUGACACAAUUGUGUCCUUCGAGAGAGUUAUUAGGUGUGGGUGGCCCAUACUCUUGCAGUUGGGAGAAUGGGAGAUUCAGUUUGACCUGGAAUGUUUUUGGUGUGGGAGCCGAGAAGGCAUGGGAAGACCCUUAAGUGGAAGGGAUGCUGCUGUGUGUAAACCUGCUGGGUGCUGCAGUGAGGAGGAUAGUGGAGACAUUCAAACAAGUGUAAGCUACAGUUUUAGUGAAUUUACAUUGCUGUUGGAUAGAAGAGUACUCUACCCAAUGUUCUGUUGAUGGUUAUGUCACAUUAGUAGUAUUGGUCAGGGGUUUUCAGUUGUGAAGCACUGGUUUAUGAAGCCUCAGAAUUAUUGCAAAGUCUCCUUAAAUCUGUAUGUGUAUAAACAAUUAGGAAAAGAGUGACUGUUGUCAUUUAGGAGUCCAAUACAUUCUAGAUUUUUAAAGGAUCCCCAUAUUCAAAACGGAACCACAGGUACAGGUCACAGGUGCCAUGGUGUGAGUGUAGCCAGAGUGAGACAGGUGCCCAAAGAGGUUCGGUAGAGGACUGGCCCUGUCUCCUCCAUGACUGGUCCUUCUGAACCUCUGCUUCAAUGUUCCCUCUCCUACUCUUUUCUCACCACGCAAAGUGGAAAUGGCAAAAUACUCCCUUCAAUCUUGGGACCCUGUUUAGUAUCUUAAUUUUUAAUUCUACUUUCUCUUUUUUUUUUUUUUUGUUGAGACAGAGUCUUGCUCCAUCGCCCAUGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUCGACUCGCUGCAACCUCCUCCUCCCGGUUCAAGCAAUUCUUCUGCCUCAGUCUCCCAAAUAGCUGGGACUACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-726.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -780.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 850.70
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((...((((.((.((...........(((.(((((((((((((..(((((((((...............((((((((((((((((((.(((((.......(((((.((((.((((((..((((((((((((((((((((((((((..(((((((((....)).)))))))..))).......(((......)))(((((........(((((((....)))..))))........)))))))))))))))...)))))..).)))))))((((((((..........))))))))..(((((....)))))......((((((((((((.((.(((..((((((((((.(((((((((((((((.((.....)).))))))..(((.((((((((((((............(((((.(((((((...((((......)))).)))))))..))))).((((...........((((((((((.........))))))))))........)))).(((((.((((.....)))).)))))((((......))))......(((((....)))))...))))))).)))))...)))...))))))))).....((((((..((((.(((((...((((..((((((...((((((.(((((((.(((.((((((((.(((((((((....))))))......(((((((....((((((((((((..(((((((......((((.((((...(((((((((.(((..(((..((((.(((((.(((((.(((.....))).)))))))).)).)))).(((((((((.((.((..(((((..(((((((..((.......))..)))).........))).)))))..)).))))))))))).((.(((...))).)).)))))))))))))))......((((...(((((...)))))))))........))))))))........)))))))...))))))))....))))....))))))).))).))))).))).))))))).)))....))))))...))))))))))...))))).))))...))))))(((((((...(((..((((((....((((((........)))..(((......)))....)))....)))))).))))))))))..((((.((((.(((((((((.((((..(((((......)))))....((((...))))(((((......)))))...(((((........))))))))).))))))))))))).))))((((((.....))))))))))))))))..))))).))))))))))))))))...)).)))).)))))...))))).)))((((....))))(((((.(((.((((...(((((..(((((((((((((.......))))).)))))...(((....))).......((((((((((((((((((((......((((((...(((((.(......).)))))......(((((........)))))..((((((((..(((((((........))))))).))))).))))))))).((((.(((((((.(((((...((((((((((.((..((((((.((((....((((((((..((..((((((((((...(((.((........)).)))...)))))))))).(((....))).......(((((((........)))))))))..)).))))))....))))....))))))...((..(((((......)))))..)).(((((((((.(...(((((.....)))))...).))))))))).)).)))))))))).)))))..(((.(((((....))))).))).)))))))))))..(((((((...)))))))((((.(....).)))).)))))))(((((......)))))(((((((((((......)))))))..))))(((....)))......)))))))))))))............))).)))))...)))).))).))))).(((((..((((.((((.(((....)))...)))).))))..)))))....))))).))))))))))..((((..((((((..(((((((((.........)))))))))))))))..)))))))))))))........))))))))).)))))))..........)).)).)))).))).))(((((.....(((((.((..((((((((((((((....))))((((((((((............))))))))))((.(((.............))).)).(((((((.(....)..))))).))(((((.(((.((..((((((.((.(((.((....((((((((((..(((((((((.(.((.......)).).)))))))))))))))))))........))..))).)).))))))...))))))))))(((((((((...((.(((((.((((.........))))...))))).))..............)))))))))))))))))))..)).)))))((((.(((((..(((((.....(((...(..((((((((((((((......)).).)))))))..))))..)....)))...)))))..).)))).))))...(((((......))))).)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.(((,,,((({,||,{{.,|{{{,,...(((.(((((((((((((,,(((((((((,,..,..,,,,,...{(((((((((((((({{{,(((((..{,...(((((.{(({.{{|{{{|.((((((({(((((((((((((({(((..((((((({{....},.)))))))..))}.,,,,.,(((,,,,..}|||({{,...,,,,,({{(((({,,.,||,|||||...,,,,,||||||}}}}))}}},.||}}}},,|,||}}}}}((({{{{(,,..,,,...}}}}))}}..|{{{{....}}},,......{{((((((((((.(|,{{{..((((((((({.,{{{||||||{{|||.{{..,,,||,}}}}}}..,||,||{{{{{{{{{{.........,||{{(|||||||.|||||||{|......|||}...}||||,....}}.,))))),...},,,.{{{{||||||..,......}})})))))),....,,|||,..(((((.((((.....)))).))))),{||,.....)))),.....(((({....)))))...}}}}}}},|}}}),|}}||...|||}}}}}}.{{.,((((((..((((.(((((.,.((((..(((((({({(((({(.(((((((,(((.((((((((.(((((((((....))))))......(((((((....((((((((((((..{((((({.....||,,,.{,{({,.,((({{{|||{{|}}|||..{(((.(((((.(((((.(((.....))).)))))})}.}).)))),|((((((((.((.((..(((((..((({{{(..((,......))..)))}....,},..})}.)))))..)}.}}})))))))}.,({((({{,|||,}},,},})))))))))),....{||{{{,{(({.,..,}}}))))}{{((({.,(,,...}},}}}))}}..})}}}}}...))))))))...,))))....))))))).))}.)))))}})).))))))).)))....)))))),},}))))})))),}.))))).))))...))))))|,||,{{...,,..|{{{{{{,,,.{{,(((,..,,,,.|||,|||,...,,.{|{,...}))}...}}}}}},|,,||||}}},.((({.((((.(((((((((.((((..,{{{{......}}}}|||||({{,...,)))||{((......}})}}...({{{{...,....))))})))).))))))))))))).})))((((((,...,))))))})))))))))..))})).)))))))))))),}}}|,,}}.}))),}}}}}...}}}}),,,,{(((....)))}(((((.(((.((({...(((((..{{({(((((((((.......))))).)))))}..{||.,,,))).......(((((((((((((.(((((((((...,{((({,,.(((((.{......}.))))),,.,,}(((((........)))))..{(((((((..(((((((........))))))).))))).))}|||||,.......,{{{{{,{((((,{,(((({{((((,((,,{(({((,((((,,,,((((((({..{,..((((((((((...(((.((........)).)))...)))))))))).|||,,..||}.....,,({(((({...,,,,.}))))}}})..)))}}}))}{{{{,,||{{{..,||((((((,..((,,.,,..,..)))))))).(((((((((.{...(((((.....)))))...}.))))))))).,,})))),,)))).}))))}}|{{.(((((....))))).}))}))))})))}}}||({{((((,..|||||,|((((.,....)}))),}}))),,}}|||,....,})))))}}}||||||)))))))}(((.....)))..(((....)))....,.)))))))))))))..|,,,....,}))),)))))...)))).))).))))).{(({{..{{{{.{{,{.{{({{,,|}||,.}}},.))))..))))),},.)))))}}))))))))}..((((..((((((..(((((((((,......,.)))))))))})))))..)))))))))))))......,.))))))))).))))))),.|,..,|,,)).,..}}}},}}}.})((({(,{{.....,|}|,..{(((((((((((((....))))|{(((((({{....,..,..}.)))))}}}}}((.(((.............))).)).,{(((((.{,...)..))))).}}((({(.(((.,{..((((((,((.(((.((....((((((((((..(((((((((.{.{(.......}}.).)))))))))))))))))))........)).,))),)).})))))...,,)))))}}},{{|||{{{.,|||.{{{{{.((((.........))))...))))}.)),,.........,,.)))))))}}}})))))))}..},..,,}|((((.(((((..(((((..,..({{...{..(((((((((((({(,.....}},),)))))))..))))..)...,)))...)))))..)}}))).))))}..{((((......))))).}})))
Back