Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SETDB1_0002700

Sequence Length

1358 nt

GC Content

0.4831

GUGAAGGUUGCAGUGAGCCGAGAUCAUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAACGAGACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAUUGGCCGGGCACAGUGGCUCAUGCCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGACCGAGGCAGGCGGAUCAUGAGGUCAAAAGAUAGAGACCAUCCUGGCUAACAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUAUAAAAAUUAGCUGGGUGUAGUGGUGCCACCUUGCGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCGCUGGAACCCAGGGAGGCGGAGGUUCCAGUGAGCCAAGAUCGCACCACUGCACUCCAGCCUGGUGACAGAGUGAGACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAUUACCCCACUUUCCCUAAUUACCAUACUACCCUCUUUACCUUCCCGUUCUCUACCGAAUCUAUGUCAUAACUCUUGAGAAUAACUUUGCUUCUUCUAUAGGAACCUUGAGUCAGAUGUCUGGAGAACUAAGCAAAGAUGGUGACCUGAUAGUCAGCAUGCGAAUUCUGGGCAAGAAGAGAACUAAGACUUGGCACAAAGGCACCCUUAUUGCCAUCCAGACAGUUGGGCCAGGGAAGAAAUACAAGGUGAAAUUUGACAACAAAGGAAAGAGUCUACUGUCGGGGAACCAUAUUGCCUAUGAUUACCACCCUCCUGCUGACAAGCUGUAUGUGGGCAGUCGGGUGGUCGCCAAAUACAAAGAUGGGAAUCAGGUCUGGCUCUAUGCUGGCAUUGUAGCUGAGACACCAAACGUCAAAAACAAGCUCAGGUUUCUCAUUUUCUUUGAUGAUGGCUAUGCUUCCUAUGUCACACAGUCGGAACUGUAUCCCAUUUGCCGGCCACUGAAAAAGACUUGGGAGGACAUAGAAGACAUCUCCUGCCGUGACUUCAUAGAGGAGUAUGUCACUGCCUACCCCAACCGCCCCAUGGUACUGCUCAAGAGUGGCCAGCUUAUCAAGACUGAGUGGGAAGGCACGUGGUGGAAGUCCCGAGUUGAGGAGGUGGAUGGCAGCCUAGUCAGGAUCCUCUUCCUGGAUGACAAAAGAUGUGAGUGGAUCUAUCGAGGCUCUACACGGCUGGAGCCCAUGUUCAGCAUGAAAACAUCCUCAGCCUCUGCACUGGAGAAGAAGCAAGGACAGCUCAGGACACGUCCAAAUAUGGGUAUGUCCUGAAAGAUUCCUGGAGGAAGGAAGAAACAGGCCAACCAGCAAAGGAGAUUAUAUACAAUGGCUAUCCUUUGAUUAGCAUGGUUACACUGUAUACUCAUUGGAAACAGGAUAUGUGCCCUGAGUUGUUUCCAAUCAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-429.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -454.77

Frequency: 0.0000

Diversity: 306.68

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.((.(((((((.((.........)))))))))..)).((((((.(((......((((.....)))).................))).))))))..(((((((..(((((....((((((....)))))).....)))))))).((((....))))...((.(((((((((((.((.....)).)))).......)))))))))................(((((((((((((((((...(((((.(((((....((((........)))).....))))).)....(((((((((((...(....)...)))))))))))..))))...)))))))))))).)))))(((....)))..(((((.....))))).....................))))........))))(((..............(((((..(((((((..((((((.(.(((.......))).)....(((((((((((((.(((...(((((.(((...((((((((.......(((....((.((((......)))).)))))...((((.....)))).............(((((..((((...))))..)))))))))))))....))))))))........((((......)))).......(((((.(((....(((.(.(((...((((.....))))...(((((((..(((((.(((.......))).)))))..))))))).............(((((((..(((.(((((((...((.((((((...(((..((...(((..(((((((...((((....)))).........))))))).)))))..)))....)))))))).))))))).)))..)))))))(((((.(((((......(((((((((...(((....((((((((((.(.(((....))).)))))).)))))(((((((.((((.((((.....)))).(((((....))))).((((((...))).))).).))).))))).)).)))....))))))))).....))))).))))).))).).)))....))))))))(((((.....((((........)))).....(((((((......)))))))(((((...)))))....)))))...((....)).))).))))))))))))).....((((((((..((((....))))..)))))))).)))))).))))))).)))))..((((...(((((((((((((..((((.....))))...)))))).....)).)))))...))))......(((((((((((...............))))))))))).)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((({,({.(((((((,((,,.......|||||||}}..,,.((((((.(({......((((.....)))).................))).)))))).||{{{(|,..(((((....((((({....}))))).....)))))|||{((((.{,.||||...{(.((((((({{{{.((,....)).)))}.......)))))))}}................(((((((((((((((((...(((((.(((((.{((((((........))),.}))}))))).)....(((((((((((,.,,....).,.)))))))))))..))))...)))))))))))).)))))(((....)))..(((((.....))))}...................,.}},,.,,},,..,,,}{{,......,,.,,...(((((..(((((((..((((((.{.(((.......))).}....(((((((((((((.{((,..(((((.{(({,.((((((((.......(({...{((.((((......)))).)))}}...{{((.....,,,},,,..........{((((..((((...))))..))))})))))))).,}})}})))))..........,{{{{,..,{{{,,,....,{{{..,,,}}}.||}}||||,.,}|,|.,},}}},}|...(((((((..(((((.(((.......))).)))))..))))))),,,}........{(((((((..(((.{((((((...((.((((((.{.(((..((...(((..(((((((,,.,{,,....}}},.........})))))).)))))..)))....)))))))).))))))}.)))..)))))))|((({.(((((......(((((((((...(((....((((((((((.(.(((....))).)))))).))))){{(((((.{(({,,{{(,,...||||.{{{{|,...}))))}|{|{{{...}}}.})).}}))).))))).)},)))....))))))))).....))))).})))},|||.,,||{{{,,|.||))))||,|,......{{{|,,|,.},}))).,,..||{{{{{....,,})})))){((((...)))))....,,}}}}},||},,,,,.))).))))))))))))).....((((((((.,((((....)))),.)))))))).)))))).))))))).)))))..|,||}..{,{{,,(((((((..,{{(.....)))}...)))))))....,}.))))).}})))),..}},|(((((((((({........}),...,}))))))))}.,,}