Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_RP11-362A9.3_0000200
Sequence Length
1370 nt
GC Content
0.3109
UCUAUAAACUGAAAUGGUAUUCAAUUGUUAAUAGAAAAUGAAAAUCUAAUAAAUGUAGGAAAUGAAAAACUACAUUUUAACAAGAAAAAUAAGUAAUAUUCUAUAAUGUAACUAACUACAAUAACAUGUGAAGUCACCAUUACUUUCUUAACACGAUUGAAAUUACAUUGGUAUGGGUUCCAACCCGUAAUGUAAUAAUCUAAGGCUUUAAUAGAUGUACAGUACAAUCAGUAAAAUCAACACAUCAGUCUUAUAUUAGAAAGCAUCUCUCUCAAGCAUAAAAACUUGCAGUAAACUUGGAAGUAUGGAAAGUUCUAUAACUGAACUUUCACUUCUCCCAUUCCAUACUAUAACUACCAGUGACCUGGCCCCUACUUCAGCAAUUUUUAGAACUGCUGAACAGAGCAAAAAUAUCCUUUACUAGCUGCAACAUCCAAACCUCAAAAAAAGGAAUUCCUUUGGAUGAUUCCAUUCUUAAAAACUGAAUGCACAUCUAUUUUUUUUUUAAUUUUGUAAAAGGCUUUCUAAGGCUAUAAGCAGUUAAUCUGAACAAAACAAAACAAAACAAAAAUCACAUAUAAAAUUCACCCAUGUACUUAACCCACCCAAUUACUAGGUUAAUUAAACAUUUCCCAUUUUCAUAUUUUGGUUUAUCAUGCAUCUGAUGACAGUGCUGCUUUCUUCUUUGUUUAGAGUCACUAUUUUGAAUGUGACUGUGAUGAAGCAUUUAAGCAAACGUGAAACCAUUUUUGCAAAGCAUUUAUAGUCUUUUGACUUUUGACAGAGGCUAUAAAUAGAAGCAAAAUAAUUUCCUCAUUUUUUUGUUACUGUGUCUCAGAAAUGGCAAUCCCUUUUGAAUAACAUGUUAUACAGUAUAGUAUGCAUAAAUAUUACACUACAAUGCAUUAAAAUAAUUUUAUAUAUAUCUAUUAUAUAUAUAUCUCCAGUAUGUGUGAGUUUAUCUGUAUUGAGAGAGUUUGUGUUGUGCUGUCUAUUGUUACUGUAAAGUUAAAUUGGCCAUUUCUGAGACAGCUUUGGUUUCAAAAAAAAAAAAAAAGAAUGGUGCCCUUUGACUGAUUAGUACUAGCAAAUAUGCAACAAAAUGUGGCUCUGAAAACAAUAACACUGAAGAAAUAAUACUCUAAUUUGAUGUACAGUCUAUGGCACUUCAUGAGAAUCCUUAACAACAUGGUACUUAAAGCCAUGAUGUGCUUUAAAAUAUACACAGUUGUGGUUUUGCUUGGCACAUUCAUCUCUGUCAGAUCCCUCCCUCACCACGUCUUACAAUCUAUUACAUUAAAAAUAUUACUCUUAAACAAAAAUGACUGUGCAUGCACGCUCUCAUCUAUAAUGGCAAUUUUAAAUACAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-273.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -301.93
Frequency: 0.0000
Diversity: 332.42
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((........))....(((((.(((((((((((((...(((...(((...((((((((...........)))))))).....)))......(((((((((...((((((((................(((((((..((((.(((..........((((...(((((((...(((((((....))))))))))))))))))(((((((......(((((....(((.....)))........))))))))))))..(((((((((........((((..((((((.(((((((......(((((((((((((((((.......))))).............))))))))).......((((....)))).......(((((((.(((...))).))))))).............))).......)))))))(((((((((((.......)))......))))))))....(((((.........))))).............))))))..))))......))))))))).(((...))).(((......))).................((((((.(((((((((......((((..((((((.............))))))....)))).....))))).))))..))))))....((((((.(((...((((.((.(((((((..(((((((((((((.(((((((((((..(......)..)))))...(((((.(((....))).)))))...(((((((((((((((.(.(....).))))))))))))))....))...............((((((((..((((((((((((((((((((((..((((....(((((...((.((((((((....((((((((............................((((((((.....))))))))..(((((((((((.(((....))).))))))).)))))))))))))))))))).)).)))))....))))....))).)))))))))))))))....))))..))))))))...........((((((..............))))))(((....)))..))))))))))))))))........)))..))))))))).))))...))).)))))).)))..)))).)))))))((((...........((((((.......))))))(((((((.((((((.((((....))))))))))...)))))))...))))(((.((((..............)))).))).....))))))))..))))))))).............((.((((....)))).))))))))))..))))))))...)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((........))....(((((.(((((((((((((...,,,...{{{...((((((((...........)))))))).....}}}......(((((((((...((((((((......,,,......|||{{{({.......,,,,,,.......(((({..{((((((,..{((((((....))))))))))))))}}}}{{{((((...,..(((((,..,(((...,.||}........}}}}}|}|||||..{((((((((..,.....{{{{..,,{{,,.{((((((......(((((((((((((((((.......)))))},...........,)))))))).......((((....))))...,,..(((((((.(({...})}.))))))).,}.,........}}).......))))))}(((((({,.........,|||....}}))))))))....(((((.........))))).............}}}}}}..}}}}....,})))))))))||||.,,|||{(,....}}}....................,{{{{{.{({{,{{{,......((((..((((((.............))))))....})}}.....|,}}}.}})}..))))}}....,{,,{((,{{{{.|{{{{({,(((((((..(((((((((((((.{{{((({{{{{,,|,.,,,.)..)})}}.,,||{,{.{((,,{{||}.|||||,{{{{{{(((((((((((((.{....}.))))))))))))}|((.(((((((.{({......})}.))))))).))}{(((((((((((((({{{..((((..,.(((((...,,.((((((((,...((((((((.,,...{{.{{{{{{{.....,,,,.,,(((((((({....,}}}}}}},}{{{{{{|||||}|||},.,))}.))))))),)})})))))))))))))))).}}.))))).,..))))....}}},))))))))))))))}))}}))}}}})}.............,,,.||||{{...||,,,,},...)))))}(({....}))..}}}}}})))))))))}........}))..)))))},...{{{|{......)},))),,,},.,})))))))))),||}...........||||||..,,,.,)))|||(((((((.,,(((,.,{((,...,))),}))),...))))))},,,}...{((.((({..............)))).))}.....))))))))..)))))))))............,((.{(((....}})),,,))))))))..))))))))...)))))...
Back