Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_SMARCC1_0004600
Sequence Length
1518 nt
GC Content
0.4552
GAAGAUGAAGAUCCUGCCAAAGGUGAUCAGAGUCGAUCAGUUGACCUUGGGGAAGAUAAUGUGACAGAGCAGACCAAUCACAUUAUUAUUCCUAGUUAUGCAUCAUGGUUUGAUUAUAACUGUAUUCAUGUGAUUGAACGGCGUGCUCUUCCUGAGUUCUUCAAUGGAAAAAACAAAUCCAAGACUCCAGAAAUAUACUUGGCAUAUCGAAAUUUUAUGAUUGACACGUAUCGUCUAAACCCCCAAGAGUAUUUAACUAGCACUGCUUGUCGGAGGAACUUGACUGGAGAUGUGUGUGCUGUGAUGAGGGUCCAUGCCUUUUUAGAGCAGUGGGGACUCGUUAAUUACCAAGUUGACCCGGAAAGUAGACCCAUGGCAAUGGGACCUCCUCCUACUCCUCAUUUUAAUGUAUUAGCUGAUACCCCCUCUGGGCUUGUGCCUCUGCAUCUUCGAUCACCUCAGGUUCCUGCUGCUCAACAGAUGCUAAAUUUUCCUGAGAAAAACAAGGAAAAACCAGUUGAUUUGCAGAACUUUGGUCUCCGUACUGACAUUUACUCCAAGAAAACAUUAGCAAAGAGUAAAGGUGCUAGUGCUGGAAGAGAAUGGACUGAACAGGAGACCCUUCUACUCCUGGAGGCCCUGGAGAUGUACAAGGAUGAUUGGAACAAAGUGUCGGAACAUGUUGGAAGUCGUACUCAGGAUGAAUGCAUCCUCCACUUUUUGAGACUUCCCAUUGAGGACCCAUACCUUGAGAAUUCAGAUGCUUCCCUUGGGCCUUUGGCCUACCAGCCUGUCCCCUUCAGUCAGUCAGGAAAUCCAGUUAUGAGUACUGUUGCUUUUUUGGCAUCUGUGGUGGACCCUCGCGUGGCAUCUGCUGCAGCAAAAGCGGCUUUGGAGGAGUUUUCUCGGGUCCGGGAGGAGGUACCACUGGAAUUGGUUGAAGCUCAUGUCAAGAAAGUACAAGAAGCAGCACGAGCCUCUGGGAAAGUGGAUCCCACCUACGGUCUGGAGAGCAGCUGCAUUGCAGGCACAGGGCCCGAUGAGCCAGAGAAGCUUGAAGGAGCUGAAGAGGAAAAAAUGGAAGCCGACCCUGAUGGUCAGCAGCCUGAAAAGGCAGAAAAUAAAGUGGAAAAUGAAACGGAUGAAGGUGAUAAAGCACAAGAUGGAGAAAAUGAAAAAAAUAGUGAAAAGGAACAGGAUAGUGAAGUGAGUGAGGAUACCAAAUCAGAAGAAAAGGAGACUGAAGAGAACAAAGAACUCACUGAUACAUGUAAAGAAAGAGAAAGUGAUACUGGGAAGAAGAAAGUAGAACAUGAAAUUUCCGAAGGAAAUGUUGCCACAGCCGCAGCAGCUGCUCUUGCCUCAGCGGCUACCAAAGCCAAGCACCUGGCUGCAGUGGAAGAAAGAAAGAUCAAGUCCCUGGUAGCUCUCUUGGUUGAGACACAAAUGAAGAAACUAGAGAUCAAACUUCGACAUUUUGAAGAGCUGGAAACUAUCAUGGACAGAGAGAAAGAAGCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-417.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -443.90
Frequency: 0.0000
Diversity: 300.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((...((((((......)).))))...)))..))((((.(((((((((.((((.(((((.(((((((..((((((((((...(((....(((((((.((((.....))))))))))))))...))))))))....))..)))))(((((((.....)))..)))).........(((((..............)))))((((.........))))..)).)))))...))))....))))))).))......((..((((((.....(((((.((((..(.((.(((.((.(((...(((((((..(((((((((....)).))).))))..)))))))..))))).)))..)).)..))))...(((((....))))).)))))((((..((((((((((...(((((....)))))...(((((..(((((((.....(((((((.(((...((((((((.(((...(((((...((.....(((((((..........)))))))..)))))))...))))))))..(((((((((.(...(((((.(((((.(....((((((((...........)))))))))))).)).)))))....).)).))))))).(((((((...((((((.(((((..(.(.((((((((...((..(..((((............(((((((.((...((((((....))))))........)).)))))))))))..)..))))).)))))).).)))))..))))))..((((((...))))))(((.....(((.((((((((..((((......((((.......))))..(((((((((((.((.((.(.((.((((...(((...(((((((((((....((.(((((....(((((((..(.(((((((..((.....)).)))).))).)..))))))).................))))).))....(((((((((...((((.......))))..))))))).)).))))))..))))))))))))))).)))))))))))))))))))..)).)))))).))).....)))..((.((((.....)))).)).((((....)))).........)))))))..)))....)))))))))).....))))))).))))))))))))...............)))..))))..(((.(((((((............((((............))))............)))))))..))).................((..((((...........))))..)).....((((((...))))))(((((.......)))))(((((((........))))))).....(((((......)))))))))))..)).............((((.((((((.(((((.((((....((....))....))))))))).....((((((....)))))).........)))))).))))...........))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.(((...(((({,,,,...)),))))...)))..))((((.{((((((((.{(((.(((((.,((((((..((((((((((.,.(({...,(((((((.((((.....))))))))))))))...)))))))),...))..)))))},,{{(((,,((,...{(((.........)))))))))},}}.......,,||,{{{{,,,......,,}),,,}.))))),,.)))}....))))))).))......((..((((((...,.(((((,((((..(,((.(((.((.(((...(((((((..(((((((((....)).))},))))..)))))))..})))).)))..)),),.))))...(((((....))))).}})))|||{.,((((({((({...(((((....}}}}}...(((({..(((((((.....(((((((,{((...((((((({{(((...(((((...{{.....(((((((..........)))))))..}})))))...)))))))),.(((((((((.{.,.(((((.(((({,(....((((((((...........))))))))))))},).)))))..,.}.)).))))))).(((((((...((((((.(((((..,.(.((((((((..,{(..{..,(({{,.,.,,,,,,,(((((((.,,...((((((....))))))........,}.)))))))}}},..},.})))).)))))}...)))))..))))))..{(((((...)))))}(((.....(((.((((((((..((((......((((.......))))..(((((((((((.((.((.(.((.((((.,,{{({(.{{((((((.,{....||,||{({{,.,{((((((,,(.(({((((..((.,,..||,||}},.}},|,.}}}||||.{,||,,....}.,,,.}..))}})}.,}))},|{{{{,.,||||.,})),}},.},|||||}||,||.}}})).,}}))})).,))))))).)))))))))))))))))))..)},)))))).))).....)))..((.((((.....)))).)).((((....)))).........)))))))..,}}....)))))))))).....))))))).}))))...............,|,....))}.,})}}..{{{.(((((((............((((............))))............)))))))..))).,...............((..((((...........))))..)).....((((((...))))))(((((.......)))))(((((((........))))))).....(((((......)))))))))))..))...,,....,,..((((.((((((.(((({{((((....{,....}}....))))))))).,...((((((....))))))....,....)))))).))))...........))))
Back