Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_PVT1_0002600

Sequence Length

2388 nt

GC Content

0.5054

ACAGGCUGGAGUGCAGUGGCACGAUCUUGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCUGGGUUCAAGUGAUUUUUGUGCCUCUAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUCCAGGUGUGUGCCAUCACGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUUGCCAUGUAGGUCAGGCUAGUCUAGAAGUCUGGCCUUAAGUGAUCCACCCUCCUUGGGCAGGGUGCCACCUGCCUGAAAGAAAAUGCCCACCCUAGGGAAAAAGACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACCAACGUGGCCUCUCUAAAUAGGUAGUGGGUUAACCUUCAGAAGCAAAGGCAGACAAAAACCACUUGUGAUACCUGCUGCUGCGUAGAGCCAGCCAGCAUAUAGAUUAUGCUUUCUUCCUUCUGAAGGAAGACUCUAGGAUUACAGGAGUGAGCCUGGCCCCAAUUCAAUUCAAUCUUUAUGGGCAUCGAACAAGGGCAUUAUUUAUUACCCAUGGUUUACAGAAGUCAAACCCAAGUCUCAGAGAGGGAAGACAUUUUUUAGUCUCACUGCGAAAGUAACAGAGCUAGAAUUUAGUCUCUGUCACGCUAAAUCGUGCUACAUGCUCCGUCUAGUUCAGAGCCUGUGUGGAGGUCGACACUGGAGUCCCUCAGUUUUCCUCAUCAGGCUCCUGGUCUGAUUCUUCCAAGAUCAGUCUCUUUCCCUCAGCGGAAGCCAGCUGGGAAUCACUGGCCUUGUAACCUCUUCAGGCGACCUCCUUGGGAUGUUCACAAGGAGCAUAGCCAUCUGGAGAAUGAUACUGUUUUUUCCUAGGGCUGGGAUGGGGGUGGUAUCCCUCACAUCAUUCCAGAAACAGCGCCAGCCCUGCUUUUAUCAGCGGGGGCCACAAAGAGGCGACAAGCCCUGAUCAAAUGUGAGCGAGAUUGACAAUCUCAGCACUUUCCAGGGAAAGGAUGCCGUCCCACAUGGCUUCAGGCCUCCGAGGAAGCCCCAUCCUGAGACAGAGAGACCCCAAAUCACAGUGUGUUUCCUUUUGGCCAGAGAUGAGGCUUACUCAUCUCAGACAGCUGUGUCCACGGCAUGUUCCUCAAGGACAGCUGCUCCAGAUGAAAAGAAGAGAUGCUCCCAGAGCCUUGAGGGGCUGCUGAUAGGAACCCAAGGCCUCACCCUGGGGCUGUAUCCUGUGGCUUCAAAAAUAUAUGUAUUUGAAAGCUUCUAGCAAAACAGAUUACACAAGAACGCAAAUGUAAGAUCCCUUUGGGAUUCUAACUUUUUUUCUUAAGGUGUUUAAAGAAAAAUGACACCCUUAAAAAGAAAUGCCAUUUGUUUUCAAAGCUGCAGCACCAGAGGACAUGGAAGAGAAAGGCUGAAGUGUCCCUGAAAAUGAGUGAAGAUUCCAGUCUGUUUUUACUAAUGUCCAAAAUCUUAGGUUUAUUGCCUUUGCGUUCCUCUGCCCCAGGGUCUCUGUGUGGCAGGCGAGUGGGUCUCGUUCGAUGGUGCAGUCAUCGUGUGGCGGAAUGCAUGCUCACACAGGGAAGUUGGUUGAGCGUCUCCUUUGAGCAGUCCUUCCUCUGGUGAGGUGCACAGGCGGGCAUCAUGCCCAUUUCAUAGAUGAGGAAACUGAGGCUGAGAGGGAUGCUGCAAUUUAGGACUUCUGGGUGAUAUCACAGAAGCCUCAUUCUCUUUUGUGGCAUGUACCUUCUCUAUUUGGGAAGUUAAAUUGGACUAUGGGGAUUGGACCAAGGGGUCUUCUUGCUUCCGCUUUCUCUAGGCCAAGGCUUUGCAGUUAUGGAGGAAGAAAGAGCUGGGGUCUGUCUUGGCAACCCUGUGACUCUUCUCCCCUAUCCUCACCUGCCUUCUCACUUGACCAACAUAUUUUAAGGGCUCCAUGUACAAAGGUGGGGCUGUGGCCCUUUCCCAACCAGCACCUUGGCCCUGUACCCUGAUAUGGGAUGGUUAAGGCACACAGGCUUCAUGGAUGGGGGCCUACGACCGCAGAUGGAGCAGAGGUGGACAGGGUAUGGUCCGGCAGGUGGAGGUGCUGGAGAAAAGCCGCGUUAGGCAGCACGGGAGCCAGGUGCGGGGUCUCUCAAAGCCUCGAGUCCCUGGCAGUGCUGUGCUCUGUGAGGACUGCUUUUGACUGCAGGGCACUGACACUCAUACCUUUUGCUUCUGCAGCUGACCAUACUCCCUGGAGCCUUCUCCCGAGGUGCGCGGGUGACCUUGGCACAUACAGCCAUCAUGAUGGUACUUUAAGUGGAGGCUGAAUCAUCUCCCCUUUGAGCUGCUUGGCACGUGGCUCCCUUGGUGUUCCCCUUUUACUGCCAGGACACUGAGAUUUGGAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-851.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -896.97

Frequency: 0.0000

Diversity: 505.90

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.((((.(((((((((((((.((....)))).)))))))..))))))))...((((.((((.....)))).)))).((((((((.......((((....))))((((((((((...(((((.(((((...........)))))(((((((((((..((((....((((((((((........))))))))))...(((...))).....(((((((((......))))))))).........(((......)))...(((((................................((((((((.(.(((.((((.((((((.(((...))).)))))).(((((((((((((((..((((((((((...(((...((((.......))))....)))((((((......)).)))).((((((.....))))))......))))))))))..)))))((((.((((....)))).))))((((...(((..((((.......))))....)))...)))))))))))))).(((((((((((...........(((((((...((((((((.((((........))))...(((....)))(((((((((.....))).))))))..........((((((((((((..(((((..(((((..((.((((.(....).)))).))....(((((((((.(((((((..(((((((((((..........))))))).........((((((........)))))).((((..(((.((((..((((((..(((...((((.(((.((((((.....))))))..)))...)))).......((((((((.....(((.(((..((((((......))))))..))).)))))))))))......(((((((......))))))))))...))))))..))))))).)))).......))))((((((...)))))).(((((((((((((.(((((((((((...((((((((((.((((...((((((((..(((..(((.................)))..))).))))))))..)))).((((((((.....)))))))).)).))))))))..)))))))((((.....)))).(((((((.......((((..((((((((((((((((((((.((..((.......))..))))))).)))((((((((((((((..(((((((((((((.((....)).)))).))))).........))))..))))...(((((((((.((((((((((...))))))......((((((.((((((((((...........)))).)))))).))))))(((..((((....))))...)))..((((((((((((((.(((((.((((((.(((.((.((.......)).))..))).)))))).))))).)).))))))....)))..)))...)))).)))))))))....))))))))))((((((((((((.(((.....(((.((..((((((.....)))))))).)))....))).))).)))))))))....)))..)))))))))))))))))))))))).)))))).)))))))......(((((...)))))........)))))))))))))))))))))..)))))..)))....(((.(((((((((...))).)))))))))..........)))))))))..))))))))))))))).........)))))))))))....(((((....))))))))).))).).))))))))(((((..((((((....((......))....))))))..)))))))))))))))))))))..))))...(((((((((......((((.....((((((((.((((((...((((((.........((((((.((.((.((......)))).))..)))))))))))).......))))))...))))))))......)))).....)))))))))........((((...((((..(((((...((((((((((((.(((.((((..(((((((.((((((((.((.(((.(.(((((((.(((((((..((((((........))))))....))))))..).))))))).).))).).).))))))..)).)..))))))..)))).........(((....)))))))))))))..)))))..))))))))).....)))).)))))....)))))))))).(((((....))))).........))))))))..)(.(((((.....(((((((.......))))))).((((((((((..............))))))))))....))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{.((((.(((((((((((((.(,....}))).)))))))..))))))))...((((.((((.....)))).)))}.((((((((.,,,,..((((....))))((((((((((...(((((.(({{{...........}}}}}(((((((((((..(((({...((((((((((........))))))))))...({(...}}}.,{,.(((((((((......))))))))}..,......(((......)))...,{{{{..............................,{(((((({(.({(,(,(({{,((((((.(({...})).)))))).(((((((((((((((..((((((((((..{{((((,((({.......}))).....}}|||(((({.....)}}))).|(((((.....))))))...,,.))))))))))..))))}((((.((((....)))).))))((((...{((.,,,,........,))}..,.))}...)))))))))))))).(((((((((({...........(((((((...((((((((.((((........))))...{{{,..,||.(((((((((,...,))).)))))).,||,.....||||{((((((({.(,((({{({{,(,,(((,,,,.,}}}}},},))}))}...(((((({{{((((((((.,({{{((((((({,........))))))).,,..,,,,({{(((,,...,,.)))))).|,{{,,(({,((((..{{((({..(((...(((((((,{....}}.)))))))....)))..{{(({({{.,,.....,,}})))),}}},{|(({{((((((.,....)))))}..}))))))))..,}}}.}}},|(((((((......)))))))||{,,,,||}||,.}}}}))),}},}....,}})}))((((({...}))))).(((((((((((((.(((((((((((...((((((((((.((((...((((((((..(((..(((....{.,..........)))..))).))))))))..)))).((((((((.....)))))))).)).))))))))..))))))}({((,....)))).(((((((.......,,{(,.((((((((((((((((((((.((..((.......))..)))))))},)),(((((((((((((..(((((((((((((.{{....,}.))))}}}))).........))))..))))...(((((((({.(({(((((((...)))))}}}..,.((((((.((((((((((...........))))))})))),)))))}{((..((((....))))...))}..,.,,{,((((((((.(((((.((((((.({{.((.((.......)).)},.})).)))))).))))).)),})))))....}},..|||...,})),)))))))))....)))))))))|((((((((((({.(((.,...{({,{{|,{{((((,,...,)))))},.))),,..))).))).))))))))),...)))..)))))))))})))))))))))))),)})))).)))))))...,,.(((({...}))))........)))))))))))))))),,||{{{{{{{|..,,,....(((.(((((({({...,}).)))))))))}},,}}}}}}))})))))),,))))))))))))))).........)))))))))))....{((((....))))))))).))),).))))))))(((((..((((((....,,......}}....))))))..))))))))}))))))))))))..))))...(((((((((......((((.....((((((((.{{{{{{...((((((...,,,...{{(({({(({,,.{|,,,,..})},.,}.,))}}}}))))))...,,,.}}}}}),,.))))))))......)))).....))))))))).......,({({...((((..(((((...((((((((((({,(((.((((..(((((((,{({(((((.((.(((.(.(((((((.{((((((..((((((........))))))....))))))..}.))))))).).))).).).)))))}..)).)}.})))))..)))).........(((....)))))))))))))..)))))..)))))))))...,,)))).)))))....)))))))))).(((((....))))),}},.....))))))))..,,.{((((.....(((((((.......))))))).(((((((({(,.........}...))))))))))....))))))