Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SHPRH_0013200

Sequence Length

1937 nt

GC Content

0.4125

AGUUCACAGUUACCAGCCAAGAAAACUUGAAAAUGAGCAGCCGACGGAAACGUGCUCCUCCAGUGAGGGUAGAUGAGGAAAAGAGGCAGCAGCUUCAUUGGAAUAUGCAUGAGGACAGAAGGAAUGAACCUAUCAUCAUAAGUGAUGAUGACGAGCAGCCCUGCCCAGGUGAAGAUGUAGAGAAACAAAAAAAAGAACCGAUGAGUAUUUGUGACAAGGGUAUUCUGGUGGAGUCAUCCUUCAGUGGUGAAAUGUUAGAAGAUUUGGGGUGGCUACAAAAGAAGAGAAGAAUAAAACUCUAUCAGAAACCAGAAGGAAAUCACAUUAUCAAGGUUGGAAUUUAUCUUUUGGAAGCUGGCCUAGCAAAACUAGACUUCUUGAGUGAUGCAAAUUCAAGAAUGAAAAAGUUCAAUCAGCUCAUGAAGAAAGUAAUGGAAAAGUUACACAAUUCUAUUAUUCCAGAUGUGUUGGAAGAGGAUGAAGAUGAUCCGGAGAGUGAGCCAGAGGGACAAGACAUUGACGAGCUGUAUCACUUUGUGAAACAAACACAUCAGCAAGAAACGCAGUCCAUCCAAGUGGAUGUCCAGCAUCCUGCAUUGAUCCCUGUGUUGAGACCCUACCAAAGAGAGGCUGUCAAUUGGAUGCUACAACAAGAGUGUUUCAGAAGCAGUCCUGCUACUGAAAGUGCCCUGCACUUCUUAUGGCGAGAGAUUGUUACAUCUGAGGGUCUGAAACUCUACUAUAAUCCAUAUACAGGCUGCAUCAUUCGUGAGUACCCAAAUUCUGGGCCGCAGUUGCUUGGUGGAAUUUUAGCAGAUGAGAUGGGUCUUGGAAAGACAGUGGAGGUUUUGGCUCUGAUUCUGACACAUACUCGACAAGAUGUCAAGCAAGAUGCUCUCACUCUUCCCGAGGGAAAAGUGGUGAAUUAUUUUAUUCCGUCACAUUAUUUUGGAGGAAAACUGAAAAAGACAGAAAUCCAGAAUAUCGAAUUUGAACCAAAAGAAAAAGUUCAAUGCCCUCCUACACGUGUGAUGAUACUGACAGCUGUGAAAGAAAUGAAUGGAAAAAAAGGAGUGUCCAUCCUUUCCAUCUAUAAGUAUGUCAGUUCUAUAUAUAGAUACGAUGUUCAACGGAACAGGAGUCUUUUGAAACGGAUGCUGAAAUGUUUAAUUUUUGAAGGUCUCGUGAAACAGAUCAAAGGCCAUGGUUUUUCUGGGACUUUUACAUUGGGAAAGAAUUACAAGGAAGAGGAUAUAUGUGAUAAAACAAAAAAGCAGGCAGUAGGGAGUCCAAGGAAAAUUCAGAAAGAAACUAGAAAAUCAGGGAACAAGGACACAGAUUCUGAAUACUUGCCAUCAGACACCUCUGAUGAUGAUGAUGAUCCUUACUAUUAUUAUUAUAAGUCCAGGAGAAAUCGCAGUAAAUUGAGGAAAAAGCUUGUUCCAUCCACAAAAAAAGGAAAAAGUCAACCAUUUAUCAAUCCCGAUUCACAAGGUCACUGUCCAGCUACUAGCGACUCUGGAAUAACUGAUGUUGCUAUGUCUAAAAGUACAUGUAUCUCUGAAUUCAACCAAGAACAUGAAACAGAGGACUGUGCUGAAUCUCUAAAUCAUGCUGAUAGUGAUGUACCACCUUCUAAUACCAUGAGUCCCUUUAACACCUCUGAUUACCGCUUUGAGUGUAUAUGUGGUGAACUUGAUCAGAUAGAUCGUAAGCCUCGUGUUCAAUGCCUGAAGUGUCACCUGUGGCAACAUGCAAAGUGUGUGAAUUAUGAUGAGAAAAAUCUGAAGAUCAAGCCUUUUUACUGCCCCCACUGCCUUGUUGCAAUGGAACCAGUGUCAACAAGAGCAACUCUGAUCAUCUCUCCAAGUUCCAUCUGUCACCAGUGGGUGGAUGAGAUCAACAGGCAUGUGAGGUCGUCAUCUCUUCGAGUCUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-494.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -534.02

Frequency: 0.0000

Diversity: 602.51

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((..........)))(((((...((((((...(((((((.(.(((...(((((...((((((((((.(.(.((...........)).)).))))))))))....)))))........(.((((((...((((((((....))))))))....((((((.((....((.......((((((.............((((..(((.....((((((...(((.(((((((((((((.((((((.(((((...((.(((((...))))).)).)))))....)))).)).))......)))))))))))))).....)...)))))...))).))))........(((((..((.(((((.((((.....))))..(((((((((.......)))))))))((((....)))).)))))))..))))).((((((((((..((...))..))))))))))...((((((((......((((.......))))(.(((((((..(((...(.(((....))).)...)))..))))))).)......)))))))).((.......))....(((((....)))))...(((((((...((((((.(((.(.((............)).).)))..)))))).)))))))......(((.(..(((((((((((((((((((.(((((((((...)))))).))))))).)).)))))))...))))))).)))....))))))......)).....)))))))).)))))).).....((((.....)))))))).)))))))((((((((((.((.((((((...(((((((((((((((.((((...((((((.((((.((((((((.....((.....)))))))((((...)))).(((((.((((....)))).))))).((((......))))((((((((......(((((....(((.......)))..................((((((...........))))))...))))).....))))))))..((((((((((..((..((((.((.((((............)))))).))))..))....))).)))))))((((....)))).....(((((....))))).(((.(((((((((.....((......)).....))))))))).)))..))).)))))))))).)))).)))))))))))))))..(((((((.........((((((.((.((.....(((......)))........((((((((((((.(....((...((((((..................((((((((........((((.((((((.(((((((((....)))))))(((((((((((.......)))))))))))........((....))))))))..)).)))).....)))))))).(((.........))).............((((((.....(((((((((.(((((((((.(((.(((((((((((.(......).)).))))))).)).....((((((.((.((((((..((((..........)))).))))))))))))))...............)))))))))))).)...............((.(((............))))).....(((((((.(((((((((.(((.....(((((.....)))))...))).)))))....((((...((......))..)))))))).))))))))))))))).))))))......))))))..))..).)))))))))))).)).)).))))))..........))))))).....((((...))))..))))))))..))))))))))...((((....))))(((((((((.(((....)))..)))).)))))..)))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((..........}))((((,..,((((((...(((..(.((((....{(((((,....,((((.((((((.{{{,...,{(((((..,.,{((({,,{,,...,,)}}}}}}.,...{((..{{..|,{(((((((....})))))))....,)}..)}|((((((((((...{{(......}},........{(({..({({{{,,(((,,{,,,(({.(((((((((((((.((((((.(((((.,.,{.(((({...})))).}).)))))....)))).)).},.....,))))))))))},||,{,,{{{{{|,}||...,,..}}})}..,}}}.|||||}}|.,(((({.((((.....))))..(((((((((.......))))))))}{(({....}))}.})))))}..}}}}}.{(((((((((..({...})..)))))))))}.(({(,(((({({{,{.((((.....,.))))(,(((((((,.({{..,(.(({....|}}.}..,|||,.}}}||}|{||..,|,..|||||||{{|.|,...|||||{((({,..}})))))}.,(((((((...((((((.(((.(.((,.{......,,.)}.).)))..)))))).))))))).......{(((((,((((((((((((((((((.,({((((((...)))))).,,,)))).}).))))))}...,,|.((((((.{(,.(((((((....((((.....{((((,({((..{{{{,.{{.{{{(.,,,,}}}}{{||,},,,,.,}))))}||||,,}}..}))))))}}|||||}}},,,|,))))))).})},)))))),}}}}))).,.}},))){{{{...}))).((({...)))),|||||,|||{.,,.|||}.}||||.{{{{...,,.}))){{((((({,,,,,,((({{....(((.......}}}...},}}}},,,..,...((((((...........)))))}...))))).....)))))))}..((((((((((.,,...{,...{.{((((,....{(((...,,,.))})))))))),,,.))).))))))){(({....}))}..,..{(({{...,|}}||,|{|||||}||{{,|||||}|}.{,,,|}||..|||||{{{((((({,,((,...{{|||.}},}}.}|||||||||}||||||||{{,((({,...,,{{{((,,,,...,.,,,.,,{|{|||....,......,,,{{,,||{|||||||}.,||},,|||||{,,.....,,.,....,|.|((((((((........((({.{{({{||(((((((((....))))))),,{,{(((,,({{{.,,,,||||,,,})),},,..})))...})))))))}.,}},))}}.....)))))))).{((.........))),.,}}}....,,}}}.,,.,}}}})})}}}.,|}||{{||||||{({.,{(((((((((.(......).)).))))))).}}.....((((((.((.((((((..((((..........)))).)))))))))))))),..........,,.,))))))})))}),}..,,,,}}},,,,.}},}}}})))))},,}}}),)))}.,,,,((({{{,.{{{,{{{{|,|||...,.,((((.....))))}}..})),))))),,.,}})}}))}))}))))))).)))},((({{,..})))))}..,,.,{{{.,.....,))},}...)),.))))))))})))))).)))){((((((((((.((....)).)).))))))).)}....{((.,.(((((((((...((((.(((....))))))))))).))))).,.)))))))))...)))).}..))))))))))))))