Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SHPRH_0010700

Sequence Length

1487 nt

GC Content

0.4573

GUAUAUCAAGGAGUGAAGAAAGAUGGCUUUUUACAACCUCAUUUUGGCAGAACAGGAUAUAGUUAUCAUUACCUAUGAUGUACUGCGUUCAGAAUUAAAUUAUGUCGAUAUCCCACAUAGCAAUAGUGAGGAUGGGCGUCGCCUACGGAACCAGAAGCGCUAUAUGGCUAUCCCGAGCCCCCUGGUAGCUGUGGAGUGGUGGAGGAUCUGCCUUGAUGAAGCUCAGAUGGUUGAGUGUCCCACAGUAAAAGCUGCAGAAAUGGCCCAGCGUUUGAGUGGGAUUAAUCGAUGGUGUAUCAGUGGCACUCCAGUACAGAGAGGAUUAGAGGAUCUUUUUGGGUUAGUGGUCUUUCUUGGUAUUGAACCUUACUGUGUCAAACACUGGUGGGUUCGACUUCUCUAUCGGCCUUACUGCAAGAAGAAUCCUCAGCAUCUCUACAGCUUUAUUGCCAAGAUACUGUGGAGGUCUGCAAAGAAAGAUGUGAUUGACCAAAUCCAAAUACCACCACAAACCGAAGAAAUACACUGGCUCCACUUUUCUCCAGUGGAAAGGCAUUUCUAUCACCGUCAGCAUGAGGUGUGCUGCCAGGAUGUGGUGGUAAAACUCAGGAAGAUUUCUGACUGGGCUCUGAAGCUCAGCAGCCUAGACAGAAGGACUGUCACCUCUAUCCUGUAUCCAUUGCUGAGGCUCAGACAGGCCUGCUGUCACCCACAGGCUGUUCGUGGAGAGUUCUUGCCACUCCAAAAAAGGCACCAUGACAAUGGAAGAGCUGCUGACAUCUUUGCAGAAGAAAUGUGGAACUGAAUGUGAAGAAGCACAUCGACAGCUAGUUUGUGCUCUCAAUGGCUUAGCAGGCAUUCAUAUUAUUAAAGGUAGAAGGUGAGUAUGCCUUGGCAGCAGAAUUGUACAGAGAAGUGUUGCGCUCCUCGGAGGAACACAAAGGAAAACUCAAAACUGAUUCACUUCAAAGACUUCAUGCUACCCAUAACUUGAUGGAAUUGUUGAUAGCCAGGCACCCAGGGAUACCACCUACCUUGCGUGAUGGCCGACUUGAGGAAGAGGCCAAACAGCUGCGAGAGCACUACAUGAGCAAGUGUAAUACAGAAGUUGCUGAAGCCCAGCAAGCUUUAUAUCCUGUGCAGCAGACCAUCCAUGAGCUUCAAAGAAAGAUUCAUUCUAAUUCUCCUUGGUGGCUAAAUGUGAUCCACAGAGCAAUAGAAUUUACUAUUGAUGAGGAGCUAGUUCAGCGAGUGCGAAAUGAAAUAACCAGCAACUACAAGCAACAAACUGGCAAGCUUUCUAUGUCAGAGAAGUUCCGUGAUUGCAGAGGUCUUCAGUUCUUACUUACAACACAAAUGGAAGAGCUAAAUAAAUGCCAGAAGCUAGUAAGAGAGGCUGUAAAAAACCUGGAGGGACCUCCAUCUCGUAAUGUUAUUGAGUCUGCAACAGUCUGUCACCUCCGACCAGCCAGACUUCCUCUCAACUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-437.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -467.58

Frequency: 0.0000

Diversity: 401.16

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((..(((((((((........)))))))....(((((..((((((...((((.((((((((((.....)))))).)))).))))...........(((((..((((((((.((....))))).))))))))))(((((((((.(((((..(.(((...(((.....)))))))..)))))..)))))).)))........))))))..))))).((((((....))))))(((((((..((((.((((((....))...)))).)))).)))))))...))..))))))))((((.((((((((.((.((.((((((((((((((((((((.(((((((.(((((((((....((((((((..(.((((...)))).)..))))))))(((((....(((.....)))..)))))......(((.((((((((((..((........))..)))))))))))))..)))))))))...))))))).........((((((((((....((((((((.(.((...((((((.......)))))).))).)))))).)).((..((((((.....))))))...)).)))))))))).....((((((((((((((.(((((((((((...)))).))))))).))))))..........))).)))))..........(((((((((....((.((((((.....((((((.((((((((.((.((((((((....((......))..((((....))))...((((((((.((....)))))..............(((((((....((((.(((.((.(((........))).)).))))))).....))))))).(((((..(((((...(((((.((((.((((((..((....((((.(((....(((((.(.(((....))))))))).((((((...(((....)))))).))).................((((......)))).....)))))))....))..))))))))))))))))))))..)))))((((..(((....))).))))...))))))))))))).)).))))))))...........((((((((((.....)))).))))))....)))))))))))).)).....))))))))).))))))))))..)))))))))))))).))(((.(((..(.(((.((...((((((......)))))).)).))).)..))).)))))))))....................(((.(((......((((((((((((((((((.....((((.....(((((.((....)).)))))...)))).....)))..))).)))))).......))))))..))).))).((((((..((........(((((((((...(((......)))......((.(((...))).))))).)))))).........))..)))))).))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.,,{{{,((,(((((((,,,....,)))))}},.{{(({((,,((({,,...((((.((((((((((.....)))))).)))).))))...........{{(({..{{((((((.{|....,}))).))))||||,|{||{(((((,,(({,.,{{(((...{(({{..,,.,}))}..}}))),})))))},})},},|.||.}}}})),|}}}},.(((((,....||}}}}(((((((..((((.(((({,....,}...)))).)))).)))))))...,},.|{||{|,(((.{.(((((({{.{{,((.((((((((((((((((((((.(((((((.(((((((((.,..{(((((((.{(,((((...)))).)}})))))))).(((({{..(((.....)))..)))))},....(((.((((((((((..{(..,.....)),,)))))))))))))}.})))))))}...))))))).........((((((((((..,.{,((((((.,.((...((((((.......)))))).})}.)))))).}}.{{,.((((((,...,)))))),}.)).)))))))))).....((((({{{{{((((.(((((((((((...)))).))))))).))))}|,...,.....})}.))))|,,.....,,,(((((((((....((.((((((.....{(((((.((((((((.{(.((((((((,...,,......)),.((((....))))...,,(((({,,{,,,{{{}}}).,,...|}}|,...(({{(((....{{{|,|{{,({,(((,.,,,,,.||},||.}}}}|||,,..,||}}}}|,.,,,,..(((((,..{((((.((((.((((((.,((,,...,{{.....,,,(((((.{.(((....)))})})})..,{,,....|{,....}}|,}}.}})}....,,,}}.,}}}..((((......))))...,|||},.,,...,))..))))))))))))))))))))..}))}|{|||..{{{,,,.}}).))))),,))))))))))))).)}.)))))))).,{,....,}.((((((((((.....)))))}}))))....)))))))))))).)).....))))))))).))))))))))..)))))))))))))).))(((.(((..(.(((.((...((((((......)))))).)).))).)..))).))))))))).,..}}}.,,.}})}{{........}}......(((((((({{{({{{{||,,|.{{{{|,,,,|||,.|}||,,},)}})|||||{,,|},.........,}))})))))).......))))))..)){{{{..((((((..||........((((({{{,}}}}|.,,,,.........,}||,{{{...,,|,|,|}}.}}})}),,..,,}},)),,)))))).))))