Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SHPRH_0007300

Sequence Length

1435 nt

GC Content

0.4341

GUGAGUAUGCCUUGGCAGCAGAAUUGUACAGAGAAGUGUUGCGCUCCUCGGAGGAACACAAAGGAAAACUCAAAACUGAUUCACUUCAAAGACUUCAUGCUACCCAUAACUUGAUGGAAUUGUUGAUAGCCAGGCACCCAGGGAUACCACCUACCUUGCGUGAUGGCCGACUUGAGGAAGAGGCCAAACAGCUGCGAGAGCACUACAUGAGCAAGUGUAAUACAGAAGUUGCUGAAGCCCAGCAAGCUUUAUAUCCUGUGCAGCAGACCAUCCAUGAGCUUCAAAGAAAGAUUCAUUCUAAUUCUCCUUGGUGGCUAAAUGUGAUCCACAGAGCAAUAGAAUUUACUAUUGAUGAGGAGCUAGUUCAGCGAGUGCGAAAUGAAAUAACCAGCAACUACAAGCAACAAACUGGCAAGCUUUCUAUGUCAGAGAAGUUCCGUGAUUGCAGAGGUCUUCAGUUCUUACUUACAACACAAAUGGAAGAGCUAAAUAAAUGCCAGAAGCUAGUAAGAGAGGCUGUAAAAAACCUGGAGGGACCUCCAUCUCGUAAUGUUAUUGAGUCUGCAACAGUCUGUCACCUCCGACCAGCCAGACUUCCUCUCAACUGCUGUGUCUUUUGUAAAGCUGAUGAAUUGUUCACAGAGUAUGAAUCAAAGCUAUUUUCCAACACAGUCAAAGGCCAGACUGCAAUAUUUGAGGAGAUGAUAGAAGAUGAAGAAGGACUGGUGGAUGAUCGAGCACCUACCACCACCCGGGGUCUCUGGGCAAUAAGUGAGACAGAGCGAUCUAUGAAAGCAAUACUAUCAUUUGCAAAAUCACAUAGGUUUGAUGUUGAAUUUGUUGAUGAAGGAAGCACUUCAAUGGAUCUCUUUGAAGCAUGGAAGAAGGAAUAUAAGUUGCUUCAUGAAUAUUGGAUGGCUCUGAGGAAUCGUGUGUCUGCUGUUGAUGAACUUGCAAUGGCUACAGAACGACUAAGAGUGCGUGAUCCUAGGGAGCCAAAGCCUAAUCCGCCUGUUCUUCAUAUCAUUGAACCACAUGAGGUAGAACAAAACCGAAUAAAACUACUAAAUGAUAAAGCUGUUGCUACAUCACAGCUUCAGAAAAAACUUGGGCAGCUUCUUUACCUAACUAAUUUGGAGAAGUCUCAAGAUAAAACAUCGGGAGGUGUUAAUCCAGAACCUUGCCCAAUCUGUGCUCGACAGCUAGGAAAACAGUGGGCGGUACUGACCUGUGGUCACUGUUUCUGUAAUGAAUGCAUUUCUAUAAUUAUUGAACAAUACAGCGUGGGAUCUCACAGAAGCUCCAUUAAGUGUGCAAUCUGCCGCCAGACCACAUCUCACAAAGAAAUCUCGUAUGUCUUUACCUCAGAGAAAGCAAACCAGGAGGAGGACAUCCCUGUGAAGGUAAAGUAGGUCAGGAACACAUAGAAGCAUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-377.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -404.11

Frequency: 0.0000

Diversity: 385.41

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.(((..(((((.(((((.((((((......(((((.(.(((....))))))))).((((((...(((....)))))).)))......................((((((((((.((((.(((..(((.(((((((((..((((.(((((.....((..(((((..(((....))).))))).))(((((...((((((....((.(((((.((......(((((((.(((....(((((.(((((((.((((...(((.((.(((((((...((((((((((..(((((((((((..(((((((((..(((.(((..(.(((.((...((((((......)))))).)).))).)..))).)))(((((.(((.((((...(((.((((.(((..(.(((...((((((((....)).))))))....)))).))).))))...))).)))).))).)))))..........((((((((((......((((((((((((((((.((((((..((........(((((((((...(((......)))......((.(((...))).))))).)))))).........))..))))))...))))).).)))))).....(((.((((...))))))).)))).......))))..))))))...(((((........)))))......)))))))))...))))..........((..((((((.((......)).)))))))).(((((.....)))))((((((((..((((....((((((((...((((.........)))).......))))))))...))))..)))))))).(((((......))))))))))))))))))))))......((((.(((....))).))))........)))))))))))))))).((((.(((..(((((((.........))))))).)))..))))..((.((.(((.(((..((((.........)))))))))))).)).((((......))))...(((..(((((.................)))))..))))))))))))))).....))))))))))........((((((..(((((((((...........)))))))))))))))....((((((....))))))........))))))).))....))))))..))))).........))))).))))....)))).)))...(((((..((((((((.....)))....))))).))))).....)).))).)))..))))....))))))))))))))))))))).)))))....))))))))........((..(((((((((((((((.((...........(((........))))).)).))))))))............)))))..)).....

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((.(((..{((((.(((({,((((((...,.,(((((.{.(((....)))})))))..,{{,,...|{,....|||,}}.}}),...,.......,.........((((((((((.{(((,(({.,(((.(((({((((,.{{{{.{{{{|||||.{{,.(((((..(((....))).))))).,,{((((,,.{{((((,.,,(,.{,,{|}||......((((((((((..,..}}|||||}|||,,.,,{{.,|{{||((,({{((((,..((((((((({.,(((((((((((..((((((({{{,(((.{((..{.(((.({...((((((......)))))).}}.))).}..))}.)))(((((.(({.((((...(((.((((.(((..{,,,{...(((((({{....}}.))))))....)))..))).))))...))).)))).})).)))))..........{(((({((({......{{{{(((((({(((((.((((((..{{........((((({{{{}}}||.,,,,..........|||,(((....,|,|,|}}.}}})}),,....,,,)),.))))))...))))).).))))))....,(((.(((,...|})}}}}.}}})...,...)))).,}))))}...(((((........))))).......,)))))))...))))..........((..((((((.((......)).)))))))).(((((,...,)))))((((((((..((((....((((((((...((((.........)))).......)))))))),..))))..)))))))).(((((......)))))})))))))))))))))),}}},.((((.(((....))).))))........|||||||||}}}|||,.|||||||||||||||{{|||,....|||,|||||,}||.,}||,..|.{{.(((.((|..|(((.........)))}}))))))),))}|||{..,,,,|},,...{{{..((({{.......,,........}}}},..}}},,,{||||||||,....,}))))))},........((((((..(((((((((...........)))))))))))))))....((((((....))))))....,,{.|||,}||{||..,,||}}||..}}}}}..,,..,}})))))}))),,,,.}))),))),,.|(((({,(({{{{,,,.,..,,|....,}}}}.}}},}.....)),))).,}},.)))),,,.))))))))))))))))))))).))))|..,,|}|)))))........{{..{((((((((((((((.{(........,,.,|||},,,.,.))})),)),,)))))))..,,,,......}}}}}..,)..,..