Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PTK2_0052800

Sequence Length

627 nt

GC Content

0.3589

AAUAGUGCCACCUACUGAAUUGCCAGUGACCCUUUCCCCUCUAGUAUUGUACUUCCUUUUAAAAUGUAUCAGUCGUGUUAAAAUGCAGUAUUUCUGCAAAGCCUUGCAAAUUUCUUAAUCAUCUGUGUUGCUGGCUUAUACUGAGGGAAGAGUGUAGUUUCAUAAAAUACUCGUCAAAACAGGGAAAAUUUUGAUUUCCUGAUUCUGAAAGUGGGCAGGCAACUUUGCAUAGGAUCUUACCUUCAGAGAAAGGAAGAGACGGGGAUGAGUGUUUUUUCUUUCAAUCCGUCUUUGCAUAUCAUAGUGUUGUGAGUUGGGGUGGCAAGUAGGCAGUUUAGAUUUUUACCCAGUACUCAUGAAUUCCAAAUGGUUUAACAAAAUAUACAAACACUUCAGCAUUUUUUCUUUGAUAAACUGUCUGAUUAAAAAAGAUAGGUGUCUCAAUAAAAAUUUCAAUGAAAAAGUGGCCAAAAGAUUUGGACAGACAUUUCAUCCAUUUCAUAUGAAUGAGAGUAAGCACACAAAAAGAUGUUCCACAUUAGUAGUCGUUAGGAAAUGUAAAUUACAACCACACGAGAUAUCAUUGCAACCCUAUUAGAAUGGCUGAUGUUAAAAACCAAAAAGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-132.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -144.67

Frequency: 0.0000

Diversity: 124.38

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((......((((((((((.((.((((....(((((.(((((.........((((((.(((.......))).))))))(((((.....)))))(((((..((((..................)))).)))))))))))))))..((((((...........))))))(((((((.........))))))).((((..(((((((.(((((...(((....))).......))))).)))))))..))))(((((((((..((((.(......).)))).))))))))).((..(((((....)))))..)))))).)).....))))))))))...........))))).))...(((....((((((.......................(((((((((.((((....((((((.........)))))).................)))).))))))))).(((((...)))))....((.((((((.(((.....))).)))))))).............(((((...))))).....((((..((...((((...)))).))..))))(((((((..((....((...))....)))))))))..))))))....))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.{{(((((....,{((((((((((,((.((((,,,,(((((.(((((.........{(((({.(((.......))).}))))}(((((.....)))))(((((..((((...............,..)))).)))))))))))))))..((((((...........)))))){((((({.........}))))))|((((..{((((((.(((((,..(((....)))....,..))))).)))))))..))))|((((((((..((((.{......).)))).))))))))}.((..(((((....)))))..)))))).)).....)))))))))).....,,....))))).})...(((....((((((,,,,...........,,,,(,,,((((((((,.{(((,,..((((((.........)))))).},,,,,,,..,,,,..,,}}|)}},}}))},(((({...})))).,..{{.((((((.(((.....))).))))))}}..,.,,.......|,|||...|||||,{{..((((,,((...((((...}}}}.}}..}})}..,.,,,}}}},..,}},...}},},))))))))},.})))))....))).