Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SHPRH_0010800
Sequence Length
2809 nt
GC Content
0.4336
AUGUGUUGGAAGAGGAUGAAGAUGAUCCGGAGAGUGAGCCAGAGGGACAAGACAUUGACGAGCUGUAUCACUUUGUGAAACAAACACAUCAGCAAGAAACGCAGUCCAUCCAAGUGGAUGUCCAGCAUCCUGCAUUGAUCCCUGUGUUGAGACCCUACCAAAGAGAGGCUGUCAAUUGGAUGCUACAACAAGAGUGUUUCAGAAGCAGUCCUGCUACUGAAAGUGCCCUGCACUUCUUAUGGCGAGAGAUUGUUACAUCUGAGGGUCUGAAACUCUACUAUAAUCCAUAUACAGGCUGCAUCAUUCGUGAGUACCCAAAUUCUGGGCCGCAGUUGCUUGGUGGAAUUUUAGCAGAUGAGAUGGGUCUUGGAAAGACAGUGGAGGUUUUGGCUCUGAUUCUGACACAUACUCGACAAGAUGUCAAGCAAGAUGCUCUCACUCUUCCCGAGGGAAAAGUGGUGAAUUAUUUUAUUCCGUCACAUUAUUUUGGAGGAAAACUGAAAAAGACAGAAAUCCAGAAUAUCGAAUUUGAACCAAAAGAAAAAGUUCAAUGCCCUCCUACACGUGUGAUGAUACUGACAGCUGUGAAAGAAAUGAAUGGAAAAAAAGGAGUGUCCAUCCUUUCCAUCUAUAAGUAUGUCAGUUCUAUAUAUAGAUACGAUGUUCAACGGAACAGGAGUCUUUUGAAACGGAUGCUGAAAUGUUUAAUUUUUGAAGGUCUCGUGAAACAGAUCAAAGGCCAUGGUUUUUCUGGGACUUUUACAUUGGGAAAGAAUUACAAGGAAGAGGAUAUAUGUGAUAAAACAAAAAAGCAGGCAGUAGGGAGUCCAAGGAAAAUUCAGAAAGAAACUAGAAAAUCAGGGAACAAGGACACAGAUUCUGAAUACUUGCCAUCAGACACCUCUGAUGAUGAUGAUGAUCCUUACUAUUAUUAUUAUAAGUCCAGGAGAAAUCGCAGUAAAUUGAGGAAAAAGCUUGUUCCAUCCACAAAAAAAGGAAAAAGUCAACCAUUUAUCAAUCCCGAUUCACAAGGUCACUGUCCAGCUACUAGCGACUCUGGAAUAACUGAUGUUGCUAUGUCUAAAAGUACAUGUAUCUCUGAAUUCAACCAAGAACAUGAAACAGAGGACUGUGCUGAAUCUCUAAAUCAUGCUGAUAGUGAUGUACCACCUUCUAAUACCAUGAGUCCCUUUAACACCUCUGAUUACCGCUUUGAGUGUAUAUGUGGUGAACUUGAUCAGAUAGAUCGUAAGCCUCGUGUUCAAUGCCUGAAGUGUCACCUGUGGCAACAUGCAAAGUGUGUGAAUUAUGAUGAGAAAAAUCUGAAGAUCAAGCCUUUUUACUGCCCCCACUGCCUUGUUGCAAUGGAACCAGUGUCAACAAGAGCAACUCUGAUCAUCUCUCCAAGUUCCAUCUGUCACCAGUGGGUGGAUGAGAUCAACAGGCAUGUGAGGUCGUCAUCUCUUCGAGUCUUGGUAUAUCAAGGAGUGAAGAAAGAUGGCUUUUUACAACCUCAUUUUUUGGCAGAACAGGAUAUAGUUAUCAUUACCUAUGAUGUACUGCGUUCAGAAUUAAAUUAUGUCGAUAUCCCACAUAGCAAUAGUGAGGAUGGGCGUCGCCUACGGAACCAGAAGCGCUAUAUGGCUAUCCCGAGCCCCCUGGUAGCUGUGGAGUGGUGGAGGAUCUGCCUUGAUGAAGCUCAGAUGGUUGAGUGUCCCACAGUAAAAGCUGCAGAAAUGGCCCAGCGUUUGAGUGGGAUUAAUCGAUGGUGUAUCAGUGGCACUCCAGUACAGAGAGGAUUAGAGGAUCUUUUUGGGUUAGUGGUCUUUCUUGGUAUUGAACCUUACUGUGUCAAACACUGGUGGGUUCGACUUCUCUAUCGGCCUUACUGCAAGAAGAAUCCUCAGCAUCUCUACAGCUUUAUUGCCAAGAUACUGUGGAGGUCUGCAAAGAAAGAUGUGAUUGACCAAAUCCAAAUACCACCACAAACCGAAGAAAUACACUGGCUCCACUUUUCUCCAGUGGAAAGGCAUUUCUAUCACCGUCAGCAUGAGGUGUGCUGCCAGGAUGUGGUGGUAAAACUCAGGAAGAUUUCUGACUGGGCUCUGAAGCUCAGCAGCCUAGACAGAAGGACUGUCACCUCUAUCCUGUAUCCAUUGCUGAGGCUCAGACAGGCCUGCUGUCACCCACAGGCUGUUCGUGGAGAGUUCUUGCCACUCCAAAAAAGUUUUGAACAGUCUACCUUUUCUUUUAGCACCAUGACAAUGGAAGAGCUGCUGACAUCUUUGCAGAAGAAAUGUGGAACUGAAUGUGAAGAAGCACAUCGACAGCUAGUUUGUGCUCUCAAUGGCUUAGCAGGCAUUCAUAUUAUUAAAGGUGAGUAUGCCUUGGCAGCAGAAUUGUACAGAGAAGUGUUGCGCUCCUCGGAGGAACACAAAGGAAAACUCAAAACUGAUUCACUUCAAAGACUUCAUGCUACCCAUAACUUGAUGGAAUUGUUGAUAGCCAGGCACCCAGGGAUACCACCUACCUUGCGUGAUGGCCGACUUGAGGAAGAGGCCAAACAGCUGCGAGAGCACUACAUGAGCAAGUGUAAUACAGAAGUUGCUGAAGCCCAGCAAGCUUUAUAUCCUGUGCAGCAGACCAUCCAUGAGCUUCAAAGAAAGAUUCAUUCUAAUUCUCCUUGGUGGCUAAAUGUGAUCCACAGAGCAAUAGAAUUUACUAUUGAUGAGGAGCUAGUUCAGCGAGUGCGAAAUGAAAUAACCAGCAACUACAAGCAACAAACUGGCAAGCUUUCUAUGUCAGAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-792.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -848.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 570.92
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((..((((.......))))(.(((((((..(((...(.(((....))).)...)))..))))))).).....((((((.((.((.......))....(((((....)))))...(((((((...((((((.(((.(.((............)).).)))..)))))).))))))).......))))))))(((((((((((((((((.(((((((((...)))))).))))))).)).)))))))...))))((((((.((..(((((((....((((.....(((((.((((..((((..((....(((((((..(((((....))..))))))))))..))..))))))))))))))))).....)))))))..)).))))))..))))))))))).((((((((((.((((((..((((.((((((((.((((....)))).))))((((..............))))..(((((((((......(((.......)))...))))))))).......(((((...........)))))((((((((((.((((((((..((((.(((((.((((..(((((((((((((((....((((.......))))))))))...(((((((.((((((((......((((....(((((....)))))...))))........))).))))).))))))).....(((((((((((.((((..(((((.......))))))))))))))))))))...((((.....((((((..............))))))..............((((((((((((.(....((...((((((..................((((((((........((((.((((((.(((((((((....)))))))(((((((((((.......)))))))))))........((....))))))))..)).)))).....)))))))).(((.........))).............((((((.....(((((((((.(((((((((.(((.(((((((((((.(......).)).))))))).)).....((((((.((.((((((..((((..........)))).))))))))))))))...............)))))))))))).)...............((.(((............))))).....(((((((.(((((((((.(((.....(((((.....)))))...))).)))))....((((...((......))..)))))))).))))))))))))))).))))))......))))))..))..).)))))))))))))))).((((((((((((.((....)).)).))))))).)))..((((...(((((((((...((((.(((....))))))))))).)))))...))))..(((((((..((((((((((((..(((((......)))))..))))))..)))))).)))))))...))))))))).))))....((((.((((((((((.....)))))).)))).))))............))))).)))).))))).......))))))).))))))(((((((((.(((((..(.(((...(((.....)))))))..)))))..)))))).)))..)))).))))..)))))).((((((((...(((((..(((((((..((((.((((((....))...)))).)))).)))))))...)))))(((...(((.(.((((((((.((.((.((((((((((((((((((((.((((.((((((((((((....((((((((..(.((((...)))).)..))))))))(((((....(((.....)))..)))))......(((.((((((((((..((........))..)))))))))))))..))))))).((.((((.....))))))......))))).))))((((((((.(.((...((((((.......)))))).))).)))))).))........((((.(((.(((((((((((((((((((((...(((.((.....(((((.(((((((((((...)))).))))))).)))))((.(((((((.((((((..((.......((((((((((.(((((..((((((((..(((((((((((((((((((.((....))..))))).........))))))))))....((((((((.(((((((....))))((((..........))))))))))))))).))))...(((((((....((((.(((.((.(((........))).)).))))))).....)))))))........(((((......)))))))))))))..)))).).)))..(((((.(.(((....))))))))).((((((...(((....)))))).)))......))))).))........))..))))))...).))))))))......)).))).)))))))...(((((((..(((((..(((....))).)))))....)).))))).(((((.........)))))......((((((((((.....)))).)))))))))))))).)))))).)))...))))........))))))))))..)))))))))))))).))(((.(((..(.(((.((...((((((......)))))).)).))).)..))).))))))))).)..)))....))).((........))......)))...)))))))).)))).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((..((((.....,.}}}|,.(((((((..(((...(.(((....))).)...)))..))))))),||.......}}),,|.,|..{{{{{||.,,,((({{..,,))))}...(((((((...((((((.(((.(.((,.{......,,.)).).)))..)))))).))))))).........)))))}|{({(((((((((((((.,({((((((...)))))).,,,)))).)).)))))))...}}}}((((((.((,.(((((((....((((.....(((((,({((..{{{{,.{{.{{{(,,,,,|}}|{{||,,,,,,..,))))}||||,,}}..}))))))}}|}|}}}}}.,,,,))))))).})).))))))..))))))))))).((((((((({.(((((({.{(((.((({((((.((((....)))).))))({(({{......}}},,.}}}}..(((((((((......(((.......)))...)))))))))..,,,,{({{{{..........,))))}{(((((((((.((({((({,,(,.((((((((((,,,,..{{,,.{.{((((,...,{(((....,,.))})))))))},,,.})}.))))))){{{{....,|||,....,(((({{.{||}|,...)))).}}}},..(((((.(((.,,((((((((({(((((((((((.(((,.,(((((.......)))))))))))))))))))}...,............(((((((((((.....(((......))}.....,..((((((((((((.,....((...((((((......,,.......,,,((((((((........((((.{{((({{(((((((((....))))))),,{,{(((,,({{{.,,,,||||,,,})).},,..}}}}...})))))))}.,}}.)))}.....)))))))).(((.........)))............{{{.((,,({..(((((((((.(((((((({,(((.,{(((((((((.(......).)).))))))).},.....((((((.((.((((((..((((..........)))).))))))))))))))...............)))))))))))).}...............{{.(((............}}}}}.,,..(((((((.(((((((((.(((..,,.,((((.....))))),..))).)))))....{(((...,{......,,..)))))))).)))))))))))))))..)))))......))))))..))..}.))))))))))))..,..((((((((((((.((....)).)).))))))).)))..{(((.,.(((((((((...((((.(((....))))))))))).))))).,.)))}..(((((((,,((({({((((((..(((((,....,)))))..)))))).,)))))).))))))).)))).))))))){{{{.{{{,,,({(((,((,,,,}}.}}))),))},)))},}}}}))))))))}..,.))).)))))}}))).,,....))))))).)))))}(((((((((.(((((..(.(((...{((.....)}}))))..)))))..)))))).))),,)))).))))},}))))){{{((((((.,.(((({.,(((((((..((((.(((({,....,,...)))).)))).)))))))...}}|.|((({{.(((.{.(((((({{.{{,((.((((((((((((((((((((.(((((((.(((((((((.,..{(((((((.{(,((((...)))).)}})))))))),(((({{..(((.....)))..)))})},....(((.((((((((((..{(.,,.....)),,)))))))))))))}.))))))))}...))))))).........((((((((((..,,{,((((((.,.((...((((((.......)))))).})}.)))))).}}.{{,.((((((,...,)))))),}.)).)))))))))).....((((({{{,{((((.(((((((((((...)))).))))))).))))}|,...,.....})}.))))|,,.....,,,(((((((((....((.((((((.....((((((.((((((((.{(.((((((({.....((((,...,))))..((((((((..((((((((.(({((((....)))),(((,.{,....},})))))))))))))).)))),,))).(((((......)))))...,((((.(((((.((.(((.....(((((..(((..((((........(((((.((((.((((((.,((,,...,{{.,.,.{.,(((((.{.(((....)))})})})..,{,,....|{,....}}|,}}.}})}....,,,}}.,}},..((((......))))...,|||},,,},,..))..))))))))))))))).....,.))))..)))..}}})))...)))))))))))))))))))))).)}.)))))))).|{{,...,,.((((((((((.....)))))}}))))....)))))))))))).)).....))))))))).))))))))))..)))))))))))))).))(((.(((..(.(((.((...((((((......)))))).)).))).)..))).))))))))).,..))).}}.}))}{|........}),.,...))),..,)))}))).)))).)))..
Back