Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_PTK2_0052900
Sequence Length
2760 nt
GC Content
0.3786
AUCCAUGGUUGGUUGAAUCUGGAUGUGGAACCCGCUGACGUGGAUGGCUGACUGUAUUGUAUGUUAAACUUUAUCAUUUGUGACUUCUCUGUUUUAAAUGACCUGUUGAUUUUCUGAUUUGGGAUAUAAAGGUUUAGCUUAUUUAUGUUAUUCCCCAUAUCUCUUCCUGCAUUACUUAUUGUUAAAUAGUUGAUAUGUGUAUUUUUCUUUUAGAAGUCUUCUGUUGUAAUUUUACCAAUAUCUUUCCUUUGCUUGGGUUAUUGAUUCAUGUCAAUAUCUUGAUUCCUUUUAAGAUAAAGAUAGUAUUGCCCUAAAUAUUGACCCUUCCCCCCAGUUCCAGCAUGUCUCCCUGUUCUGCCUCAUAUUUUGUUUUUGUUAUUUCUUUUAUGUUGGGAUUUUUACAUUUGUAUUUUAUCUGCAACUACAAGUGUUCUGGGGACUGCUCAUGGGUUGAACUCUAAAACUAGUUUAUUAUUUUUAAUUUUAAGUUUUCUUGAGCUUUCCCAGCUUAGCUUUCUUUCAAGGCCAGUUUUUCUCUUUGUUUUCUCCGGUAUUUGUUUCUUUUUCAUGAAGGUGGUAUUCCCUGUAUGUCUGAUGAUCCUUUAUUGUCUGUAAGUGUAUAGGGAAGCAGGACUAGCUACUUUUCGGAGUUAGAUUUAGCCCCUGGUAGGAAUUCAGAACUGAAGUACUUUGCUUCAGCAUGCUUUUAGUCUGUGGGCCCCUAAAUAACAAAAUAAAGGAGAGUUUUACUGUAAGGUUGUUAACACCUAUACCAGAAACCUUUGCUUUAUUUUCUAGAGAAAUAGCCCCUUGGGAUUUUUAAAAAAUUAUUAUUAUUAUUAUUUUUUGUCCGAGGGUAAAUGCUGAGUUAGCCUGGGCACAACUAGUCAGUUAAACCCUGUUUUCACCCCUGGCUAUUAACAUCAGCCCUCCCCAAUACCUCAUGGCCAGGCCCAAAGCCUCAUCAAGAUUCACUUGAGUUUUGUCUCUGUUUUACACAUCACUGUGCGUGUAGCUCCUCUUUAAUAGCUAGAUAUUUGUUGAAUUCUCAUCUUUUGGUGGCUCUUCCCUUCCUCUUAUUUACCUUUAAAAAAAAAAACUUGCAUACUUCAGUUUCAUUGAAGUCUUCACAGGAAUAAAACUCAUUACUCUACCACCUUGAAGUUGAAACCACUGAGGAUUUUAGGAGGUGGGGUGGCAUGUUGAUCUGUAGGGUGAGGAUUUUAAGUGGUGGAGUGAUAUGUUGGUUUGCUGUGUGGCUAGUUUUAGAGUUAGAUGAGCUCGAGUUCAGACUUUGGUGCUGCCACUUUUAGCUGUGGAACUUUGGUCAAAACAUUUUAUUUUUCUUAUCCUCAGUUUCCUCAUUUAUUGAACAAAUAUUUAUUGAGACAUUGUUUGUAGCAUGAUGAUGUGGGGAUAGUUGAGGUAGUUCUUUUAUAAUGCCUUCUGUAUUUCUCUAAAGUAGGAUUUGAAGUCAUCUCCUAAGAAGGAGUGGAAAAAGCAAUGCUGGGGUUGGAGAUUUGAUGAUAGUGGAGGAGGUUUGAAAUAGGGAUAGUGAGGACAGAGCCAAGCAGGGGUGGAGAAGGCUUGCCUAGGAGUGUUGUGGUUCAACUGAGAUUGGUGACAGUUAAAUUAGAAUGUACGAAUUUUUUUAGUUAAUGAUGUUUUGUCUGGUGCUGGCUCUCAGCAGUCCAGGUGUAGUCUGGUAUAAGUUGUCCUAAUAUUUGUAUUGAAUCAUGAAAUGGACUUUUUUCCAGGCUUGUUUAUUGGAAGGACAGUGGGAGUUAGUAAUAUUGGUCAAAGAUUGGUUUGAACUAUGACUUUACAAUUCAGGAAAUGUUUGUUGAACUUUUACUAAGUGCUUGGCAUGGUUCUAAUUGCUUUAGAUAGAUGUAUCAGUAGACCAAACAGAGUCUGUAUAGUGUAGGGAAGCAGAUAAUAAAAAAAUAAUAAGCAAAUGAGUACAUUAUGUAAUGUACUGGAAGGUGGGACGUGGGAUGAGAAAAAAGUAAUGCCAUAGUAUGAGUGAAUUUGAGGUCUAAAUAGGGUAGUCAUAAUAAGCCUCACUGCAAAAGUGAGAUUUGAGCUAAAUACAAAGGAGAUGGGUGUAUUCAUGCGGGAAACCACAGGCUCCUGUCCGGUCUUCCAUCUGCUUCCCAGAAGCAACGGAAAUAAUCUGUUUUAGGUGUUGAUUUUAGCUUUUACAUUCUUGUUUCCUAAUAGUAUUUGUUUACUAGUCAUUGCUCCAUCAAUUUUAGAAAAAGUUAUAUACUGAACUCCUAUCAUGGUAGGUAGGGAUUUUCUCUCUCUUACGUGGUCUUUCCUCUCCCCCAUCUUCCUCGUGUAGUUCUAGAACAGUUUUUGUUUAGAUCCGUAUUUUCGUUUUUAAUUAUUUUGACUUUUAAACAUAACUCAGUAUUGAGCCAAUUGAAGUAGUAUGGUUGCAUUUCUUGUUCAGCUUUGUUUUUCUUGUUUUCUUGGACUGAAAAUUGCAGUUGUCCCUCUUGUUUGCUUAAUAUUCUUAGGUCUGGCUAAGGUUUCCUACUCUGACAGCUCUGUAAGUAGGGCCUCUCAAUUAGUUUCCAUGCAGUCAAGUGUAUUCAUUUUGUCUUCACCCCCUAGACACACCCCUCCUGGAGCUUUCCUUCUCCUUUUCCCUGCUUCAGUCUAGAGAGGUUGCUCUCUAGACCUGCUGUAAAUGGUACCAGGGUGGAGAAACCUGUGGUACCAGCAAAAAUAAGGCGAGAACAGGUAAGACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-734.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -792.37
Frequency: 0.0000
Diversity: 746.66
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((((.....))))))))).((((((((((....)))).((((..((......))..))))(((....(((((((.(((......))).)))))))...)))(((((.((((...((((((((..((..((((........))))..)).((((((.((....(((........))).....))..))))))))))))))....)))))))))...(((((.........)))))..............(((((((((((....)))))((((((((......))))))))......(((((......))))))))))).........))))))...(((((.((((((((((((.......(((((((((((((.((((((((..((((.....(((((((((.............))))))))).(((((((..((....(((..(((((..((((((.....((((....))))....))))))..((((((.....))))))(((((.....))))).)))))..)))...))..)))))))........))))...)))))))).)))).((((((((((.((...(((........)))....))))))))))))(((((((((((((((((....))).))).....((((..(((...(((((((..((((((((...))))))))...(((.....(((.((((.............((((((((.((((.(((.(((((((((.......)))).)).)))))).)))).)))))))))))).)))...)))((((((((.....((((((((.((.......)).))))))))))))))))......))))))).))).))))....)))))).........(((((((((((((((..........((((.((((((((.(((.(((...((((.((((..((((((.((((((((....))))))))...(((((((.(((((((.(((((....(((.....(((((((....((((((((((.(((..(((((....)))))............................................((((((((...))))))))....((((.((...(((..(((((((((((((.((((((((...(((.(((.(((((....((.(((......))).))))))).))))))...)))))))))))))))))))))..)))...)).))))(((((.(((.((((((((...(((((....))))))))))))).))))))))....(((((.(((.....((..(((........)))..))..))).))))).........))).))))))))))))))))).....)))....))))).)))))))))))))).)))))).............(((.((.(.(((((((((....(((((..((....))..))))))).))))))).).)).)))....)))).)))).....))).).)).))).))))).))))..)))))...))))))))))....(((((((((.((((((((...(((((((((.(((((((((((((((((((((....))))).((((((((...........)))))))).......(((((.((((((((((((((((....(((((....(((((((........((((.......((........))......))))......)))))))......))))).......)))))))))))...))))).))))).)))).))))))))))))........((((.((....)).))))((((.....))))(((((((((((..((((((((((((((((....))))..........((((((.((((.(((.((((((((((((((..(((...((((.(((((((((.((((((((....))))))))..((((.(((((((.((((((((((...(((..((((((.((((((((((..((.(((((((((((((...((.........((((((.....))))))....(((((..((((..((((((((((.(((....)))((((((((((.(((....))).((....))...((((((...))))))(((((.....)))))..((((.(((.(...(((((((((((....))).......(((((......)))))...((((......))))......)))))))).....).))).)))).....(((((.(((((.....))))))))))))))).))))).....)))))).)))).)))))))))..)).....))))))))))).)).))..)))))))..........................((((....)))).........))).))))))))).)))))))))).)).(((((((((..((((....)))).)))))..))))..)))))))))))))))))).)))).))).)))).))).....))))))).)))))))))))))...)))))).....))))))...))))))...)))))..........(((((.........))))).....))))))).))...))))))))...)))))))))..((((((((((....))))))))))))))).....((((((((((((......)))).))))))))))))))))))))).))))))))..))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.((((.....))))))))){((((({||||,{{{||||{({((,,((......|},.}}}}{{{....(((((((.(((......))).)))))))...}}}{{{,,,{{{{...(((((((,..((..((((........))))..)).{|||||,|,....(((........}}}.....))..}||}}},|||,,,|....,||||}},,..}||{,{,,....})}}}})},,....,.......|||,||{{{{|.,,,)))),{(((((((......)))))))}.,{.{((((((......))))))).,.},......,,)))))),}.(((((.((((((((((((..,.{{{((({,,,(({{{{{{{{,..{{{{(((......(((((((((.,........}}.))))))))).(((((((..(((((.(((..(((((.(((((.({{..........})).))))))))))}),))))).))))))),,..{{{{{.....}}||}.,{,..,,,,{{,,{.,{,((((((....,,..(({..,,{..|||{{{{({.{((((((((({.((,{,(((.....,,,)))....))})))))))))),........}))}}}}}}}}))).,))},,}}|{{{,}||.,}|||..||},.((((((((...})))))))..}|{,},}.,,}}}.)))),,},,.,,,..(((((((((.((((.(((.(((((((((.{....})))).)),,))))).)))).)))))))))..}))))))})))((((((((,....((((((((.{,.......),.))))))))))))))))....,((({({,{{{{||{||...,,||,|.|||}....,,{{|{{{{,{{|||{|}|||{|,.|||{{||{||{||||,||(({{{.}},.(({(.....}}}}...((((((((....)))))))).,,(((((({.(((((({,((({(....({(,,,(((,,,,,,{,{{,{{{{(((((,(({.,{((((,...|||}{{,.,,{{.,,,,,,{{,........,,,.......,,,,.{,..((((((((...))))))))...{((((.((...(((..(((((((((((({,((((((((...(((.(((.(((((....((.(((......))).))))))).))))))...)))))))))))))))))))))..)))...)).))))|{{||.{||,||{{{{{{,,,((({{,,,,||||}}|||||||.}}}}||||....,,,,|,||{{{{..{{..,,,..............,,,|||,{|}},||,,||,,,|||.|||||}}}}}}},,})}}...,))),,,.)}))),)))})))))))))).,}|||||............||||||,{.|,,,,{,||,,,,|{|||,,||,..,)),,)}}))))}})))),)})}..}))...,,))))),,)),,,,})))))}))))))}))))}}.,}},)))))),,.))))))))))}}..(((((((((.((((((((...(((((((((.(((((((((((((({{((((.,{{{(|,||.,,,{{{{,,},,}.,}},.}}}})))}.,,.{,.{{{{{.(({{((((((((((((,{..(((((....(((((((...{({..((((.......({........})......)))).,},..)))))))......)))))..}.}..)))))))))))}..,}}}),))}}),})})}}}))))))))))........((((.({....}).)))){(((.....)))}(((((((((((..(((((((,,,,.((((....)))).,.,,.{{..((((((.((((.(((.((((((((((((((..{{{...((((.(((((((((.((((((((....))))))))..{(((.(((((({.((((((((((...(((..((((((.(((,,,{(((..((.(((((((((((({..,{,.....,...((((((.....))))))....((((({.,(((..{(((((((((.(,,....,|}((((,((((({(,,..}})),.))).}}))...{(((((...)))))}(((((.....)))))..{(((.(((.,...((((((({|{{...,}}}.......(((((......)))))...,,{|......}},,....}.}))))))).....}.))).)))|,{{{,,{(((.(((((...,})))})))}}))))),....},.....))))))))))}.)))))))))..||,,,..,}))))))))).}|,}}..}})},,},,,,,,,,,,|}},,...,,,....,{{{{....})))..,,,,.,.))).))))))))).)))))))))).||,.{{{(((((..((((....)))).)))))..)})),,))))),)))))))))))).)))).}}}.)))),,))....,))))))).)))))))))))))...,,})},..,,)))))))...))))))...))))),.........(((((.........))))).....))))))).))...))))))))...))))))))),,((((((((((....)))))))))).}}.......{(((((((((((......)))).))))))))))))))))})))).))))))))..))))).
Back