Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SETDB1_0006300

Sequence Length

394 nt

GC Content

0.5178

AUGGGGUGGACUUGCUUUGUCAUUCAGGCUGGAGCGCAGUGGUAUGAUCAUAGCUCACUGAAACCUCGAACUCCUGAGCUCAAGUGAUCUUCUCACCUCAGCAUCCUCAGUAGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACUGCGCCUGGCCCAAAUUCUUAAAUUAGAUAGAAUAUGAGCUCCCCUGGGCUGGGCACGGUGGCUCACACCUGUACUCCCAGCCCUUUGGUUCGCUAAGGCAGGCGGAUCACAUGAGGUCGGGAAUUCGAGACCAGCCUGAUCAACAUGGAUAAACUCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAUUAGCAAGGCACGGUGGCGCGUGCCUGUAAUCUCAGCUACUUGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCACUUGAACACGGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-178.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -183.09

Frequency: 0.0008

Diversity: 42.95

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((......(((.((((((....((((.....))))...)))).)).)))........))))))..((((((.(.((((((((((((((..(((((((.((((.((((((((((((((((((((((.(((((((.(((((((.((.(((((..........))))).)).))).....((((((((.((((((.....)))).))...))))))))..(((((((((......))))))))).....(((((((.............)))))))...(((((.....))))).....((((..........))))..)))).))))))).)))))))))))))))))))))).)))).))))))).))))).))))))))).).))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((((......(((.((((((....((((.....)))).,.)))).)).)))...,,...))))))..((((((.(.((((((((((((((..(((((((.((((.((((((((((((((((((((((.(((((((.(((({((.((.(((((..........))))).)).))}.....((((((((.((((((.....)))).))...))))))))..(((((((((......))))))))).,,..(((((((.........,,.,))))))}...{((((.....))))).....||||..........,,,),.)))).))))))).)))))))))))))))))))))).)))).))))))).))))),})))))))).).))))))