Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PTK2_0051200

Sequence Length

651 nt

GC Content

0.4316

UCUUUCAGGUUCUCUCUGACUGCAAUGGAAAGAGGAAAGAGAAAUUAGAAGUAUUUUUUUAAAUUGUCAUUUGAUUUCUUCAGAGUUAUUGUGGGCUUCUGAACUAUUGCGGAAGCAUGAGAAGAUUCUGUAACUGAGAGGCAUUCUUCAAGCUGCUGGAAAAUAUUACAGAAGGAACACCUUCCAAAUUUUGCUUCAAGCUCUGAAAAAAGGAGCACACAGGGGAACCUUAGUCUUGCUUGUGGAUCGAAGCAAAUACUAUCACAGCGAGGAACUGGGACUUUGUGUGCAGACUCCUGGCUUGAUCUUUAUAGGAUUGGGUGUAUGUUGUUGGAACUGGCAGGCCAAGAGGCCCUGAAACCAGCAGGUGCCAUCUAUAUGGAGAAAAGCGGAUGUAGUCCAUUUCCAGUGUGUUGGGCUAAAGAAUAUGACAGAUACCUAGCAUCUAGCAAAAUAAUGGCAGCUGCUUACCUUGACCCCAACUUGAAUCACACACCAAAUUCGAGUACUAAGACUCACCUGGGUACUGGUAUGGAACGUUCUCCUGGUGCAAUGGAGCGAGUAUUAAAGGUCUUUCAUUAUUUUGAAAGCAAUAGUGAGCCAACCACCUGGGCCAGUAUUAUCAGGCAUGGAGAUGCUACUGAUGUCAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-179.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -193.64

Frequency: 0.0000

Diversity: 225.94

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((.(((.((((..(......)...))))))).(((((((((((.(.((((....))))...).)))))))))))(((((((.((....(((((((........)))))))....)).)))))))...))))))))(((((((..((((((((((((..(((((((((((....))))).....(((((((((((((........((((((((((((((...((....(((((((.(((..................))))))))))....))..))))))))))....)))))))))))((((((((....((((((....(((((((...(..((((((....)).))))..))))))))....))))))))))))))..))))))))))))...))))))))......)))).)))))).(((((......((((((((..........((((.((((...(((((.......(((((..(((..(((((....(.((((((.((......)).)))))).)...(((......))))))))...)))..)))))....)))))((((((......))))))...))))..)))).((((((((..........)))))..)))))))))))....))))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((((.{((.((((..(,.....),..))))))}.(((((((((((.{.({{{....}))}...}.)))))))))))(((((((.((.,..(((((((........)))))))....}).)))))))...))))))))(.,{{((({{((({,{({({{,,.,,...(((((....)))))...,,|||{|{{{{||||,|,,....||||((((((((((...((..,,(((((({{(({,....,,,......,,,})))))))))}..,,))..))))))))))...,|||}.||||||({{,,,,,{{{{({(((((,{.,,(((((...,{{((((((....))))}))...}}||(((.((((({,|,|,|{{{||..,|,{{{{...))}}.))))))|,{{((((((,,...,..,.,........}})}))}}||.,|...,,,}))))).))))}..,,......}}}||,,,.,||},}||||,,}}}|,{(({{{..,||||..|,,}||||||||,,{{{...,,})}}}}}}}...})),,)}))},,,..,}|}{(((((......)))))),||||.||.||||..,,,,,})}))),))}},}}}))}.,))))}}})}.{{|.,,,))})