Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SMARCC1_0011400

Sequence Length

1402 nt

GC Content

0.4643

CCAGUCAGAAGUCCAGAAAGAAGAGAUAGAAAAGCAUCAGCUAAUGCUCGAAAGAGGAAACAUUCGCCUUCGCCUCCCCCUCCGACACCAACAGAAUCACGGAAGAAGAGUGGGAAGAAAGGCCAAGCUAGCCUUUAUGGGAAGCGCAGAAGUCAGAAAGAGGAAGAUGAGCAAGAAGAUCUAACCAAGGAUAUGGAAGACCCAACACCUGUACCCAAUAUAGAAGAAGUAGUACUUCCCAAAAAUGUGAACCUAAAGAAAGAUAGUGAAAAUACACCUGUUAAAGGAGGAACUGUAGCGGAUCUAGAUGAGCAGGAUGAAGAAACAGUCACAGCAGGAGGAAAGGAAGAUGAAGAUCCUGCCAAAGGUGAUCAGAGUCGAUCAGUUGACCUUGGGGAAGAUAAUGUGACAGAGCAGACCAAUCACAUUAUUAUUCCUAGUUAUGCAUCAUGGUUUGAUUAUAACUGUAUUCAUGUGAUUGAACGGCGUGCUCUUCCUGAGUUCUUCAAUGGAAAAAACAAAUCCAAGACUCCAGAAAUAUACUUGGCAUAUCGAAAUUUUAUGAUUGACACGUAUCGUCUAAACCCCCAAGAGUAUUUAACUAGCACUGCUUGUCGGAGGAACUUGACUGGAGAUGUGUGUGCUGUGAUGAGGGUCCAUGCCUUUUUAGAGCAGUGGGGACUCGUUAAUUACCAAGUUGACCCGGAAAGUAGACCCAUGGCAAUGGGACCUCCUCCUACUCCUCAUUUUAAUGUAUUAGCUGAUACCCCCUCUGGGCUUGUGCCUCUGCAUCUUCGAUCACCUCAGGUUCCUGCUGCUCAACAGAUGCUAAAUUUUCCUGAGAAAAACAAGGAAAAACCAGUUGAUUUGCAGAACUUUGGUCUCCGUACUGACAUUUACUCCAAGAAAACAUUAGCAAAGAGUAAAGGUGCUAGUGCUGGAAGAGAAUGGACUGAACAGGAGACCCUUCUACUCCUGGAGGCCCUGGAGAUGUACAAGGAUGAUUGGAACAAAGUGUCGGAACAUGUUGGAAGUCGUACUCAGGAUGAAUGCAUCCUCCACUUUUUGAGACUUCCCAUUGAGGACCCAUACCUUGAGAAUUCAGAUGCUUCCCUUGGGCCUUUGGCCUACCAGCCUGUCCCCUUCAGUCAGUCAGGAAAUCCAGUUAUGAGUACUGUUGCUUUUUUGGCAUCUGUGGUGGACCCUCGCGUGGCAUCUGCUGCAGCAAAAGCGGCUUUGGAGGAGUUUUCUCGGGUCCGGGAGGAGGUACCACUGGAAUUGGUUGAAGCUCAUGUCAAGAAAGUACAAGAAGCAGCACGAGCCUCUGGGAAAGUGGAUCCCACCUACGGUCUGGAGAGCAGCUGCAUUGCAGGCACAGGGCCCGAUGAGCCAGAGAAGCUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-390.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -416.59

Frequency: 0.0000

Diversity: 428.35

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.((..(((((......(((..((((((((((.(((....((((((.((..(((.........((((.((((..(.((((...............)))).)..))).).))))..((((((((...((((....(((((((((.(((.((.......(..((((..........))))..)(((((.(((((............(((((.....)))))..(((((...)))))...........................(((......)))((((((.((......)).)))))).((..((.(((((.(.........((((((((((((((.................))))))..(((((((((......)))).....)))))(((((.((((((((((..(.......)..)))))))))).)))))(((((((.((((.....))))))))))).......)))))))).....).))))).))..))..((((((((((.....(((..((((.(.((((((((((((.(((((((((.........))))...(((.......))).......))))).))))))...((((((((.(((.(((((((((((((.(((((((((....(((.(((.((((.......)))).))).)))((.((((..((((((((.((.(((.(((...(((..((((.(((((....)))))........)))))))))).)))...)))))))).))..))))))..((((....))))..)))))))))......)))))))))).)))..)))))).)))))..(((((((..........)))))))...((((.........))))..(((((((((.(...(((((.(((((.(....((((((((...........)))))))))))).)).)))))....).)).))))))).........))))))..).))))..))).(((......)))...(((.((((....)))).)))((((((.((...((((((....))))))........)).)))))))))))))))).)))))))))).)).))).).))))))))..)))).)))))))).....((((.(...........).))))...)))..)).))))))))).))))))))))...)))....))))).)).)).)))(...(((....))).((((..((((((.......((((((((((((((.((.(((.(((((......(((((..((((.((((......).))).).)))..))...)))........)))))))))).)))...(((((.((.((....)).)).)))))...)))))))).)))))))))..)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{,,(((....,(({{,,..,..,.,,,.,....{,((((((((((((..(((((((((....{({{{((((.((((..(.((((...............)))).)..))).).))))((((((.......)))))).(((((((.((.....{{.......({.((((..........))))..}}.,{{...(((.....)))...}||{{{.....,,},}........)).))))))).....}}},,..........,.,.(((......)))((((({.((......)).}))))).,,..((((((((({.{,......,,|||,,.((((((...........,.....))))))...{{.(((((......))))).}},||(((((((.{(((,(((((,.{(((((..{(((((((({.|.{{|...{(((((((.((((.....))))))))))))}}...))))))))}...})..)))))}||{{((({{{{,...((((.........))))}}}})},}},,..,..{||||{{,{,,,......}}}),,,}.}}})),,.))),....))))))).}}...,.,,,....)))))))))((((((((((..(,((.(((.((.(((.,.(((((((..(((((((((....)).))),))))..)))))))..})))).)))..}),),.)))).,.(((((....)))))...))))))...))))).))))...))))))))))))...,.{|||(((((((((({{{(((.(((((((((.((..((((((.((((((({.((((((((({,.(((((((..........)))))))...,({{,,,{{|.,{,,,..,|({{,,,...,,|||.,,,.||{|,,|....,,|||||,,{{{{{{,.{{{{{|,|||{{(({...,,.,,((((({,((((((.........))))))(((((((.((.((.(({{,{({{({.{{,{..{,,.(({{,,{,.|,|,,,(((((((.,,...((((((....))))))........,}.))))))),}|,,,|,.}},}},))))),...,}}.,.))).))})..))))))).(({......))).,.....}}}}))),,}}.,,...)))))}..,.)))))).})))))}))))))}))))}{{((({{(({{.{{,(((.,,,((({(.......)))))..,.(({((...}})))}}))))),}))},}}},))})}}},..||||||},}}||,||}}},,..,},,,,.},})))))).))))))..))}...((((...)))),,.,}})),)))}}))}},,},.,.}|||||,},,|||}},..,.)}}.,....)))))