Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SHPRH_0010300
Sequence Length
2153 nt
GC Content
0.4412
GCAGUAGGGAGUCCAAGGAAAAUUCAGAAAGAAACUAGAAAAUCAGGGAACAAGGACACAGAUUCUGAAUACUUGCCAUCAGACACCUCUGAUGAUGAUGAUGAUCCUUACUAUUAUUAUUAUAAGUCCAGGAGAAAUCGCAGUAAAUUGAGGAAAAAGCUUGUUCCAUCCACAAAAAAAGGAAAAAGUCAACCAUUUAUCAAUCCCGAUUCACAAGGUCACUGUCCAGCUACUAGCGACUCUGGAAUAACUGAUGUUGCUAUGUCUAAAAGUACAUGUAUCUCUGAAUUCAACCAAGAACAUGAAACAGAGGACUGUGCUGAAUCUCUAAAUCAUGCUGAUAGUGAUGUACCACCUUCUAAUACCAUGAGUCCCUUUAACACCUCUGAUUACCGCUUUGAGUGUAUAUGUGGUGAACUUGAUCAGAUAGAUCGUAAGCCUCGUGUUCAAUGCCUGAAGUGUCACCUGUGGCAACAUGCAAAGUGUGUGAAUUAUGAUGAGAAAAAUCUGAAGAUCAAGCCUUUUUACUGCCCCCACUGCCUUGUUGCAAUGGAACCAGUGUCAACAAGAGCAACUCUGAUCAUCUCUCCAAGUUCCAUCUGUCACCAGUGGGUGGAUGAGAUCAACAGGCAUGUGAGGUCGUCAUCUCUUCGAGUCUUGGUAUAUCAAGGAGUGAAGAAAGAUGGCUUUUUACAACCUCAUUUUUUGGCAGAACAGGAUAUAGUUAUCAUUACCUAUGAUGUACUGCGUUCAGAAUUAAAUUAUGUCGAUAUCCCACAUAGCAAUAGUGAGGAUGGGCGUCGCCUACGGAACCAGAAGCGCUAUAUGGCUAUCCCGAGCCCCCUGGUAGCUGUGGAGUGGUGGAGGAUCUGCCUUGAUGAAGCUCAGAUGGUUGAGUGUCCCACAGUAAAAGCUGCAGAAAUGGCCCAGCGUUUGAGUGGGAUUAAUCGAUGGUGUAUCAGUGGCACUCCAGUACAGAGAGGAUUAGAGGAUCUUUUUGGGUUAGUGGUCUUUCUUGGUAUUGAACCUUACUGUGUCAAACACUGGUGGGUUCGACUUCUCUAUCGGCCUUACUGCAAGAAGAAUCCUCAGCAUCUCUACAGCUUUAUUGCCAAGAUACUGUGGAGGUCUGCAAAGAAAGAUGUGAUUGACCAAAUCCAAAUACCACCACAAACCGAAGAAAUACACUGGCUCCACUUUUCUCCAGUGGAAAGGCAUUUCUAUCACCGUCAGCAUGAGGUGUGCUGCCAGGAUGUGGUGGUAAAACUCAGGAAGAUUUCUGACUGGGCUCUGAAGCUCAGCAGCCUAGACAGAAGGACUGUCACCUCUAUCCUGUAUCCAUUGCUGAGGCUCAGACAGGCCUGCUGUCACCCACAGGCUGUUCGUGGAGAGUUCUUGCCACUCCAAAAAAGUUUUGAACAGUCUACCUUUUCUUUUAGCACCAUGACAAUGGAAGAGCUGCUGACAUCUUUGCAGAAGAAAUGUGGAACUGAAUGUGAAGAAGCACAUCGACAGCUAGUUUGUGCUCUCAAUGGCUUAGCAGGCAUUCAUAUUAUUAAAGGUGAGUAUGCCUUGGCAGCAGAAUUGUACAGAGAAGUGUUGCGCUCCUCGGAGGAACACAAAGGAAAACUCAAAACUGAUUCACUUCAAAGACUUCAUGCUACCCAUAACUUGAUGGAAUUGUUGAUAGCCAGGCACCCAGGGAUACCACCUACCUUGCGUGAUGGCCGACUUGAGGAAGAGGCCAAACAGCUGCGAGAGCACUACAUGAGCAAGUGUAAUACAGAAGUUGCUGAAGCCCAGCAAGCUUUAUAUCCUGUGCAGCAGACCAUCCAUGAGCUUCAAAGAAAGAUUCAUUCUAAUUCUCCUUGGUGGCUAAAUGUGAUCCACAGAGCAAUAGAAUUUACUAUUGAUGAGGAGCUAGUUCAGCGAGUGCGAAAUGAAAUAACCAGCAACUACAAGCAACAAACUGGCAAGCUUUCUAUGUCAGAGAAAGGUCUUCAGUUCUUACUUACAACACAAAUGGAAGAGCUAAAUAAAUGCCAGAAGCUAGUAAGAGAGGCUGUAAAAAACCUGGAGGGACCUCCAUCUCGUAAUGUUAUUGAGUCUGCAACAGUCUGUCACCUCCGACCAGCCAGACUUCCUCUCAACUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-617.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -656.84
Frequency: 0.0000
Diversity: 573.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.....((((.(((((((.((((.((((.................((((((((........((((.((((((.(((((((((....)))))))(((((((((((.......)))))))))))........((....))))))))..)).)))).....)))))))).(((((..(((((((......(((...((((.((.(((..(((((((((.(((((((((.(((.(((((((((((.(......).)).))))))).)).....((((((.((.((((((..((((..........)))).))))))))))))))...............)))))))))))).)...............((.(((............))))).....(((((((.(((((((((.(((.....(((((.....)))))...))).)))))....((((...((......))..)))))))).)))))))))))))))..)))..)).)))).)))........))))))).(((((.....((((((((((((.((....)).)).))))))).)))..((((...(((((((((...((((.(((....))))))))))).)))))...))))...(((((((.((((((((((((..(((((......)))))..))))))..))))))........))))))).....)))))....((((.((((((((((.....)))))).)))).))))...........(((((..((((((((.((....))))).))))))))))(((((((((.(((((..(.(((...(((.....)))))))..)))))..)))))).))))))))((((((..(((..(((((((((..(((..((..(((((((..((((.((((((....))...)))).)))).)))))))...))(((((((((..((((.(..((((.(..((((((((((((.(....(((((.((((.((((((((((((....((((((((..(.((((...)))).)..))))))))(((((....(((.....)))..)))))......(((.((((((((((..((........))..)))))))))))))..))))))).((.((((.....))))))......))))).)))).)))))...).)))).)))...)))))..).))))..).))))..)).))))))).......(((.(((((((((((((((((((((...(((.((.....(((((.(((((((((((...)))).))))))).)))))((.(((((((.((((((..((.......((((((((((.(((((..((((((((..(((((((((((((((((((.((....))..))))).........))))))))))....((((((((.(((((((....))))((((..........))))))))))))))).))))...(((((((....((((.(((.((.(((........))).)).))))))).....)))))))........(((((......)))))))))))))..)))).).)))..(((((.(.(((....))))))))).((((((...(((....)))))).)))......))))).))........))..))))))...).))))))))......)).))).)))))))...(((((((..(((((..(((....))).)))))....)).))))).(((((.........)))))......((((((((((.....)))).)))))))))))))).)))))).)))..)))))))))))))))..)))))).)))))))).)))))))(.(((.(((..(.(((.((...((((((......)))))).)).))).)..))).))).).(((...............)))..(((.(((......(((((((.((((((.......)))))).)....(((((((.((............))))))))).......))))))..))).))).((.(((((((........(((((....))))).((((.........))))......))))))).))..)))).....))(((............)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((,(.,,((((,(((((((.((((.((((.(({.{{.....{((((((..,,,,{{{,.,({(((({(((.,,,,.(((((((....))))))),,{{((((,{({{{.,,,}||||,,,})}.,,,..}}||...,}}(((((({{..((((.....((({,{(({.,,,.........))),.,}}|,.....{{{.((,{((..(((((((((.(((((((({{(((.,{(((((((((.(......).)).))))))).},.....((((((.((.((((((..((((..........)))).))))))))))))))...............)))))))))))).}...............{{.(((............}}}}}.,...(((((((.(((((((((.(((..,,.{((((.....))))),..))).)))))....{(((...,{......,,..)))))))).)))))))))))))))..)))}},,.,.,},}},...,,...)))))))))))),.....((((((((((((.((....)).)).))))))).)))..{(((.,.(((((((((...((((.(((....))))))))))).))))).,.)))}...(((((((.((((((((((((..(((((,....,)))))..)))))}.,)))))).,,,,,,,})))}}}.,.,,|{{{{.,{{,{,(,(((,(({{,,,,.,,)))}))}})))}))))}}}}}}....,,||||..{(((((((.{{....}}))).))))}|||||{{{{{,{{{..{{{|..|||||....(({{...,..))))}}))))),{|,||||{||{.(((((,...({{((({{((,.(({({..{{(((({..(((((((..((((.(((({,....,}...)))).)))).))))))),,,))),)})),|}||}}.}|||}}}}|.|}}.,{,(((({{((((((((((((((((((,,,.(((((((({,,..((((((((.{(,((((...)))).)}})))))))).{((({{..(((.....)))..)))))},....{{(.((((((((((..,(..,.....)),,)))))))))))))}.})))))))},.({{{.....}}}}}...((((((((((..,,,,((((({.,.((...((((((.......)))))).})}.)))))).}}.{{,.((((((,...,)))))),}.)}.)))))))))).,,}}|||||}}}}{((((.(((((((((((...)))).))))))).)))))|,....,,.}})))})))),}.}}}}}.}}|((((((((,...((.((((((,....((((((,((((((((.{(.((((((({.....((((,...,))))..((((((((..((((((((.(({((((....)))),(((,.{,....},})))))))))))))).)))),,))).(((((......)))))...,((((.(((((.((,(((.....(((((..(((..((((........(((((.((((.((((((.,((,,..,,{{.,.,.{.,(((((.{.(((....)))})})})..,{,,....|{,....}}|,}}.}})}....,,,}}.,}},..((((......))))...,|||},,,},,..))..))))))))))))))).....,.))))..)))..}}})))...)))))))))))))))))))))).)}.)))))))).|{{,...,,.((((((((((.....))))))}))))....)))))))))))).)).,...))))))))}.....)).))).)))))))).))))))){,(((.{((..(.(((.({...((((((......)))))).}).))).}..))}.))).|{{({....,..........)),.,|{{.,||......((((((({((((((,,,,..,||}|||,,....{{{||||.||,..........,))})))))).......))))))..))),)},.((.(((((((........(((((....))))).((((,........})))......))))))).))..)))).....))|||,,,,,,,,,...}})
Back