Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_RP11-146N23.4_0000100

Sequence Length

407 nt

GC Content

0.4054

GUUCAUAAAACUGAAUGGCAGCUCCAUAUACCUUUUUGGCUGAAGAACCUGUCAAGACAAAAGUUGAAAAAACUGGAAGUGGAUAUUUGGUUUCAGGAUCCCAGCACUCAAUAGUAGCUCCCAUAGGAAGGCAGAAAAGAGGUACAUCUGAUUCUGAGAGUGGAAAUGACUCAUAGUCCUCUUCUGGAUAUCUAAAAAUUAAACCAGCCUUAUAUGCUAUUGCAUUUGAAGCAGGUACAGACUUCUUAUAACACAGAAACACGCUGGAACCCCACAUUCCACAAUUUAAGUUUUUGUCAACUUUGCAGAAGGUAUGAGGAGGAGUUUCUCCUUUACUGGUUACAAUAACACAGAUAUCAGUUACAGCCAAGGAAUUCUGGGGUCGAACUGGAGGAGCCCUUCGAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-101.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -108.64

Frequency: 0.0000

Diversity: 67.33

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.....)))((((.(((..((((..(((((((((((((.(......).)))))....(((((((((((((((.((((((((.....((((((((......((((((....))).)))...((((((((.(((((.(((......)))..))))).((((.......))))...((((......)))).............(((.((.(((.((((....)))).))).)).))).....))))))))..............))))))))......)))))..))).))))))).))))))))...))))))))(((((((....)))))))..(((((((...)))).))).....((((.(.(((..((....))..))).)))))))))..))).)))....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((.....}}}((((.(((..((((,,{((((((((((((,(.....,|,}}}},,.{,(((((((((((((((.(({(((((.....((((((((......((((((....))).)))...((((((((.(((((.(((......)))..))))).((((.......))))...((((......)))).............(((.((.(((.((((....)))).))).)).))).....))))))))..............))))))))......)))))..})}.))))))).))))))))},.))))))}}{((((((....,))))))..(((((({...}))).)))....{{{{{.|,|||,,|{....}}.,))).,}}})))))..))).))),...}