Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RP1-85F18.6_0000300

Sequence Length

986 nt

GC Content

0.3986

GUGUGAGCCACCAUGCCUGGCCAGAAAUCUUGCCGUUUUUCCCCAACUCUGGGUGGCUGCAUCUUACCUCUUUAUGCUUCUCCAUGGUGGCAUAUAGUUUCUGUGAGAGGUCGUUAGAUACAUUGGGCAUCCCGGGUUUCUUCUUGUUGCCCCUACUCAGGCUGCUCUUAUUUUUGCUGGUUUUCUUAUUAUUCUUCUUUUUAGCAUUUUUGCUGUCUCCCUUGGUCACAUCUGUGCUUUCAUUGCUGGUGUUUUCCUCUCGUUUUCUCUCUUCUUCCUCCUGUUCCAGUUCCUUAAUGCUUUCUUCCAGAACAUUGGGCCAGAAAUCACCCUCGAAAUAAGGCAAUUCCUUUGCACUUGUUAAUCUAUCUUCAGUAGCUUGUUUAAAAAUAUCCUGUGAAAACAUGCAUGUACAUAUAGGAAUUUCUAUGUUCUUUUAAAGCAUUGAUUAUACAGAAUAAUCAUGGCUGACAAGAAACAUGAAAGCUUAAAAUGUCUUGAAAGCUGGCAGAGACUUUAUACCUAAGCCGUAAGCCAGGGAGUAUUUAGAAAAAUAAAUAGUGAAAAGGCCUGGCCUAAAGUCAAUAUUUCCGGUUUUCUAUUUCUUCUACCCACAAAAACAGGGAGCUUAUCUGCCUUUAUAUAACCAAGUGGCAAUUAUCCUGCCAGGAUCAACGUCAGGGUGGUAGCACCAUCAUGCAUGCCAUGGCCCCUACCACUCCUUAUCACAGAAUAUGUGGUAUGAAGCAUGCCCUCCUCACACCCAUCCUUGGAAUUUCAGCAGCUUUUACUGACAGCUUUGUUCAAAAUGACCAAAACUACAAAUACUGGAAAUAGUAUCUGCUGCAGAAUGAUUUGCUGGGCUGCUUAGGAAAACUUCUUUAUUUAGUUGAACUACUAAAUUGAGGAAGACAAGUCUGUAUCAUGAGACAACCUAUAUUUAUGAAUAACAUAAUACUGUUAAUUAAGAAUAUAUUUUUGGCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-248.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -264.79

Frequency: 0.0000

Diversity: 241.70

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((......)))))(((((((((((....((((......((((....))))))))...............((((((.((....)).)))))).(((((((((.((...(((..(((((..((((((.....((((..(.....)..)))).((..(((((((((.........(((((.....................(((((....)))))........((..(((((...((.......)).)))))...))............................))))).......((.(((((((((......))))..))))).)).......((((((((((.....)))).))))))...........)))))))))..))......(((((((...(((....)))...))))))).((((.((((((((....(((..(((((((.....)))))))..)))...))).)))))))))))))))..))))))))...)).))))))))).....(((((((....((((.(((((....(((((((..(((((.(((..((((...))))....))).)))))....)))))))......)).)))........((((.((((...((((...............))))...(((((...))))).......((((((((((.....(((((.....)))))...))))))).)))(((((((.....)))))))..))))...))))........(((....))).....((((((.((...(((.((((((((.(((...))).)))).......((((((....))))))..)))))))...)).)))))))))))))))))....((((((((((((((......)))))).))))))))....((((........))))....(((((((.(((.(((((......))))).))).))))))))))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((......)))))(((((((((((,..,({{(,,..,,((({....})))||||.||,{{,,{{..{{.((((((.({....}).)))))).||,{,{{||}||},|{{,..{{{{{..,,((((,...,((({..,..,..).,)))).,,..{{((({{{{{,,.{{{((({(((({{{{................{((((....))))}....,...{{..{({{,.{,({{,,,,..||.||||,,,,|,....,..................,{{.,{}|||.....,,,{.,,,,,...,))})},})))..}))),.}},,..,}}((((((((((.....)))).))))))...,.......}))))}}}}.......,,.(((((((...(({....}))...))))))).{{{{.((((((((....(((..(((((((.....)))))))..)))...)))}}})))))))))}}},..))},,,))}}}))})))))))},.....{{{{{||.,..{|||.(((((.,..(((((((..(((((.(((..((((...))))....))).)))))....)))))))..,,},)).}}}........,||||(|,{...{(((,,,............|||}...{{{{|,,,})))}....,.,|(((((((((..{{{({{,,.....,))))...)))))))})|,(((((((.....))))))).}|||||.||||,........(((....))).....((((((.{{.,.(((.((((((((.(({...})).)))).......((((((....))))))..)))))))...}).)))))))))))))))))....((((((((((((((......)))))),,)))))))....((((........))))....{((((((.(((.(((((......))))).))).))))))))))))))))))