Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SMARCC1_0002600
Sequence Length
2848 nt
GC Content
0.4582
UAUGUUCAUGCGGAUGCUCCUACCAAUAAAACACUGGCUGGGCUGGUGGUGCAGCUUCUUCAGUUCCAGGAAGAUGCCUUUGGGAAGCAUGUCACCAACCCGGCCUUCACCAAACUCCCUGCAAAGUGUUUCAUGGAUUUCAAAGCUGGAGGCGCCUUAUGUCACAUUCUUGGGGCUGCUUACAAGUAUAAAAAUGAACAGGGAUGGCGGAGGUUUGACCUACAGAACCCAUCUCGAAUGGAUCGUAAUGUGGAAAUGUUUAUGAACAUUGAAAAAACAUUGGUGCAGAACAAUUGUUUGACCAGACCCAACAUCUACCUCAUUCCAGACAUUGAUCUGAAGUUGGCUAACAAAUUGAAAGAUAUCAUCAAACGACAUCAGGGAACAUUUACGGAUGAGAAGUCAAAAGCUUCCCACCACAUUUACCCAUAUUCUUCCUCACAAGACGAUGAAGAAUGGUUGAGACCGGUGAUGAGAAAAGAGAAGCAAGUGUUAGUGCAUUGGGGCUUUUACCCAGACAGCUAUGAUACUUGGGUCCAUAGUAAUGAUGUUGAUGCUGAAAUUGAAGAUCCACCAAUUCCAGAAAAACCAUGGAAGGUUCAUGUGAAAUGGAUUUUGGACACUGAUAUUUUCAAUGAAUGGAUGAAUGAGGAGGAUUAUGAGGUGGAUGAAAAUAGGAAGCCUGUGAGUUUUCGUCAGCGGAUUUCAACCAAGAAUGAAGAGCCAGUCAGAAGUCCAGAAAGAAGAGAUAGAAAAGCAUCAGCUAAUGCUCGAAAGAGGAAACAUUCGCCUUCGCCUCCCCCUCCGACACCAACAGAAUCACGGAAGAAGAGUGGGAAGAAAGGCCAAGCUAGCCUUUAUGGGAAGCGCAGAAGUCAGAAAGAGGAAGAUGAGCAAGAAGAUCUAACCAAGGAUAUGGAAGACCCAACACCUGUACCCAAUAUAGAAGAAGUAGUACUUCCCAAAAAUGUGAACCUAAAGAAAGAUAGUGAAAAUACACCUGUUAAAGGAGGAACUGUAGCGGAUCUAGAUGAGCAGGAUGAAGAAACAGUCACAGCAGGAGGAAAGGAAGAUGAAGAUCCUGCCAAAGGUGAUCAGAGUCGAUCAGUUGACCUUGGGGAAGAUAAUGUGACAGAGCAGACCAAUCACAUUAUUAUUCCUAGUUAUGCAUCAUGGUUUGAUUAUAACUGUAUUCAUGUGAUUGAACGGCGUGCUCUUCCUGAGUUCUUCAAUGGAAAAAACAAAUCCAAGACUCCAGAAAUAUACUUGGCAUAUCGAAAUUUUAUGAUUGACACGUAUCGUCUAAACCCCCAAGAGUAUUUAACUAGCACUGCUUGUCGGAGGAACUUGACUGGAGAUGUGUGUGCUGUGAUGAGGGUCCAUGCCUUUUUAGAGCAGUGGGGACUCGUUAAUUACCAAGUUGACCCGGAAAGUAGACCCAUGGCAAUGGGACCUCCUCCUACUCCUCAUUUUAAUGUAUUAGCUGAUACCCCCUCUGGGCUUGUGCCUCUGCAUCUUCGAUCACCUCAGGUUCCUGCUGCUCAACAGAUGCUAAAUUUUCCUGAGAAAAACAAGGAAAAACCAGUUGAUUUGCAGAACUUUGGUCUCCGUACUGACAUUUACUCCAAGAAAACAUUAGCAAAGAGUAAAGGUGCUAGUGCUGGAAGAGAAUGGACUGAACAGGAGACCCUUCUACUCCUGGAGGCCCUGGAGAUGUACAAGGAUGAUUGGAACAAAGUGUCGGAACAUGUUGGAAGUCGUACUCAGGAUGAAUGCAUCCUCCACUUUUUGAGACUUCCCAUUGAGGACCCAUACCUUGAGAAUUCAGAUGCUUCCCUUGGGCCUUUGGCCUACCAGCCUGUCCCCUUCAGUCAGUCAGGAAAUCCAGUUAUGAGUACUGUUGCUUUUUUGGCAUCUGUGGUGGACCCUCGCGUGGCAUCUGCUGCAGCAAAAGCGGCUUUGGAGGAGUUUUCUCGGGUCCGGGAGGAGGUACCACUGGAAUUGGUUGAAGCUCAUGUCAAGAAAGUACAAGAAGCAGCACGAGCCUCUGGGAAAGUGGAUCCCACCUACGGUCUGGAGAGCAGCUGCAUUGCAGGCACAGGGCCCGAUGAGCCAGAGAAGCUUGAAGGAGCUGAAGAGGAAAAAAUGGAAGCCGACCCUGAUGGUCAGCAGCCUGAAAAGGCAGAAAAUAAAGUGGAAAAUGAAACGGAUGAAGGUGAUAAAGCACAAGAUGGAGAAAAUGAAAAAAAUAGUGAAAAGGAACAGGAUAGUGAAGUGAGUGAGGAUACCAAAUCAGAAGAAAAGGAGACUGAAGAGAACAAAGAACUCACUGAUACAUGUAAAGAAAGAGAAAGUGAUACUGGGAAGAAGAAAGUAGAACAUGAAAUUUCCGAAGGAAAUGUUGCCACAGCCGCAGCAGCUGCUCUUGCCUCAGCGGCUACCAAAGCCAAGCACCUGGCUGCAGUGGAAGAAAGAAAGAUCAAGUCCCUGGUAGCUCUCUUGGUUGAGACACAAAUGAAGAAACUAGAGAUCAAACUUCGACAUUUUGAAGAGCUGGAAACUAUCAUGGACAGAGAGAAAGAAGCUCUAGAACAACAGAGGCAGCAGUUGCUUACUGAACGCCAAAACUUCCACAUGGAACAGCUGAAGUAUGCUGAAUUACGAGCACGACAGCAAAUGGAACAGCAGCAGCAUGGCCAGAACCCUCAACAGGCACACCAGCACUCAGGAGGACCUGGCCUGGCCCCACUUGGAGCAGCAGGGCACCCUGGCAUGAUGCCUCAUCAACAGCCCCCUCCCUACCCUCUGAUGCACCACCAGAUGCCACCACCUCAUCCACCCCAGCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-791.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -844.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 642.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..((((((((((..((((...........(((((((((((((((((.((....(((((........))))).((((..(((((((((((((.......(((((((.(((...((((((........(((((..........((((..(((((((((.(.......).)))))).)))..).)))......)))))))))))))).)))))))))))............((((((((((.((.(((((.(((((((((....))))))..........((((.((((.......))))))))((((((((((........((((.((((((.((((..((((........))))...))))((((((.....(((((((((..........((((((((.(((...((((((.....((((((((((((.((((((((....(((.((.....)).)))..((((...................(((((((((..((.(((((.......)))))...))..)))))))))))))(((....)))..(((.((.(....(((((((((.((((((.((((.......((((((...)))))).....))))..))))....))..)))))))))....).)).))))))))))).)))).))))))))......))))))...))).)))))))).(((((..(((((...((.((((((..(((.((.(((((((((..................((((((((((((..(((((((((....(((((((((.((((..(.((((...............)))).)..))).).))))((((((.......)))))).(((((((.((..............((.((((..........))))..)).(((...(((.....)))...))).....................)).))))))).....)))))..............(((......)))((((((.((......)).)))))).....((((((((((((.........)))...((((((.................))))))...((.(((((......))))).)).(((((((((.((((.(((((.(((((((..((((((((((...(((....(((((((.((((.....))))))))))))))...))))))))....))..)))))(((((((.....)))..)))).........(((((..............)))))((((.........))))..)).)))))...))))....))))))).))............)))))))))((((((((((..(.((.(((.((.(((...(((((((..(((((((((....)).))).))))..)))))))..))))).)))..)).)..))))...(((((....)))))...))))))...))))).))))...))))))))))))......))))))))).))...)))..)))))).))..((((((........((((....)).))........))))))........((.....)).))))))))))........(((((((((.(...(((((.(((((.(....((((((((...........)))))))))))).)).)))))....).)).)))))))((((((....))))))))))...))))).....))))))........)))))))))).)))))))..)))((.(((((((((....))))).........)))))).))))))))..)).))))...))))))......)))))))))..)))).....))))))))))).........)))))))).)))).)))).).))))))))(((.((((.....)))).(((.((((((.......((((((((((((((.......)))))...((.((.((......((((..((((((.((.....(((...(((((.((.((((((((((.....((.((..(((((((....(((((((.....((((...))))....(((((.((((((((((((..(((.(((....((((((.....((.....(((((....))))).....))......)))..((.((((.....)))).)).((((....))))..........(((.........((........)).......)))........................((........))......(((.(((((((............((((............))))............)))))))..))).................((..((((...........))))..)).....((((((...))))))...)))...))))))))))))))))))(((.....)))(((...(((((......)))))...)))..........)))))..((((.((((((.(((((.((((....((....))....))))))))).....((((((....)))))).........)))))).))))..((((.......)))).......)))))))....)))))))..)).))(((.....(((((..(((....((((..((..(((........)))))..))))...((......))...((..((((((...((((...((((......)).))...))))..))))))..)).)))..)))))......)))....)))))))).)).)))))))))))).)))))).))))......)).)).))))))))))).......)))))).))).)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(.,,({..((.(({...}))...)}.....,.)(((((((((.((((((((((((((({{(((....(((......)))))))))))).)).))))}..,.(((((((.(((...((((((........(((((...,{,....((({.{(((((((((.{.......}.)))))).)))}.),}))......)))))))))))))).))))))}.}..(((((..((((((.....}})).,.))..))))).((((((....}))))).........{((((.({(({(....))))))))),.......((((.((((((((((..((((.,{|{,.,,(({.....}},{||{,,{{{(((((,{,..{({((((({.,.,{,{{{{,{((({.(((((.....))))),{(((...((((,(({,,{(((((.((.......)).))))))))).})}}...))))...........,...(((((((((..((.(((((.......)))))...))..))))))))).,))}.,.}},,})}))))).},,}},..{{,{{({(((({{,.{((((.....,{{.|||,.}})}|,}}.},,.))))})))})}...})))))))))))).,,)),.}}))))))).)))}.{((((((((......(((((...)))))((((....(((((((((..,,......||.{(((((,,{((.((.(((((((((................,.((((((((((((..(((((((((....{((((((((.((((..{.((((...............)))).)..))).).))))((((((.......)))))).(((((((.((.....{{.......({.((((..........))))..}}.,{{...(((.....)))...}||{{{.....,,,,,........)).))))))).....}}}},..........|,,.(((......)))((((({.((......)).}))))).,...((((((((({.{,......,,|||,,.((((((...........,.....))))))...{{.(((((......))))).}},||(((((((.{(((.(((((..{(((((..((((((((((.,.{{{...{(((((((.((((.....))))))))))))}}...)))))))),...})..)))))}||{{((({,{{,...((((.........))))}}}})},}},......,||||{{,{,,,......}}}),,,}.))})),,.)))}....))))))).}}...,.,,,....)))))))))((((((((((..(,((.(((.((.(((.,.(((((((..(((((((((....)).))),))))..)))))))..})))).)))..}),),.))))...(((((....)))))...))))))...))))).))))...)))))))))))).,....))))))))).))...)))}.)))))}.}}{,{..((((({{(((...(((((...{{.....(((((((..........)))))))..}})))))...))))))))),))),)))),.}))))....))))...............(((((((({.((((((.{{((((((......,.((((((,((((((.........))))))(((((((.((.((.(({{,{{{{({.{{,{..{,,.{{{{,,{,.|,|,,,(((((((.,....((((((....))))))........,}.))))))),}},,.|,.}},)},)}))),...,}}...))).))))..))))))).(((......))).......}}))))),,}}......)))))}.,,.)))))).})))))))}(((((((((((((({((((((.{(.{((...((((........}))}))}.}})))).}}}..,..((((..((((((.(({.,,.,{{...{((({{((.((((((((((.{...((.({..(((((((....(((((((,{,..((((...}}}}},,}{{|||.((((((((((((..(((.(((....((((({.,...((.....(((((....))))).....))......)))..((.((((.....)))).)).((((....))))..........(((,.........{........{{{......)))........................{{........}}...,,.(((.(((((((............((((............))))............)))))))..))).},,.............((..((((...........))))..)).....((((((...)))))).,,})),,.))))))))))))))))))|||.,.,{||((((,..(((((......)))))...|}||,.,.........})..{|||.||||||,{((({{((((....,,....}}....))))))))}.....((((({....)))))).,,},....}}}}}}.}}}}.,(({{.......)))).......)))))))....)))))))..)).)){((.....(((({..{||,...((((..({.{(((........)))))..))))...||.....,}....((..((((((...((((...((((......)).))...))))..))))))..)).}}}..}))}}..,..,)))....)))))))).)).))))))}}}))).)))))).)))).......)))))}})))))))))))))))))))).)))))))))
Back