Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SHPRH_0010400

Sequence Length

375 nt

GC Content

0.4720

AGACUUCAUGCUACCCAUAACUUGAUGGAAUUGUUGAUAGCCAGGCACCCAGGGAUACCACCUACCUUGCGUGAUGGCCGACUUGAGGAAGAGGCCAAACAGCUGCGAGAGCACUACAUGAGCAAGUGUAAUACAGAAGUUGCUGAAGCCCAGCAAGCUUUAUAUCCUGUGCAGCAGACCAUCCAUGAGCUUCAAAGAAAGGUUCCGUGAUUGCAGAGGUCUUCAGUUCUUACUUACAACACAAAUGGAAGAGCUAAAUAAAUGCCAGAAGCUAGUAAGAGAGGCUGUAAAAAACCUGGAGGGACCUCCAUCUCGUAAUGUUAUUGAGUCUGCAACAGUCUGUCACCUCCGACCAGCCAGACUUCCUCUCAACUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-89.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -97.60

Frequency: 0.0000

Diversity: 81.43

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((.(((............(((((..((((((.....(((((((.(((((..........))))).))).(((((..(((....))).)))))....(((.....)))..(((((......))))).....((((((((((.....)))).))))))....))))..)))))).)))))(((((((((.......))))).))))...)))))))))).(((((....((..((.......))..))((((..............)))).....((((((..((........(((((((((...(((......)))......((.(((...))).))))).)))))).........))..)))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((.(((............(((((..((((((...{,(((((((.(((((........,.))))).))).(((((..(((....))).)))))....{{({{...,)),.(((((......))))).....((((((((((.....))))))}))))....)))),})))))).)))))(((((((((.......)))))},)))...)))))))))}}((((({{,.({............),,))||||........,,....,))},,,..((((((..{{........((((({{{{}}}}|.,,,,..........|||,(((....,|,|.|}}.}}})}),,....,,,)),.)))))),))))