Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SHPRH_0013100
Sequence Length
1605 nt
GC Content
0.4093
GUUGGAAUUUAUCUUUUGGAAGCUGGCCUAGCAAAACUAGACUUCUUGAGUGAUGCAAAUUCAAGAAUGAAAAAGUUCAAUCAGCUCAUGAAGAAAGUAAUGGAAAAGUUACACAAUUCUAUUAUUCCAGAUGUGUUGGAAGAGGAUGAAGAUGAUCCGGAGAGUGAGCCAGAGGGACAAGACAUUGACGAGCUGUAUCACUUUGUGAAACAAACACAUCAGCAAGAAACGCAGUCCAUCCAAGUGGAUGUCCAGCAUCCUGCAUUGAUCCCUGUGUUGAGACCCUACCAAAGAGAGGCUGUCAAUUGGAUGCUACAACAAGAGUGUUUCAGAAGCAGUCCUGCUACUGAAAGUGCCCUGCACUUCUUAUGGCGAGAGAUUGUUACAUCUGAGGGUCUGAAACUCUACUAUAAUCCAUAUACAGGCUGCAUCAUUCGUGAGUACCCAAAUUCUGGGCCGCAGUUGCUUGGUGGAAUUUUAGCAGAUGAGAUGGGUCUUGGAAAGACAGUGGAGGUUUUGGCUCUGAUUCUGACACAUACUCGACAAGAUGUCAAGCAAGAUGCUCUCACUCUUCCCGAGGGAAAAGUGGUGAAUUAUUUUAUUCCGUCACAUUAUUUUGGAGGAAAACUGAAAAAGACAGAAAUCCAGAAUAUCGAAUUUGAACCAAAAGAAAAAGUUCAAUGCCCUCCUACACGUGUGAUGAUACUGACAGCUGUGAAAGAAAUGAAUGGAAAAAAAGGAGUGUCCAUCCUUUCCAUCUAUAAGUAUGUCAGUUCUAUAUAUAGAUACGAUGUUCAACGGAACAGGAGUCUUUUGAAACGGAUGCUGAAAUGUUUAAUUUUUGAAGGUCUCGUGAAACAGAUCAAAGGCCAUGGUUUUUCUGGGACUUUUACAUUGGGAAAGAAUUACAAGGAAGAGGAUAUAUGUGAUAAAACAAAAAAGCAGGCAGUAGGGAGUCCAAGGAAAAUUCAGAAAGAAACUAGAAAAUCAGGGAACAAGGACACAGAUUCUGAAUACUUGCCAUCAGACACCUCUGAUGAUGAUGAUGAUCCUUACUAUUAUUAUUAUAAGUCCAGGAGAAAUCGCAGUAAAUUGAGGAAAAAGCUUGUUCCAUCCACAAAAAAAGGAAAAAGUCAACCAUUUAUCAAUCCCGAUUCACAAGGUCACUGUCCAGCUACUAGCGACUCUGGAAUAACUGAUGUUGCUAUGUCUAAAAGUACAUGUAUCUCUGAAUUCAACCAAGAACAUGAAACAGAGGACUGUGCUGAAUCUCUAAAUCAUGCUGAUAGUGAUGUACCACCUUCUAAUACCAUGAGUCCCUUUAACACCUCUGAUUACCGCUUUGAGUGUAUAUGUGGUGAACUUGAUCAGAUAGAUCGUAAGCCUCGUGUUCAAUGCCUGAAGUGUCACCUGUGGCAACAUGCAAAGUGUGUGAAUUAUGAUGAGAAAAAUCUGAAGAUCAAGCCUUUUUACUGCCCCCACUGCCUUGUUGCAAUGGAACCAGUGUCAACAAGAGCAACUCUGAUCAUCUCUCCAAGUUCCAUCUGUCACCAGUGGGUGGAUGAGAUCAACAGGCAUGUGAGGUCGUCAUCUCUUCGAGUCUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-408.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -440.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 398.07
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((...((((((((.((((((((((((((((...........(((((((((.......)))))))))((((....))))....(((((((((((.((((((((((..((...))..))))))))))...((((((((......((((.......))))(.(((((((..(((...(.(((....))).)...)))..))))))).)......))))))))..........(((((((((((....)))))...(((((((...((((((.(((.(.((............)).).)))..)))))).)))))))......((((.(((((((((((((((((((((.(((((((((...)))))).))))))).)).)))))))...........)))))))).)).))..............)))))).)).))))))))).........)))))))).....))))((((((((((.((.((((((...(((((((((((((((.((((...((((((.((((.((((((((.....((.....)))))))((((...)))).(((((.((((....)))).))))).((((......))))((((((((......(((((....(((.......)))..................((((((...........))))))...))))).....))))))))..((((((((((..((..((((.((.((((............)))))).))))..))....))).)))))))((((....)))).....(((((....))))).(((.(((((((((.....((......)).....))))))))).)))..))).)))))))))).)))).)))))))))))))))..(((((((.........((((((.((.((.....(((......)))........((((((((((((.(....((...((((((..................((((((((........((((.((((((.(((((((((....)))))))(((((((((((.......)))))))))))........((....))))))))..)).)))).....)))))))).(((.........))).............((((((.....(((((((((.(((((((((.(((.(((((((((((.(......).)).))))))).)).....((((((.((.((((((..((((..........)))).))))))))))))))...............)))))))))))).)...............((.(((............))))).....(((((((.(((((((((.(((.....(((((.....)))))...))).)))))....((((...((......))..)))))))).))))))))))))))).))))))......))))))..))..).)))))))))))).)).)).))))))..........))))))).....((((...))))..))))))))..)))))))))).....)))).))))))))..)))((..((((.((.(((((....)))))..)).))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((({(({.(({((..{.,((((,.{(({.....))))..(((((((((.......))))))))),||,.,,.)))),)||||||..|||||.,(((((((((..({...})..)))))))))|,((({,,..|||||,..(((,{,,{{{{||||({(((((((..(((...(.(((....))).}...)))..)))))}},||....{{{{{..((((({......{{.{{{(((,,..}}))))},.,(((((((...((((((.(((.(.((,.{......,,.)}.).)))..)))))).))))))).......{{{{((,((((((((((((((((((.,({((((((...)))))).,,,)))),}).))))))}...,,{.((((((.((,.(((((((....((((,....{((((,({((..{{{{,,{{.{{{(,,,,,|}}}{{||,,,,,,..,))))}||||,,}}..}))))))}}|||||}}}.,,,,))))))).})),)))))),},}}))),,.}}})))((({...}))).{(({...}))).{((((.((((....)))).))))|.((({......))}}((((((((......(((((....(((.......}}}...,,,,},.....,...((((((...........)))))}...))))).....))))))))..((((((((((.,,...{,...{.{((((,....{(((...,,,.))})))))))),,,.))).)))))))((({....}))).....{{(((...,}}}}},}}})})}}))}},}},,))))))..))))}......{((((((((((.(((,.,(((((.......)))))))))))))))))))},,,((({.....{{{(((,,,....,,.....|||}},...,,,........((((((((((((.,....((...((((((......,,......,,,,((((((((........((((.{{((({{(((((((((....))))))),,{,{(((,,({{{.,,,,||||,,,})).},,..}}}}...})))))))}.,}}.))}}.....)))))))).(((.........)))............{{{.((,,({..(((((((((.(((((((({,(((.,{(((((((((.(......).)).))))))).},.....((((((.((.((((((..((((..........)))).))))))))))))))...............)))))))))))).}...............{{.(((............}}}}}.,,..(((((((.(((((((((.(((..,,.,((((.....))))),..))).)))))....{(((...,{......,,..)))))))).)))))))))))))))..))))}......))))))..))..}.))))))))))))})),.{(((((((((({.((....)).)).))))))).))}.)))))})))}))))))},,)))))}}}}.{{{(...,))))(((((((((.(((....)))..)))).)))))))))))}),.,))
Back