Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SHPRH_0012200
Sequence Length
2348 nt
GC Content
0.4170
GUGAAGAUGUAGAGAAACAAAAAAAAGAACCGAUGAGUAUUUGUGACAAGGGUAUUCUGGUGGAGUCAUCCUUCAGUGGUGAAAUGUUAGAAGAUUUGGGGUGGCUACAAAAGAAGAGAAGAAUAAAACUCUAUCAGAAACCAGAAGGAAAUCACAUUAUCAAGGUUGGAAUUUAUCUUUUGGAAGCUGGCCUAGCAAAACUAGACUUCUUGAGUGAUGCAAAUUCAAGAAUGAAAAAGUUCAAUCAGCUCAUGAAGAAAGUAAUGGAAAAGUUACACAAUUCUAUUAUUCCAGAUGUGUUGGAAGAGGAUGAAGAUGAUCCGGAGAGUGAGCCAGAGGGACAAGACAUUGACGAGCUGUAUCACUUUGUGAAACAAACACAUCAGCAAGAAACGCAGUCCAUCCAAGUGGAUGUCCAGCAUCCUGCAUUGAUCCCUGUGUUGAGACCCUACCAAAGAGAGGCUGUCAAUUGGAUGCUACAACAAGAGUGUUUCAGAAGCAGUCCUGCUACUGAAAGUGCCCUGCACUUCUUAUGGCGAGAGAUUGUUACAUCUGAGGGUCUGAAACUCUACUAUAAUCCAUAUACAGGCUGCAUCAUUCGUGAGUACCCAAAUUCUGGGCCGCAGUUGCUUGGUGGAAUUUUAGCAGAUGAGAUGGGUCUUGGAAAGACAGUGGAGGUUUUGGCUCUGAUUCUGACACAUACUCGACAAGAUGUCAAGCAAGAUGCUCUCACUCUUCCCGAGGGAAAAGUGGUGAAUUAUUUUAUUCCGUCACAUUAUUUUGGAGGAAAACUGAAAAAGACAGAAAUCCAGAAUAUCGAAUUUGAACCAAAAGAAAAAGUUCAAUGCCCUCCUACACGUGUGAUGAUACUGACAGCUGUGAAAGAAAUGAAUGGAAAAAAAGGAGUGUCCAUCCUUUCCAUCUAUAAGUAUGUCAGUUCUAUAUAUAGAUACGAUGUUCAACGGAACAGGAGUCUUUUGAAACGGAUGCUGAAAUGUUUAAUUUUUGAAGGUCUCGUGAAACAGAUCAAAGGCCAUGGUUUUUCUGGGACUUUUACAUUGGGAAAGAAUUACAAGGAAGAGGAUAUAUGUGAUAAAACAAAAAAGCAGGCAGUAGGGAGUCCAAGGAAAAUUCAGAAAGAAACUAGAAAAUCAGGGAACAAGGACACAGAUUCUGAAUACUUGCCAUCAGACACCUCUGAUGAUGAUGAUGAUCCUUACUAUUAUUAUUAUAAGUCCAGGAGAAAUCGCAGUAAAUUGAGGAAAAAGCUUGUUCCAUCCACAAAAAAAGGAAAAAGUCAACCAUUUAUCAAUCCCGAUUCACAAGGUCACUGUCCAGCUACUAGCGACUCUGGAAUAACUGAUGUUGCUAUGUCUAAAAGUACAUGUAUCUCUGAAUUCAACCAAGAACAUGAAACAGAGGACUGUGCUGAAUCUCUAAAUCAUGCUGAUAGUGAUGUACCACCUUCUAAUACCAUGAGUCCCUUUAACACCUCUGAUUACCGCUUUGAGUGUAUAUGUGGUGAACUUGAUCAGAUAGAUCGUAAGCCUCGUGUUCAAUGCCUGAAGUGUCACCUGUGGCAACAUGCAAAGUGUGUGAAUUAUGAUGAGAAAAAUCUGAAGAUCAAGCCUUUUUACUGCCCCCACUGCCUUGUUGCAAUGGAACCAGUGUCAACAAGAGCAACUCUGAUCAUCUCUCCAAGUUCCAUCUGUCACCAGUGGGUGGAUGAGAUCAACAGGCAUGUGAGGUCGUCAUCUCUUCGAGUCUUGGUAUAUCAAGGAGUGAAGAAAGAUGGCUUUUUACAACCUCAUUUUUUGGCAGAACAGGAUAUAGUUAUCAUUACCUAUGAUGUACUGCGUUCAGAAUUAAAUUAUGUCGAUAUCCCACAUAGCAAUAGUGAGGAUGGGCGUCGCCUACGGAACCAGAAGCGCUAUAUGGCUAUCCCGAGCCCCCUGGUAGCUGUGGAGUGGUGGAGGAUCUGCCUUGAUGAAGCUCAGAUGGUUGAGUGUCCCACAGUAAAAGCUGCAGAAAUGGCCCAGCGUUUGAGUGGGAUUAAUCGAUGGUGUAUCAGUGGCACUCCAGUACAGAGAGGAUUAGAGGAUCUUUUUGGGUUAGUGGUCUUUCUUGGUAUUGAACCUUACUGUGUCAAACACUGGUGGGUUCGACUUCUCUAUCGGCCUUACUGCAAGAAGAAUCCUCAGCAUCUCUACAGCUUUAUUGCCAAGAUACUGUGGAGGUCUGCAAAGAAAGAUGUGAUUGACCAAAUCCAAAUACCACCACAAACCGAAGAAAUACACUGGCUCCACUUUUCUCCAGUGGAAAGGCAUUUCUAUCACCGUCAGCAUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-633.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -677.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 529.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((..................((((..((((((((.......))))))))))))(((((((..((((.((((((...((((....(((((((..((....)).....((((..........)))).((((...((((((((((((..((..........))..)))).))))))))...)))).((((.....))))..(((((((((.......))))))))).........((((((.(((((((((((.((((((((((..((...))..))))))))))...((((((((......((((.......))))(.(((((((..(((...(.(((....))).)...)))..))))))).)......))))))))..........(((((((((((....)))))...(((((((...((((((.(((.(.((............)).).)))..)))))).)))))))......((((.(((((((((((((((((((((.(((((((((...)))))).))))))).)).)))))))...........)))))))).)).))..............)))))).)).))))))))).((((.....))))(((((((..((((((((......(((....((((((((((((((((((((.((((...((((((.((((.((((((((.....((.....)))))))((((...)))).(((((.((((....)))).))))).((((......))))((((((((......(((((....(((.......)))..................((((((...........))))))...))))).....))))))))..((((((((((..((..((((.((.((((............)))))).))))..))....))).)))))))((((....)))).....(((((....))))).(((.(((((((((.....((......)).....))))))))).)))..))).)))))))))).)))).))))))))))))))......(((...........)))....((((((...(((......))).....((((((.((((((((((((((....((((((((.................................)))))))).)))).(((((((....)))))))(((((((((((.......)))))))))))((..((((((((.(((((.((.(((((.(((....((((.((((.............)))).))))..............)))))))).)).(.(((((((((.(((.(((((((((((.(......).)).))))))).)).....((((((.((.((((((..((((..........)))).))))))))))))))...............)))))))))))).).........((((.(((.(((..(((((((..((((((.(((((((.............))))))).(((((((...(((((......(.(((((((((.(((((...((((..((...))..))))....)).))))))).))))).)......)))))..)))))))........(((((.....((((((((((((.((....)).)).))))))).)))..((((...(((((((((...((((.(((....))))))))))).)))))...))))...(((((((.((((((((((((..(((((......)))))..))))))..))))))........))))))).....)))))....((((.((((((((((.....)))))).)))).))))...........(((((..((((((((.((....))))).))))))))))(((((((((.(((((..(.(((...(((.....)))))))..)))))..)))))).))).(((((....((((((((((..((.((..((((((...(((((((..((((.((((((....))...)))).)))).))))))))))))).)))).)))))).)))))))))...))))).)..)))))))..)))..)))))))))))).))))))))..))((((((..(.((((...)))).)..)))))))))))).))))..)))....))).......))))))..))))))....)))...))))))))..)))))))(.((((........)))).))))))))))))))..)))).)))))).....))))........))))))).((((((......))))))))))))...))))(.(((...))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((({{{{((.,,,,.............{((,..((((((((.......))))))))}}}|((((((({.((((.((((((...((({.,..(((((((..{{,,..,......((((..........)))).{(((...((((((((((((..((..........))..)))).))))))))...)))}.((((.....))))..(((((((((.......))))))))).........((((((,((((((((({{.{(((((((((..({...})..))))))))))...((((((((,.....((((.......)))){.(((((((..(((...(.(((....))).)...)))..))))))).}....}.))))))))..........(((((((((((....)))))...(((((((...((((((.(((.(.((,.{......,,.)).).)))..)))))).)))))))......{{((,{((((((((((((((((((((.,({((((((...)))))).,,,)))).)).)))))))...........)))))))),)).,}........,.....)))))).}).))))))))).((((.....))))(((((((..(((((({,.,....(((....((((((((((((((((((((.((((...((((((.((((.{(({((({.....,,.,,..,.))))}((({...}))).{((((.((((....)))).))))|.((({......))}}((((((((.,,,,,((({{....(((.......}}}...,,}}},,,,..,...((((((...........)))))}...}}}}}.....))))))))..((((((((((.,,...{,.,.{.{((((,....{(((...,,,.))})))))))),,,.))).)))))))((({....}))).....{((((....))))}.(((.(((({{{{{.,,{.({......)),,...}))))))}),)))..)}}.)))))))))}.)))).)))))))))))))),,,.,.{{{...........|||,,,,((((({...(((......))).....,,,((({((((((((,({,{{({...((((({..,...,,.,....,|.|(({,((((....,...{{||,||{,||||,(((((((....))))))),{({(((({,(,,,..,,}}||}}},})),},,..||||...}}}}}}||,.,||{}|||....,|||}||||.,,,.........))),.,}}}......,|,.|{..||,,||||,,|.{.(((((((({,(((.,{(((((((((.(......).)).))))))).},.....((((((.((.((((((..((((..........)))).))))))))))))))...............)))))))))))).}...,,,..,{{{,.{((.(((..{{{{{{{..,{(({{.{{{{(((((((.{((((((((.(((..,,.{((((.....))))),..))).)))))....{(((...,{,,,.,.,,..)))))))).))))))),)))),}}..|||,,......))}|||..}}..,.}}}}}},|||||.....((((((((((((.((....)).)).))))))).)))..{(((.,.(((((((((...((((.(((....))))))))))).))))).,.)))}..,(((((({.((((((((((((..(((((,....,)))))..)))))}.,)))))).,,,,,,,,))))}),,,,,)||||.,,,{{{(.((((((((((.....)))))).)))).}))),,,........{{{||,.|{{{{(((,|,....,,))).)))})))))}{|{((((((.{((((..(.(((...{((....,),,))))..)))))..)))))).|||.(((((....((((((((((..((.{{..({(((({..(((((((..((((.(((({,....,}...)))).)))).)))))))}}}))),)))).)))))).))))))))).}})}})),}}.))))))}.,}}},,}))|}}}},}}|,}}}}}}}}..|{((((((.{(,((((...)))).)}})))))))),,}),}}},.,)))},,})})..,.,,.))))))..))))))..,.)))..,})))))))..))))))),.((((........)))).)))))))))))))),.}))).)))))).....))))........))))))),{(((((,.....))))))}}})))}}.))))(.(({...})))
Back