Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SMARCC1_0015500

Sequence Length

494 nt

GC Content

0.3502

GAGUUCAAGAGCAGCCUUGCCUCUACUGAAAAACACACACAUAAAAAGAACAGAUCCAAAUUUAUAUAGAGAGAAGACCACACUCGGGUACAUUAUGCUUAAUUUCUUAAAAACUAACAUCUUAAAAGCAGACAUGGAGGGUGGGGGCGAGGGUAGAGAAGAACAUAUUACAUUCAAAAGAACAAUAAUAAAACUGAUAGCUGACUUUUCAACAAAAAUGAUCAAAGCCAAAGGACAUUUUUAAAUUGGAAAAGAAAAACUAUCUAUCUGGAAUUCUCUAUCCAGUAGACAUUACUUUCAAAAUUGAAGGUGAAAUAAAGACGUUUGUAGGCAUUCACAAUGUACAGAAGUUAUCGCUAGCACACAGUAUAAGAAAAGUAAAGGAAUGUCUUCAGCAUGAAGGAUAAUGAUCCCAGAUGAAAGCACAUGACUCCAUGAAGGAAUAAGGAGCAGAGAAAAGGGUAAUCUGUGUGGUUAAAUAUAAAGUAAUACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-81.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -92.55

Frequency: 0.0000

Diversity: 106.88

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((.((((((....)).))))..((.....))............))))...))(....((((..........((((((((..((.(((....(((((.(((((((...........(((.......)))(((((((.(((..(((((((((((((((...(((((((..(((....)))...))))).....(((((....((((((...(((((((.((..........)))))))))......)))))).....)))))....))...))))))))))........(((((((((....)))))))))......(((.(((((..(((((...)))))))))).))).)))))..)))......................(((((((...(((...((((....))))...))).))).))))..))))))))))))))...))))).........))).)).)))))))).........))))....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((.(({(({....})}}))}..{{...................}}}}...}}{....{{{{..........((((((((..(({({(.,,.(((((.,((((((...........{{{.......,,,(((((((.(((..(((((((((((((((...({(((({..(((....)))...})}}}.....(((((.,..(((((({{.(((((((.((..........)))))))))...})})))))).....)))))....})...))))))))))........(((((((((....)))))))))......(((.(((((,.(((({...}))))))))).))).)))))..},),}....................{((({(({{.,.({..((((....))))}}..)),},).))})..))))))),}))}}}..,))))).........))},))})))))))).........}}}}....)