Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SHPRH_0013000
Sequence Length
2522 nt
GC Content
0.4076
AGUUCACAGUUACCAGCCAAGAAAACUUGAAAAUGAGCAGCCGACGGAAACGUGCUCCUCCAGUGAGGGUAGAUGAGGAAAAGAGGCAGCAGCUUCAUUGGAAUAUGCAUGAGGACAGAAGGAAUGAACCUAUCAUCAUAAGUGAUGAUGACGAGCAGCCCUGCCCAGGUUCAGAUACCUCUUCUGCUCAUUAUAUCAUUCUAAGUGAUAGUCUAAAGGAAGAAGUGGCUCACAGAGAUAAGAAGAGGUGUUCAAAAGUGGUGAGCUUCUCAAAACCAAUUGAAAAAGAAGAGACUGUUGGUAUUUUUUCCCCUUUGUCUGUAAAGUUAAAUAUUGUGAUUUCUCCCUAUCAUUUUGAUAAUUCCUGGAAAGCAUUUCUAGGAGAAUUAACUCUUCAGCUUCUUCCUGCACAGAGUUUAAUUGAAAAUUUUUCCGAAAGGAGUAUUACAUUGAUGAGUUCAGAGUCAAGCAAUCAGUUCCUGAUUUAUGUUCAUUCAAAAGGUGAAGAUGUAGAGAAACAAAAAAAAGAACCGAUGAGUAUUUGUGACAAGGGUAUUCUGGUGGAGUCAUCCUUCAGUGGUGAAAUGUUAGAAGAUUUGGGGUGGCUACAAAAGAAGAGAAGAAUAAAACUCUAUCAGAAACCAGAAGGAAAUCACAUUAUCAAGGUUGGAAUUUAUCUUUUGGAAGCUGGCCUAGCAAAACUAGACUUCUUGAGUGAUGCAAAUUCAAGAAUGAAAAAGUUCAAUCAGCUCAUGAAGAAAGUAAUGGAAAAGUUACACAAUUCUAUUAUUCCAGAUGUGUUGGAAGAGGAUGAAGAUGAUCCGGAGAGUGAGCCAGAGGGACAAGACAUUGACGAGCUGUAUCACUUUGUGAAACAAACACAUCAGCAAGAAACGCAGUCCAUCCAAGUGGAUGUCCAGCAUCCUGCAUUGAUCCCUGUGUUGAGACCCUACCAAAGAGAGGCUGUCAAUUGGAUGCUACAACAAGAGUGUUUCAGAAGCAGUCCUGCUACUGAAAGUGCCCUGCACUUCUUAUGGCGAGAGAUUGUUACAUCUGAGGGUCUGAAACUCUACUAUAAUCCAUAUACAGGCUGCAUCAUUCGUGAGUACCCAAAUUCUGGGCCGCAGUUGCUUGGUGGAAUUUUAGCAGAUGAGAUGGGUCUUGGAAAGACAGUGGAGGUUUUGGCUCUGAUUCUGACACAUACUCGACAAGAUGUCAAGCAAGAUGCUCUCACUCUUCCCGAGGGAAAAGUGGUGAAUUAUUUUAUUCCGUCACAUUAUUUUGGAGGAAAACUGAAAAAGACAGAAAUCCAGAAUAUCGAAUUUGAACCAAAAGAAAAAGUUCAAUGCCCUCCUACACGUGUGAUGAUACUGACAGCUGUGAAAGAAAUGAAUGGAAAAAAAGGAGUGUCCAUCCUUUCCAUCUAUAAGUAUGUCAGUUCUAUAUAUAGAUACGAUGUUCAACGGAACAGGAGUCUUUUGAAACGGAUGCUGAAAUGUUUAAUUUUUGAAGGUCUCGUGAAACAGAUCAAAGGCCAUGGUUUUUCUGGGACUUUUACAUUGGGAAAGAAUUACAAGGAAGAGGAUAUAUGUGAUAAAACAAAAAAGCAGGCAGUAGGGAGUCCAAGGAAAAUUCAGAAAGAAACUAGAAAAUCAGGGAACAAGGACACAGAUUCUGAAUACUUGCCAUCAGACACCUCUGAUGAUGAUGAUGAUCCUUACUAUUAUUAUUAUAAGUCCAGGAGAAAUCGCAGUAAAUUGAGGAAAAAGCUUGUUCCAUCCACAAAAAAAGGAAAAAGUCAACCAUUUAUCAAUCCCGAUUCACAAGGUCACUGUCCAGCUACUAGCGACUCUGGAAUAACUGAUGUUGCUAUGUCUAAAAGUACAUGUAUCUCUGAAUUCAACCAAGAACAUGAAACAGAGGACUGUGCUGAAUCUCUAAAUCAUGCUGAUAGUGAUGUACCACCUUCUAAUACCAUGAGUCCCUUUAACACCUCUGAUUACCGCUUUGAGUGUAUAUGUGGUGAACUUGAUCAGAUAGAUCGUAAGCCUCGUGUUCAAUGCCUGAAGUGUCACCUGUGGCAACAUGCAAAGUGUGUGAAUUAUGAUGAGAAAAAUCUGAAGAUCAAGCCUUUUUACUGCCCCCACUGCCUUGUUGCAAUGGAACCAGUGUCAACAAGAGCAACUCUGAUCAUCUCUCCAAGUUCCAUCUGUCACCAGUGGGUGGAUGAGAUCAACAGGCAUGUGAGGUCGUCAUCUCUUCGAGUCUUGGUAUAUCAAGGAGUGAAGAAAGAUGGCUUUUUACAACCUCAUUUUUUGGCAGAACAGGAUAUAGUUAUCAUUACCUAUGAUGUACUGCGUUCAGAAUUAAAUUAUGUCGAUAUCCCACAUAGCAAUAGUGAGGAUGGGCGUCGCCUACGGAACCAGAAGCGCUAUAUGGCUAUCCCGAGCCCCCUGGUAGCUGUGGAGUGGUGGAGGAUCUGCCUUGAUGAAGCUCAGAUGGUUGAGUGUCCCACAGUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-669.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -720.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 705.78
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.((((((((((((((.((((....)))).....((((.....(((....))))))).((((((((((.(.(.((...........)).)).))))))))))....((((((.........(((((.......(((((((.(((((((((((..(((....(((((((((...(((((.((((((........(((((((...))))))).......))))))....(((((.((.(.(((..((((((((((((...(((((((...)))...)))).))))....((((.((((..(((((((((((((.(((((....))))).....(((((((((((((((.(((((...)))))..(((((((((...))))))))).((((((((((...((........))..)))).))))))........((((....))))..............((((((((((..........((((((((((((.((((((.....)))))).))...................((((..(((.....((((((...(((.(((((((((((((.((((((.(((((...((.(((((...))))).)).)))))....)))).)).))......)))))))))))))).....)...)))))...))).)))).((((((.(((((.(((..(((((((.((..........(((((((((.......)))))))))((((....))))....(((((((((((.((((((((((..((...))..))))))))))...((((((((......((((.......))))(.(((((((..(((...(.(((....))).)...)))..))))))).)......))))))))..........(((((((((((....)))))...(((((((...((((((.(((.(.((............)).).)))..)))))).)))))))......((((.(((((((((((((((((((((.(((((((((...)))))).))))))).)).)))))))...........)))))))).)).))..............)))))).)).))))))))).((((.....))))((....((.((((......((((....((((....(((((((((((((((.((((...((((((.((((.((((((((.....((.....)))))))((((...)))).(((((.((((....)))).))))).((((......))))((((((((......(((((....(((.......)))..................((((((...........))))))...))))).....))))))))..((((((((((..((..((((.((.((((............)))))).))))..))....))).)))))))((((....)))).....(((((....))))).(((.(((((((((.....((......)).....))))))))).)))..))).)))))))))).)))).)))))))))))))))...))))..))))......)))).))..)).....(((......))).....))))))..)))....))))))))))))))..............))))))))))...........))))))))))......(((((((....)))))))(((((((((((.......))))))))))).......)))))))))))))))......)))))))((((.((((.............)))).)))).........(((......))).....(.(((((((((.(((.(((((((((((.(......).)).))))))).)).....((((((.((.((((((..((((..........)))).))))))))))))))...............)))))))))))).)...........))))))..)))).)))).))))))))..))).).)).)))))..(((((.(((.....(((((.....)))))...))).)))))(((.....))).)))))))))).))))...)))((((.((.(((.((..(((.......)))..))..))).))))))...(((((.....((((((((((((.((....)).)).))))))).)))..((((...(((((((((...((((.(((....))))))))))).)))))...))))...(((((((.((((((((((((..(((((......)))))..))))))..))))))........))))))).....)))))...........))))))))))).))))))).....))))).........))))))....(((((((.((....))))).))))((((.(((.....(((.(((...........)))...)))))))))).)))))))))))))).)((((((...)))))).....((.((((((....)))))).))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{.((((((((((((((,((((,...}}}}.....(((.(((..(((....)))))).))),((((.((((((.{{{,...,{(((((..,.{(((((..((.....((((((((.(((((((..((((((({((((((,...,})))))}..{.(((....))).,})))))).....,})))))).((((((((((((((.{((((.(((((...{((..((((.((((((..{..{{.({{{({(((({{{{,,,{(((({{(,,.}}},..|}||.}))}....,,,{.{,{,,,((({{(({((((({{(((({{{{{..,,.,...{{((((((((({(((,(((({...})))).,(((((((({...})))))))),,{{{{,{((({{{,({{{{{{{.||{{|||||||,}}}..,,,,,,{(((....)))}..,.,..,{{{,{,{{{{{{{{{{..,,.,{{,({{{||||||{{(.((((((,....}))))).)}|,......,},........((((..(((,,{,,((({{{...(((.(((((((((((((.((((((.(((((.,.{(.(((({...})))).)).)))))....)))).)).),.....,))))))))))))))....,,,,,)}))}.,.)),.)))),,,|}}},|||||}|||,{((({.((((.....))))..(((((((((.......))))))))}{({{....}))}.,}}}))|,,||||,.{(((((((((..({...})..)))))))))).,,,,|||||.}}}}}}||,|}}}},..}}}|(.(((((((..(((...(.(((....))).}...)))..))))))).)}....{{{||,,||{{{,......{{,{{{((({,..,}))))),..(((((((...((((((.(((.(.((,.{......,,.)}.).)))..)))))).))))))).......{{{{((,((((((((((((((((((.,({((((((...)))))).,,,)))),}).))))))}.....,.((((((.{({,(((((((....((((,....{((((,(,((..{{{|},||.((((....,}))){{||,,,,.,,,|))))}||||,.,}..}))}}))}||||||}}},,||,))))))}.})},)))))),,|}}})),|.}},))){{{{...)))).{(({...}))),{((((.((((....)))).))))|.((({...,,.))))((((((((..,,,,((({{....(((.......}}}...,,}}},,,,..,...((((((...........)))))}...))))).....))))))))..((((((((((.,,...{,...{.{((((,....{(((...,,,.))})))))))),,,.))).)))))))((({....}))).....{((((....))))},||}}})})))|,}}},,))))}}..})))}...}}}||{{((((({,.(({..,|{|||.,,.,,.}})))})))}))))))}}}},,,,}}}}..}}}}}}))}.............{((......))}.....})))))}),}))),,}}}.,})},,,}||.,...,,..,,...,,}}}}}|||||,,{......},|||}}|||,|,,{,(((((((....))))))){(((((((({(.......})))))))))).......)))}}})))))))))..,},}|||,....|||,}))).,,,.........)))},))))..})}},},,{{......}}}.....{.(((((((({,(((.,{(((((((((.(......).)).))))))).},.....((((((.((.((((((..((((..........)))).))))))))))))))...............)))))))))))).)..),}))))).)).},.)))))).))))....))).,))))).))))}.)))))...))))))))).,.{((((.....))))}...,))))))))....,.})})}}}}||{{,,,.,))},,((({{...})))))|...,.,(((.,,....,))}.}...}},.))))))))})))))).))))|((((((((((.((....)).)).))))))).)}...{(((.,.(((((((((...((((.(((....))))))))))).))))).,.)))}..{(((((({.((((((((((((..(((((,....,)))))..)))))}.,)))))).,,,,}},,||}||||,}|||||,...,.{(((,((((((((((.....)))))).}))).}}))..........,{{{|,,..{{{{{||,||....,}))).))}}((((.(((.....{{{.{{{...,,.,....,||||.}}}}}))))}.}))))))))))))).}({((({,{.{|,|||,{,,,{,.,{|||,..}}),))}}.))},,),......
Back