Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SHPRH_0007400
Sequence Length
2289 nt
GC Content
0.4426
GUAUAUCAAGGAGUGAAGAAAGAUGGCUUUUUACAACCUCAUUUUUUGGCAGAACAGGAUAUAGUUAUCAUUACCUAUGAUGUACUGCGUUCAGAAUUAAAUUAUGUCGAUAUCCCACAUAGCAAUAGUGAGGAUGGGCGUCGCCUACGGAACCAGAAGCGCUAUAUGGCUAUCCCGAGCCCCCUGGUAGCUGUGGAGUGGUGGAGGAUCUGCCUUGAUGAAGCUCAGAUGGUUGAGUGUCCCACAGUAAAAGCUGCAGAAAUGGCCCAGCGUUUGAGUGGGAUUAAUCGAUGGUGUAUCAGUGGCACUCCAGUACAGAGAGGAUUAGAGGAUCUUUUUGGGUUAGUGGUCUUUCUUGGUAUUGAACCUUACUGUGUCAAACACUGGUGGGUUCGACUUCUCUAUCGGCCUUACUGCAAGAAGAAUCCUCAGCAUCUCUACAGCUUUAUUGCCAAGAUACUGUGGAGGUCUGCAAAGAAAGAUGUGAUUGACCAAAUCCAAAUACCACCACAAACCGAAGAAAUACACUGGCUCCACUUUUCUCCAGUGGAAAGGCAUUUCUAUCACCGUCAGCAUGAGGUGUGCUGCCAGGAUGUGGUGGUAAAACUCAGGAAGAUUUCUGACUGGGCUCUGAAGCUCAGCAGCCUAGACAGAAGGACUGUCACCUCUAUCCUGUAUCCAUUGCUGAGGCUCAGACAGGCCUGCUGUCACCCACAGGCUGUUCGUGGAGAGUUCUUGCCACUCCAAAAAAGUUUUGAACAGUCUACCUUUUCUUUUAGCACCAUGACAAUGGAAGAGCUGCUGACAUCUUUGCAGAAGAAAUGUGGAACUGAAUGUGAAGAAGCACAUCGACAGCUAGUUUGUGCUCUCAAUGGCUUAGCAGGCAUUCAUAUUAUUAAAGGUGAGUAUGCCUUGGCAGCAGAAUUGUACAGAGAAGUGUUGCGCUCCUCGGAGGAACACAAAGGAAAACUCAAAACUGAUUCACUUCAAAGACUUCAUGCUACCCAUAACUUGAUGGAAUUGUUGAUAGCCAGGCACCCAGGGAUACCACCUACCUUGCGUGAUGGCCGACUUGAGGAAGAGGCCAAACAGCUGCGAGAGCACUACAUGAGCAAGUGUAAUACAGAAGUUGCUGAAGCCCAGCAAGCUUUAUAUCCUGUGCAGCAGACCAUCCAUGAGCUUCAAAGAAAGAUUCAUUCUAAUUCUCCUUGGUGGCUAAAUGUGAUCCACAGAGCAAUAGAAUUUACUAUUGAUGAGGAGCUAGUUCAGCGAGUGCGAAAUGAAAUAACCAGCAACUACAAGCAACAAACUGGCAAGCUUUCUAUGUCAGAGAAAGGUCUUCAGUUCUUACUUACAACACAAAUGGAAGAGCUAAAUAAAUGCCAGAAGCUAGUAAGAGAGGCUGUAAAAAACCUGGAGGGACCUCCAUCUCGUAAUGUUAUUGAGUCUGCAACAGUCUGUCACCUCCGACCAGCCAGACUUCCUCUCAACUGCUGUGUCUUUUGUAAAGCUGAUGAAUUGUUCACAGAGUAUGAAUCAAAGCUAUUUUCCAACACAGUCAAAGGCCAGACUGCAAUAUUUGAGGAGAUGAUAGAAGAUGAAGAAGGACUGGUGGAUGAUCGAGCACCUACCACCACCCGGGGUCUCUGGGCAAUAAGUGAGACAGAGCGAUCUAUGAAAGCAAUACUAUCAUUUGCAAAAUCACAUAGGUUUGAUGUUGAAUUUGUUGAUGAAGGAAGCACUUCAAUGGAUCUCUUUGAAGCAUGGAAGAAGGAAUAUAAGUUGCUUCAUGAAUAUUGGAUGGCUCUGAGGAAUCGUGUGUCUGCUGUUGAUGAACUUGCAAUGGCUACAGAACGACUAAGAGUGCGUGAUCCUAGGGAGCCAAAGCCUAAUCCGCCUGUUCUUCAUAUCAUUGAACCACAUGAGGUAGAACAAAACCGAAUAAAACUACUAAAUGAUAAAGCUGUUGCUACAUCACAGCUUCAGAAAAAACUUGGGCAGCUUCUUUACCUAACUAAUUUGGAGAAGUCUCAAGAUAAAACAUCGGGAGGUGUUAAUCCAGAACCUUGCCCAAUCUGUGCUCGACAGCUAGGAAAACAGUGGGCGGUACUGACCUGUGGUCACUGUUUCUGUAAUGAAUGCAUUUCUAUAAUUAUUGAACAAUACAGCGUGGGAUCUCACAGAAGCUCCAUUAAGUGUGCAAUCUGCCGCCAGACCACAUCUCACAAAGAAAUCUCGUAUGUCUUUACCUCAGAGAAAGCAAACCAGGAGGAGGACAUCCCUGUGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-656.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -701.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 565.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((((((((((....))))))...........(((((......)))))........))))).))).))))))))(.....(((.................(((((((.((....))))).))))((((.(((.....(((.(((...........)))...))))))))))((((((.(((((((..((((((.((((.((((((((((.((((....((..((((.(((((((.((......((((((((((((((((((.((((......)))).)).((((...(((.(.((((((((.((.((.((((((((((((((((((((.((((.((((((((((((....((((((((..(.((((...)))).)..))))))))(((((....(((.....)))..)))))......(((.((((((((((..((........))..)))))))))))))..))))))).((.((((.....))))))......))))).))))((((((((.(.((...((((((.......)))))).))).)))))).))........((((.(((.(((((((((((((((((((((...(((.((.....(((((.(((((((((((...)))).))))))).)))))((.(((((((.((((((..((.......((((((((((.(((((..((((((((..(((((((((((((((((((.((....))..))))).........))))))))))....((((((((.(((((((....))))((((..........))))))))))))))).))))...(((((((....((((.(((.((.(((........))).)).))))))).....)))))))........(((((......)))))))))))))..)))).).)))..(((((.(.(((....))))))))).((((((...(((....)))))).)))......))))).))........))..))))))...).))))))))......)).))).)))))))...(((((((..(((((..(((....))).)))))....)).))))).(((((.........)))))......((((((((((.....)))).)))))))))))))).)))))).)))...))))........))))))))))..)))))))))))))).))(((.(((..(.(((.((...((((((......)))))).)).))).)..))).))))))))).)..)))....)))).....(((.(((......(((((((.((((((.......)))))).)....(((((((.((............))))))))).......))))))..))).)))...((((((((........(((((....))))).((((.........))))...((((((((((((((.(((((((((((.((............)))))).)))........((((..(((.((((.(.....).)))).))).))))...........(((((........)))))..........)))).))))))..(((((.(((((((.((((((((((((.((((((.......(((((.....)))))............((((((.(((((((((.(((((.((.(((((.(((((.((((((.......))).))).))))).))))).)).....((((.(((..((.....))..))).))))...........)))))))))).......)))).)))))).....((((.(((..(((((((.........))))))).)))..))))...)).)))).))))).((((.........))))))))))).)))))))...)))))......(((..(((((.................)))))..))).....))))))))......))))))))........((((((..(((((((((...........)))))))))))))))....((((((....))))))....(((.(((..(((((..((((..((.........))..)))))))))))).)))..))).)))))...))))))))..(((.....)))....................)))))))))))))))..)))).)))))))...))))))).))))))..)))).(((.....)))..(((((((......)))....)))).)))..)))))).(((.....))))))....)
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({{{((((((((((({(((((..,.}}}}}}......}}}}}}}}}|,|,..,|||||{||{{,|{||||,.,}},)))))}))|}.,{{{,,.........{{{{,..,{((((((,{|....},))).)))}{(|{,|,||,,.,{|..||,,.,||||,...,||||.,,},,}))|,((((((.({(((((..((((((.((((.((((((((((.((((....({..((((.(((((((.,{...,{{(((((((,.(((.(((((.(((((.((({......,.(((({{.(((.{.((((((((.((.((.((((((((((((((((((((.(((((((.(((((((((.,..{(((((((.{(,((((...)))).)}})))))))),(((({{..(((.....)))..)))})},....(((.((((((((((..{(.,,.....))..)))))))))))))}.))))))))}...))))))).........((((((((((..,.{,((((((.,.((...((((((.......)))))).})}.)))))).}}.{{,.((((((,...,)))))),}.)).)))))))))).....((((({{{,{((((.(((((((((((...)))).))))))).))))}|,...,.....})}.))))|,,.....,,,(((((((((....((.((((((.....((((((.((((((((.{(.((((((({.....((((,...,))))..((((((((..((((((((.(({((((....)))),(((,.{,....},})))))))))))))).)))),,))).(((((......)))))...,((((.(((((.((.(((.....(((((..(((..((((........(((((.((((.((((((.,((,,...,{{.,...{.,(((((.{.(((....)))})})})..,{,,....|{,....}}|,}}.}})}....,,,}}.,}}}..((((......))))...,|||},,,}.,..))..))))))))))))))).....,.))))..)))..}}})))...)))))))))))))))))))))).)}.)))))))).|{{,...,,.((((((((((.....)))))}}))))....)))))))))))).)).....))))))))).))))))))))..)))))))))))))).))(((.(((..(.(((.((...((((((......)))))).)).))).)..))).))))))))).}..))).}}.}))),{...{{{.{||......((((((({((((((,{,,..,||}|||,.....,{{||||.||,..........,))})))))).......))))))..}||.}},.,,,{((((({........(((((....))))}.{{{{.........}}}}..,{,.,|||||||||..||||||||||}},|,.}})).))))).))))).))),)))}}..||||,.{{.{(((((({..,,,,|||,,,,,..,||,{{{{{,....(((((........))))),,,...,}}.})))||}}|||,.{((({.(((((((.((((((((((((.((((((.,{.{..{{{|||,,.|)}}}}......}}}...((((((.((((((({{,(({,,.((.(((((.(((((.((((((.......)))}})).))))).))))),)}..,,.((({.{{{..{{.,,,})}..}}}.}}}|,,,.,,,....)))}))))},......,)))).)))))).,,..((((.(((..(((((((.........))))))).)))..}))),..)).)))).))))).{(((.........))))))))))).))))))).,.))}}|,..{{,((,..((({{........,........}}}}}..}}}...,((((({|{......,)))))))|,.......((((((..(((((((((...........)))))))))))))))....((((((....))))))....{{{.(((..(((({..((((..((.........))..)))))))))))).}}},|}}}}))))},}}}}}}}}},..|,,.,)},}}),,},..},,)))}}}}}.)}}}))))))))))))}..)))).)))))))...))))))).))))))..)))),,{{.....,}}..{{{{,.{.{{,,.,,|....)))}.,}}..}))))).}}||},,,},)})},,.,)
Back