Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PVT1_0002500

Sequence Length

1127 nt

GC Content

0.5040

GUCCAUGUCUCUCGUGAUCCUGUGUGUAUUUCCAGUGGAAGGACAAGGUUUGGCCCACUGUAUAUUUGAAGGCCCUCAAUAUGGCGUUAGUUCGUAUUUACUGAUGGAUGAAGAACUCUGAGGAGAUCUGGUUGAAAGAGACUUUUAAAAAUUAAAGGGAAAUGGGUCACGCAGGCCGCGUUUUUGUCCUUGCCUAUUGGCUACUUUUGCUAUUCAGAUCAUCUGUGAAUGUAAGUGACUGUCUGCUGUGUUCGCAGUGUGGUUACUGGGAAAACAGAGCUCUCUCUCCCCAAAUCAGGUGAAACUACAGGAAAACAGUAGGCAAGAGUCUUCAAAGUGAUGCAUCUCGAGAGAGAGAGGGCCUGGGUCUGAAUCAUGGCUUUGUGCCUUACCAGCCUGUGAUUCUAGUCACUUUACCUUCUGAGCCUUGUUUUUCCCAGCUGCAAAAUGAGUGUGAUAAUAGCGCUUGCUUCAGGGGAUUGUUUCAAGGAUCAGUUGAAAUAGUGCACACCGAAUGUUUGGCAUAUGUGCGGAGCUCUUUGGGGGUGACUCAUGGGCAACUGUUUUUCAUUUAAGAACUGAGUGGAUUGGACCUUUAAGAACUGCUUUGGUCCCACUGUCAUGGGAGGUUAGUGCUGUCUGGAGCAGGCAUGGGGAUGUGGUGGUACAGGGUAGGGUGUAGGGGUCCCCAGAAUUGGGGGCCUCCGUGUUGGAAAGGGACAGUGGGCAGAGUCCAUGCAGGCGCUCUGGGGCUGACAGGGACCUGGGACUUCUUUCUGAGAGGCAGUGACCAGCCAACUGGAGUGGAGGGUUGUGGGGAAAAUGUUUGGCCAAAGGAUUUAGGAACCAGAGAGAAGCAGGCACAUGAUGCUCCUUUUCUUGGUGGGGUGUUCAUCAGGCCUGUAGCUGCCACAGUCAUCACUGUGGCUGAGAUUCAUACCUGUAGCACCAGAGUGGGAGGCAAUUUUUCCAACAUGGGGCAGAGGCUGGGUGUGUGGGGAUUGGUUGCAAGGUGCUGGGAGUGGGGUGCAGGGAAGGGCCUCUGCACACCACGUCCGUCCUCAUCCUGCUAUGAGGUCAGCUCUGUACAUGUGCUGGAAGAGCAAUUAGCGGGGUGCCUAAGCAGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-388.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -412.43

Frequency: 0.0000

Diversity: 365.05

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((...((((.(((((.............(((.(((((((((((((((((((((((((.............(((((((.......(((((((........))))))).........((((((((.((((...((((...(((((............(.(((((((((((.....)))).))))))).).(((((((((((.....((((.((.......(((((((........((.((..(.((.((((.(((.(((((....))))).))).)))))))..)).))........)))))))......)).))))))))))))))))))))))))...))).).)))).))))...))))))))))))).(((((((((((..(((...))).)))).))))))).................)))))))))))))))..)))).))))))))...))))...))(((.((((.(((..((((((((((.......)))))))))).(((.(((..((((((((((((((((((((((((.((((.....)))).))(((((((.(((((((......(((.(((.......(((((((....((((((((...((((((.(((.....(((..((((......)))))))......)))))))))..))))))))....)))))))(((((....)))))(((.((((((((((((((....((((((...))))))((...((((((((.((((.((((..((((.((((((((((((...(((........)))...))))).))).)))).)))).......(((((((..........))..))))).((..((((((..((((((((((..........)))))).))))...))))))..))((((((((....))))))))...........)))))))).))))))))....))..)))))))))))))))))....))).)))..))))))).)))))))........(((.((((.((((((((......)))))))).)))).)))(.((((((......)))))).))))))))))))))))))....))))).....))).)))))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({({((,,.,,|||||{{({,{,.{,.{{{,({{{(({{((((({((((((((((,............{(((((((.......(((((((........)))))))..(((((,,((((,((({{{(((,,.,,.,{{|{.|||||{,....,,||||((((((((((.....)))).))))))..,)))}(((....)))..|||||{{.{,|||}|,,.}}),},},,}},}},,..((((((((((.(((.(..((((((({(((({,....{(({....))))}}).......)))}..})))))}))}.))))))))))))))))))))........,.((((....))))))))))))))))).{{{{{{{((({..{{|,,.,}|,||||,}||}}}}.,..,,,,,,,,,..,,|}|||}}}}}}||||,.||||.,...,{{{{{{.......))|||||{{{|{{|||((((((((((.......))))))))}}{(((.((({,,(((({((({{{{|||{|||({{|,{{({.,.,.)})}.}}||{{{{{.{{(((((,{{...,,|}|||}},..{(((({{,{.,..{{{{{{{|,|||({{{{,{{{,,,.,,,,.,||||.,}},,))))}}),}}}}}),},}},)),.)))))))),,},}))}|||(((((....)))))|||,((((((((((((({....,(((((...))))}|((...((((((((.(((,{((((..((((.((((((({(((,...(((........)))..,}})}}.))}})))).)))).......{((((((.,,....,,.))..))))}.((..((((((..{(((((((((.,........)))))),})))...))))))..))((((((((....)))))))),{,...,},..)))))))).))))))))....))}.,))))))))))))))}),.,,))),)}}..|}|||||,,}}}}|}....,}},(((.((((.((((((((......)))))))).)))).)))|,||||||,|,||,,}}|||,}}|||||||}}}}}||||....,))))....})))}))))))}}))))}