Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RNF20_0001300

Sequence Length

644 nt

GC Content

0.4829

AUAAUCUGAUAGUGGAGGAAGCAGUGCAGGAGCUGAACUCUUUCCUCGCACAGGAGAAUAUGAGGCUACAGGAAUUGACAGAUCUUCUUCAGGAAAAGCAUCGCACCAUGUCUCAGGAGUUCUCCAAGUUGCAGAGUAAAGUGGAGACAGCCGAAUCACGAGUGUCUGUCCUGGAGUCCAUGAUUGAUGACCUGCAGUGGGAUAUUGACAAAAUUCGAAAGAGGGAACAGCGACUCAACCGACACUUAGCAGAAGUCCUAGAACGGGUGAAUUCCAAAGGUUAUAAGGUGUAUGGAGCGGGGAGCAGUCUGUAUGGCGGCACAAUCACUAUCAAUGCUCGGAAGUUUGAGGAAAUGAAUGCAGAGCUUGAGGAGAACAAAGAGUUGGCUCAGAACCGUCUCUGUGAGCUGGAGAAACUUCGGCAAGACUUUGAGGAGGUCACUACACAAAAUGAAAAGCUGAAGGUGGAAUUGCGGAGUGCAGUGGAGCAAGUCGUUAAGGAAACUCCAGAAUAUCGCUGCAUGCAGUCACAGUUCUCCGUCUUGUAUAAUGAGAGCCUACAGUUGAAAGCACACUUGGAUGAGGCUCGGACCCUGCUUCAUGGCACCAGAGGAACCCACCAGCACCAGGUUGAGCUUAUUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-173.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -185.88

Frequency: 0.0000

Diversity: 174.81

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.(((....((((((((((.(((.(((...))).))).))))))).)))...))).)))..((((...((((((..........((((((((..((....(((((.((..((.((...((((((..((((...))))..))))))...))))..)).).)))))).))))))))..(((.....)))(((((...((((((.(((.......(((...(((..........)))...))).......)))..))))))...))))).))))))...((((....((((((((((((((((.((.(((.....))).))..........((((.((((....((((........))))...))))))))(((((((..((((.(((.......))).))))....(((((((...)))))))...(((((.((....(((..........)))....)).)))))(..(((((...(((((((((((....((......))..))))........))))))))))))..).)))))))..............((((((.((.....(((....)))...))))))))...))))))))))).))))).....))))...((((.....)))))))).......

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,,.(((,...((((((((((.(((.(((...))).))).))))))).)))..,}}|,{{{.,{(((.{{(({(((,,,,,,{,..((((((((..{(,,..(((({.((..((.((...((((((..((((...))))..))))))...))))..)).).))))}).))))))))...,,},}},,}.{||||.,,|{{{||,|{{.......(({...{{{..........)))...)}}...,,..}}}..)))))}...}}}}},}}}}}}...((((....((((((((((((((((.((.(((.....))).))..........((((.((((....((((,......}))}}.,.)))))))}(((((((...,,,.{(({{{{.{.,,..,}}).}}}||||{,,...|||||||..{(((((...}}}}}}.,,.,.,,...,,....}))}))){{(,.(((((...{((((((((((....({.....,||..}))).......,))))))))))))},),))))))).||..,,.......((((((.((.{{.,({{....})).},))))))))...))))))))))),})))).....)))).,,{,,,....}))))})}}}..,,,,