Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SMARCC1_0014500

Sequence Length

674 nt

GC Content

0.4362

AUGAGCAGGAUGAAGAAACAGUCACAGCAGGAGGAAAGGAAGAUGAAGAUCCUGCCAAAGGUGAUCAGAGUCGAUCAGUUGACCUUGGGGAAGAUAAUGUGACAGAGCAGACCAAUCACAUUAUUAUUCCUAGUUAUGCAUCAUGGUUUGAUUAUAACUGUAUUCAUGUGAUUGAACGGCGUGCUCUUCCUGAGUUCUUCAAUGGAAAAAACAAAUCCAAGACUCCAGAAAUAUACUUGGCAUAUCGAAAUUUUAUGAUUGACACGUAUCGUCUAAACCCCCAAGAGUAUUUAACUAGCACUGCUUGUCGGAGGAACUUGACUGGAGAUGUGUGUGCUGUGAUGAGGGUCCAUGCCUUUUUAGAGCAGUGGGGACUCGUUAAUUACCAAGUUGACCCGGAAAGUAGACCCAUGGCAAUGGGACCUCCUCCUACUCCUCAUUUUAAUGUAUUAGCUGAUACCCCCUCUGGGCUUGUGCCUCUGCAUCUUCGAUCACCUCAGGUUCCUGCUGCUCAACAGAUGCUAAAUUUUCCUGAGAAAAACAAGGAAAAACCAGUUGAUUUGCAGAACUUUGGUCUCCGUACUGACAUUUACUCCAAGAAAACAUUAGCAAAGAGUAAAGGUGCUAGUGCUGGAAGAGAAUGGACUGAACAGGAGACCCUUCUACUCCUGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-180.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -194.48

Frequency: 0.0000

Diversity: 139.36

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....(((((.((((...........((((((.................))))))...((.(((((......))))).)).(((((((((.((((.(((((.(((((((..((((((((((...(((....(((((((.((((.....))))))))))))))...))))))))....))..)))))(((((((.....)))..)))).........(((((..............)))))((((.........))))..)).)))))...))))....))))))).)).......((((((((.(((.(((((((((((((.(((((((((....(((.(((.((((.......)))).))).)))((.((((..((((((((.((.(((.(((...(((..((((.(((((....)))))........)))))))))).)))...)))))))).))..))))))..((((....))))..)))))))))......)))))))))).)))..)))))).)))))..(((((((..........)))))))...((((.........))))..(((((((((.(...(((((.(((((.(....((((((((...........)))))))))))).)).)))))....).)).)))))))))))...)))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....(((((.((((.....,,,,,.((((((...........,.....))))))...{{|({{{{.,,{,,|||||,|||{{(((((((.{(((.(((((.,((((((..((((((((((.,.(({...,(((((((.((((.....))))))))))))))...)))))))),...})..)))))},,{{(((,,((,...{(((.........)))))))))},}},......,,||,{{,{,,,......,}}),,,}.))))),,.)))}....))))))).}}.......((((((((.(((.(((((((((((((.(((((((((,..{(((.(((.((((,,....,)))),))).)))|{.((((..((((((({,{{.{{{.(((...(({.,((((.(((((....)))))......,.)))))))))).})}...)})))))).))..))))}...((((....)))).,)))))))))......)))))))))).)))..)))))).)))))..{((((((..........)))))))...|||}}}}},,...,}}}..(((((((((.{.,.(((((.(((({,(....((((((((...........))))))))))))},).)))))..,.}.)).)))))))))))...)))))...