Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PTPN14_0003600

Sequence Length

545 nt

GC Content

0.4459

CUGAUUUUGGAGACUAUAAUCAGUUUGAUUCUCAAGAUUUCCUCAGAGAGUAUGUGCUAUUUCCUAUGGAUUUGGCCCUGGAAGAGGCUGUUCUGGAGGAGCUGACCCAGAAGGUAGCCCAAGAACACAAAGCCCACAGUGGAAUCCUGCCAGCAGAAGCUGAACUGAUGUACAUCAAUGAAGUUGAACGUUUGGAUGGAUUUGGACAGGAAAUCUUCCCUGUAAAGGACAAUCAUGGAAACUGUGUACACCUUGGCAUUUUCUUUAUGGGGAUUUUCGUGAGGAACAGAAUUGGAAGACAAGCGGUAAUAUACAGGUGGAAUGACAUGGGGAAUAUCACUCAUAACAAGUCGACCAUUCUAGUGGAGCUCAUCAACAAAGAAGAGACUGCCCUCUUUCACACGGAUGAUAUCGAAAAUGCCAAGUAUAUUUCUCGGUUGUUUGCCACACGACACAAGUUUUACAAACAAAACAAAAUCUGCACUGAACAGUCAAAUUCUCCACCCCCCAUCAGACGCCAGCCCACCUGGAGCCGAUCCUCUCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-133.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -143.73

Frequency: 0.0000

Diversity: 146.80

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..(((((((((((((......))))....)).)))))))....(((((((.((..(((.........((((((.((..(((.....(.((((((...((.((((.((.....)))))))).))))))).....)))..)).))))))...((((....))))..((((((.........(((.((((..((((((.(((((((..(((((........)))))...((((((((..((((...((((((...(((((((((((..(((.(.....((((((...........(((((((...(((((........(((.((.((..(((((........)))))..))..)).))).(((....))).(((.((......)).))))))))..)))))))))))))).)))..))))))))))))))))))))).))))))))..............(((((......))))).)))))))..))))))..)))).))).........))))))...((((.....)))))))..)).)))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

..(((((({((((.....{{{|...}}}}))))))))))....(((((((.((..(((.........((((((.((..(({....,({((((((...((.(((,,((.....)))))))).)))))),...}}))}..)).))))))...((((....))))..((((((.....,,..{{{,||{|.,((((((,{(((((({,(((((,.....,,}}}}|.,,{((,,,{(..(({{,,,{{{{....|,{{{{{{,{((||(((|||....}))}))}}},,,,,...{((.,((({{.(((.{{{{{{{.(((.({.{{..(((((........)))))..,..,)).})),,,|,..,.((..(((((......((((((......))))))......)))))..)).},,,,}}},,))))))),}}}),)))))},)),....,,....{{{{{......}}}}).,}}))}}..}}}}}).,)))}.))),,,,.....))))))...((((.....)))))))..)).)))))))