Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PTK2_0045700

Sequence Length

2115 nt

GC Content

0.3693

AUAUGAAUUGAGAAUUCGUUAUUUGCCAAAAGGAUUUCUAAACCAGUUUACUGAAGAUAAGCCAACUUUGAAUUUCUUCUAUCAACAGGUAUUAGAGACUGCUUUCAUAUACUUUUUUGUUUGUUUCUUUGAAUCCUAUUUAUUGCAUAUUUUUAUUUUCAAAUUUGAUUAAAGCUCACGUUUGGAGGAAUAGAAAUUUGUUGCUGAAUGGCAAUAAGAAUCUUUUAACCAAUAAGAAAUUAUUAAUUUUUUUGUUCUUUGUGAGCUUUUGUAUACUUGAGCAAAUCUUAAAAGAUAACUUCUAUUAUAUGGAGACAGUAGGUCUACAAUCAUUUCUUGAGCUUUAAUUUAAAUACAAUUAUUAUGCCUGAAUAGCAAUGAAUUUGUCAUAGGUAGAGAUUGUUGCAGAGCCAACUAUACCCAUAUAAAAUUGAUCUGCUUUGCUUUUUACCCCGUAAGGCAUUAGAUAGACAAUAAAUACAUGUAAGGUAAAAUGCCAAAAAUGCUAAUAAACAUCAGAAAGACAUUUGUACAUAUAAUUUUGUCAUUAAAUGUACUUGGUAAUUUUUUUUGCUUUAAUAAAAAUAUUUAUUAACUAACUAUUCUGGACCGGGAAUGCAGAAAUAAAUCGCAUAAUCCACACCUUUAAAUUCUUCUGUCUAGUGGAGGAUUCCUGUCAUCAGUUGCUUUGUGUUUGAGCCUUUGCUGUUAGUAAGCACAAAUGACGUGACUGUGCAUAGAAGAGUCUGCUGACCCAGUAUAGAUUUGGUAUUGAGAUGGCUCCACUGAAAAGCAUCAUUUGAGGAGUCUUCAACUUUGUAGAAAAGGAAGAGUUGUGUUUUCUAGACAAGAACACGGAGGGGAGAGAGAAAAUGUGGUGCAGUCUUAGCUAAAAUAGUUCAUAACAUUUUGGUGAGAGAGGGACCACAAACAUUAUGUAAACAGGGGUUUAGGUUUUCUCCUGCAGAUAUUGGGAGCCAUUUAAAAACGUUAGUUAGCAAAUGCCGUAACCAGAAUUUUUUUUUUUGAGACCACUCUGAUUAGAUGGCAGUAUCAGGGAUAGAUUGAAUUUUUAAAAGGUUGCAAGCAUGUUUAGAGGCUCUUCAAUCAUUCUGGCAAGAAAUUAAAUAAAAGUGAAAGUAUAUUAUAAUAAGCAAAUUUAGUGGAUGGAUUUGAUAGGACCCAGAGAUUGAACUAAAACAGAAUAUGAAAAUAAGGAAGAAAAAGGCUUAUUAUGUAAGUCUAGGCACUUACUGCCAUGAAAGAGCAAUGGUGGAUUAGAUUCAAAAGAAGGAGGUAAGAAGGUAAGUUGUUCUAUAUUUUUCUAUGUGAGAUAAUGAUAGAUGUUACCAUUUAAAAGAUUCAAGCUGAGAGAGUAGGAAGCUAAGGAAGUUUCCAGCUGUUGGCGGGGGUGUGUCUGUUUUCAUCUUGUCUGUGAAGAAGUAGUCACAUAGGAGAUAGGUUGGGGCCUGCUGCUUUACCUAACACCUUUUUGGCACCAGCGACUGGUUUUGAGGAGGACAGUUUUUCUACAGACCAGGGCCACAGGGUGUGGCAGGGUGGGGUGUGGGGGAAUGAUUUCGGGAUGAAACUGUUUGACCUCAGAUCAUCAGGCCUUAGGUUCUCAUAAGGAAUGCGCAACCUAGAUCCCUCACACGUGCACCUCACAACAGGGUUUGCGCUCCUAUGAAAAUCUUAUGCCACUGCUUAUCUGACAGGAGGCAGAGCUCAGGCGGUAAUGCUCGCUUGCCCACAGCUCACCUCCUGCUGUGUGGCCUGGUUCCUAAUAGGCUACUAACUGGUACUGAUCCAUGGCCCAGGGUUUGGGGAACCUUGAGGUAAGGGAUUGGUGACAAGUUUUGAGGGUUUACGAUAAUACAGAGUUGAAUAUGAAAGGGAGUUAAGUUGGUAAAAUGGAAAGAUUAAGAAGGCGUUUUUAGAUUCCAGCUGAGCUUAUUGGAAGCCUACUCAUUGCAAAAAUAAUUUUCAUCUUACAGACUGGUUCUCAUGUAUUAUUACAUCUCAUCCUUUAGGAAUCUGUUGAACUUCAUAUUUUGGCGAAGGAGAUAACAAGAGAGUUUAAAUAACUCAUGUUUAUUUAGCAUUUUUCUCUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-550.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -595.10

Frequency: 0.0000

Diversity: 672.71

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..(((((((...)))))))..((((((((((((((((((((((((((...((((((((..((((((((..((((((((((((((((..((((((..(...(((((((..(((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((...((((((((((((.((((((((((((((((...((((..(((.(((..(((((((((....)))))))))..))))))..))))..((((.(((((..((..(((((((...(((.((....)).)))..)))))))....))..))))).))))......((.((((.....)))).)).........)))))))))))).....((((((....((((((....((((.....))))..))))))..))))))...((((((.........((........))...((((((((..........)))))))).(((.(((..((((((((....(((((((((((((((((((((((..............)).)))))((((((.((((......)))).)))))))))))).....)))))))))).......))))))))..))).))).(((((((..(((((((.((......))))))..)))..((((((((((((.(((((((..((...(((((((((((.((((((((((((((((((((....))).....))))))))))....))))))))).))))..)))))(((((((.((((((.......))))))((((((((((.((.(((.......))).))((.(((((..((((.....))))))))).))(((((((.......)))))))(.((((((((.......((((((.(..((((.((((((((.(((...)))))))))))..)))).).))))))......((.(((((....))))).)))))))))).)........))))))))))..........)))))))..((((((...((((....((((....))))....)))).....))))))....)).)))))))..))))))...)))))).........)))))))))))))((((((..(((((.................((((.......))))......((((((((.....)))))))).......))))))))))).........)))).))))))))))))......((((((((...)))))))).((((.....))))........))))))))))....))))).))))))).))))))))))))).((((((.(((((......))))).))))))..((((((....))))))..(.((((..(((((.((....(((((((.....)))))))..)).)))))..)))).).....(((((((.......)))))))(((((((...(((((..(((((.(((((.....))))))))))...(((((((((.(((((...))))).)))))))))...((......))..((((((.(((((.((((.((..(((((((.((((((.(((....)))..(((((..(((........))).))))).(((...(((((.(((((.(((..((((((.......((((.....(((.....)))...)))).)))))))))))))).)))))...))).(((((..(((....))))))))....(((((((......))))))))))))).))))))))))))).))))))))))))))))...)))))))((((.((((((((((...(((((((((((...)))))))).)))...)))))))).)).)))).)))))))...)..))))))...)))).))).))..)))))))))))))))....(((((...(((((((....))))))).)))))(((((((((.....))))....)))..)).............))))).)))))))))....(((((....)))))........)))))))))).............))))))))))........((((((((.(((((((((....).)))))))).....))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,(((((({...}))))}}..((((((((((((((((((((((({(({..,{((((({..{{(({{{{,,,.{((||{|,{{({|{.,||{{||,,|...(((((({..(((((((((((((.((((((((((((({(((((((((...((((((((((((.(((({,{{(((((((((,...,({(((({((({,{((((((((....))))))))}..|||{,,...,,{{||||,,,,......,)))))))}}}}})))))))}|,{{.,,,..,,||},{{{{....|||}...,|||.{{{{{(({,{{.{{{.{{{{{.{{{{.{{{{({||||||||,,,,,||{,.{{{{{.,,,({((({..,.((((.....))))..})))))}}))).))}|.|||,}|.}}|.|..}}})))),..,||.|||||{{{{({|,,,.,|,.||,}||}|.({{.(((,.({{{{{{{..,,((((((((({((((({{{(((((..............}}.}}}}}((((((.((((......)))).)))))))))))).....)))))))}||,|{,...}})))))),.}}}.}}}.|||{{,,.|(({((((.((......))))))..}))...{{,,,.((((({(((,((({{{|{{{((((((({(((.{{({(((((((((({{((((,...|||.....)))))}|}}}....}}}}})))),}}}}..|}||||{{{{||,{({{{{....,,,))}}}}{{{{|||||{.|,.,||,}},.,...},})||,|||||.,|{{{..,,,}}})))))),))(((((((.......)))))))|.{|{((((({,.....((((((.(..((((.((((((((.(({...})))))))))).,))}}.).))))))......{(.(((((....))))).)))))))))),|,,,..,,,||||||}|||,,..,,....)))}}},..((({(({{,((((,,,{{({{,,,,||}},,,.|||}.,.,,))))},...)))})))})))..)))))),..,,}))))}).,)}))}}))))))))))||||||{..{{{{{......,,,,,,,...,}|,,,,,},},}..,.,....{{{{((((.....)})))))).,.,,..}))))))})))}....,.,,)}}}.)))))))))))}......((((((((...)))))))).((((.....))))........)))))))))),,..)))))))}})))).))))))))))))).{,,{{{{,{({,,{{{{{|,|{|{||||||{{(({(((..{{||......,.{{{(..(((({.({,,,.(((((((.....))))))).,)).)))))..})}}|,|,,,,,,,,||||,,,{{{||||}||(((((((...(((({{.(((({,(((((.....)))))))))).}.(((((((((.(((((...))))).)))))))))...{,......,,.|(((({{((((((.((({.((..(((((((.((((((.(,(((((({.(((.({({....,}}..})),)))))))}.(((...(((((.((((,,(((..((((({,,,.{,.{{{|.....(((.....)))...,)))})))))))))))))).)))))...))).((((({.(((...,))))))))....(((((((.....,,)))))))))))).)))))))))}))).))))))))))))))))...))))))){((({,(((((((((...(((((((((((...)))))))).)))...))))))))}.).}))}.|||||||,..|,,||}}}}...}}}}|,},.}|||}}}},||}}}||}}}....,{{{{..,{{{{,{{..,.))))))}.))}})|||,,|,||,}}}.})))),.})}}..}}........,,},.})))),)))))))))...,||{||,,,,))})),,,,....,))))))})),..|,,...,...))))))))))....,,,.(((((((({(((((((((....)}}})))))),,...,)))))))