Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SMARCC1_0004600

Sequence Length

1518 nt

GC Content

0.4552

GAAGAUGAAGAUCCUGCCAAAGGUGAUCAGAGUCGAUCAGUUGACCUUGGGGAAGAUAAUGUGACAGAGCAGACCAAUCACAUUAUUAUUCCUAGUUAUGCAUCAUGGUUUGAUUAUAACUGUAUUCAUGUGAUUGAACGGCGUGCUCUUCCUGAGUUCUUCAAUGGAAAAAACAAAUCCAAGACUCCAGAAAUAUACUUGGCAUAUCGAAAUUUUAUGAUUGACACGUAUCGUCUAAACCCCCAAGAGUAUUUAACUAGCACUGCUUGUCGGAGGAACUUGACUGGAGAUGUGUGUGCUGUGAUGAGGGUCCAUGCCUUUUUAGAGCAGUGGGGACUCGUUAAUUACCAAGUUGACCCGGAAAGUAGACCCAUGGCAAUGGGACCUCCUCCUACUCCUCAUUUUAAUGUAUUAGCUGAUACCCCCUCUGGGCUUGUGCCUCUGCAUCUUCGAUCACCUCAGGUUCCUGCUGCUCAACAGAUGCUAAAUUUUCCUGAGAAAAACAAGGAAAAACCAGUUGAUUUGCAGAACUUUGGUCUCCGUACUGACAUUUACUCCAAGAAAACAUUAGCAAAGAGUAAAGGUGCUAGUGCUGGAAGAGAAUGGACUGAACAGGAGACCCUUCUACUCCUGGAGGCCCUGGAGAUGUACAAGGAUGAUUGGAACAAAGUGUCGGAACAUGUUGGAAGUCGUACUCAGGAUGAAUGCAUCCUCCACUUUUUGAGACUUCCCAUUGAGGACCCAUACCUUGAGAAUUCAGAUGCUUCCCUUGGGCCUUUGGCCUACCAGCCUGUCCCCUUCAGUCAGUCAGGAAAUCCAGUUAUGAGUACUGUUGCUUUUUUGGCAUCUGUGGUGGACCCUCGCGUGGCAUCUGCUGCAGCAAAAGCGGCUUUGGAGGAGUUUUCUCGGGUCCGGGAGGAGGUACCACUGGAAUUGGUUGAAGCUCAUGUCAAGAAAGUACAAGAAGCAGCACGAGCCUCUGGGAAAGUGGAUCCCACCUACGGUCUGGAGAGCAGCUGCAUUGCAGGCACAGGGCCCGAUGAGCCAGAGAAGCUUGAAGGAGCUGAAGAGGAAAAAAUGGAAGCCGACCCUGAUGGUCAGCAGCCUGAAAAGGCAGAAAAUAAAGUGGAAAAUGAAACGGAUGAAGGUGAUAAAGCACAAGAUGGAGAAAAUGAAAAAAAUAGUGAAAAGGAACAGGAUAGUGAAGUGAGUGAGGAUACCAAAUCAGAAGAAAAGGAGACUGAAGAGAACAAAGAACUCACUGAUACAUGUAAAGAAAGAGAAAGUGAUACUGGGAAGAAGAAAGUAGAACAUGAAAUUUCCGAAGGAAAUGUUGCCACAGCCGCAGCAGCUGCUCUUGCCUCAGCGGCUACCAAAGCCAAGCACCUGGCUGCAGUGGAAGAAAGAAAGAUCAAGUCCCUGGUAGCUCUCUUGGUUGAGACACAAAUGAAGAAACUAGAGAUCAAACUUCGACAUUUUGAAGAGCUGGAAACUAUCAUGGACAGAGAGAAAGAAGCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-417.1 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -443.9

Frequency: 0.0000

Diversity: 300.65

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.(((...((((((......)).))))...)))..))((((.(((((((((.((((.(((((.(((((((..((((((((((...(((....(((((((.((((.....))))))))))))))...))))))))....))..)))))(((((((.....)))..)))).........(((((..............)))))((((.........))))..)).)))))...))))....))))))).))......((..((((((.....(((((.((((..(.((.(((.((.(((...(((((((..(((((((((....)).))).))))..)))))))..))))).)))..)).)..))))...(((((....))))).)))))((((..((((((((((...(((((....)))))...(((((..(((((((.....(((((((.(((...((((((((.(((...(((((...((.....(((((((..........)))))))..)))))))...))))))))..(((((((((.(...(((((.(((((.(....((((((((...........)))))))))))).)).)))))....).)).))))))).(((((((...((((((.(((((..(.(.((((((((...((..(..((((............(((((((.((...((((((....))))))........)).)))))))))))..)..))))).)))))).).)))))..))))))..((((((...))))))(((.....(((.((((((((..((((......((((.......))))..(((((((((((.((.((.(.((.((((...(((...(((((((((((....((.(((((....(((((((..(.(((((((..((.....)).)))).))).)..))))))).................))))).))....(((((((((...((((.......))))..))))))).)).))))))..))))))))))))))).)))))))))))))))))))..)).)))))).))).....)))..((.((((.....)))).)).((((....)))).........)))))))..)))....)))))))))).....))))))).))))))))))))...............)))..))))..(((.(((((((............((((............))))............)))))))..))).................((..((((...........))))..)).....((((((...))))))(((((.......)))))(((((((........))))))).....(((((......)))))))))))..)).............((((.((((((.(((((.((((....((....))....))))))))).....((((((....)))))).........)))))).))))...........))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.(((...(((({,,,,...)),))))...)))..))((((.{((((((((.{(((.(((((.,((((((..((((((((((.,.(({...,(((((((.((((.....))))))))))))))...)))))))),...))..)))))},,{{(((,,((,...{(((.........)))))))))},}}.......,,||,{{{{,,,......,,}),,,}.))))),,.)))}....))))))).))......((..((((((...,.(((((,((((..(,((.(((.((.(((...(((((((..(((((((((....)).))},))))..)))))))..})))).)))..)),),.))))...(((((....))))).}})))|||{.,((((({((({...(((((....}}}}}...(((({..(((((((.....(((((((,{((...((((((({{(((...(((((...{{.....(((((((..........)))))))..}})))))...)))))))),.(((((((((.{.,.(((((.(((({,(....((((((((...........))))))))))))},).)))))..,.}.)).))))))).(((((((...((((((.(((((..,.(.((((((((..,{(..{..,(({{,.,.,,,,,,,(((((((.,,...((((((....))))))........,}.)))))))}}},..},.})))).)))))}...)))))..))))))..{(((((...)))))}(((.....(((.((((((((..((((......((((.......))))..(((((((((((.((.((.(.((.((((.,,{{({(.{{((((((.,{....||,||{({{,.,{((((((,,(.(({((((..((.,,..||,||}},.}},|,.}}}||||.{,||,,....}.,,,.}..))}})}.,}))},|{{{{,.,||||.,})),}},.},|||||}||,||.}}})).,}}))})).,))))))).)))))))))))))))))))..)},)))))).))).....)))..((.((((.....)))).)).((((....)))).........)))))))..,}}....)))))))))).....))))))).}))))...............,|,....))}.,})}}..{{{.(((((((............((((............))))............)))))))..))).,...............((..((((...........))))..)).....((((((...))))))(((((.......)))))(((((((........))))))).....(((((......)))))))))))..))...,,....,,..((((.((((((.(((({{((((....{,....}}....))))))))).,...((((((....))))))....,....)))))).))))...........))))