Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_SMARCC1_0017800

Sequence Length

1327 nt

GC Content

0.4137

GUAAACUGUUUGACUUUUUCUGAGACAUUUAACUGUAGGAAUUUACUUAUGCAUGCUGUCUAAUGUUUGCUUGAUUAAACUGGUUGUUUCAACUGGGUAAAACACCUAAUUUUAGUUAUGCCAUUUAGGGGUUGAUUAUAUUUUGUUUCCUUUCAUUUCAUUCAAUUUAAUUAUUUUAUUUUUAUUCUAUUUUAUUAAUUUAAUUUUAUUGUCAAGAUGGGGUUUCACAGUGUUGCCAAGGCUGGUCUCGAUCUCCUGGCCUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCCGCCUCCCGAAGUAUUGUGAUUGCAGGCAUGAGCACUGUGUUCAGCAUUAGAGGUUGAAAAUUUUAAAUAUUUAAUUUAGGCUGGGUGCAGUGGCUUACACCUGUAUUCCCAGCACUUCAAGAAGCCAAGAUGGGCGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCGAGCCUGGCCAACAUGGCGAAACCCCAUCUUUACUAAAAAUAUAAAAAUUAGCCAAGCGUGGUGGCACAUGACUGUAAUCUUAGCUAUUGGGGAGGCUGAGGCAGGAGAACUCAGGAGACAGAGAUUGCAGUGAGCUGAGAUCGUCCCACUGCAUUCCAGCCUGCGCAACAGAGCAAGAUUGUGUCUCAAAAAAAAAAACACAAAAUAAAAUAUUUAAUUUAGCCUUCUAGAUUUUACAGUUCACAUUUUAAAUUUUUUAGUCAAAUCAUAAAAUAACCAGGGAUGGAGUGGAUUCAGGUUGGGAGUGGAUAAGCUCUGCGCCCUAGCUCUGCCGAAAUUAAAAAAAAAAAAAAAACGGCCAGGCAUGGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGUGGGUAGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGUCUGGCCAACAUGGCGAAAACCCAUUUCUACUAAAAAUACAAAAAAUUAGCUGCGCAUGGUGAUGGUCACCUGUAAUCCCAGCUACUUGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCUCUUGAACCAAGGAUGCGGAGGAGGUUGCAGUGAGCUGAGAUCGCACCAUUGCACUCCAGCCUUAGAGACAGAGCGAGACUCUGUCACGAAAAAUGCGGAUUUUUUUAAUGUGUGUAUUUGGUCUAUGUGUGAGUUCUUUUAUUACCAUGGACCUAAAUGCGUAUUCGUGCUCUCAUUUCUGUGAUUGAAAUGAUUAGGCUUUGUAAUAGGUUUGGGGGUGCUGUGUUAUCAACAUUACUUGUGGCUUGUAGAAAUUGUUCGUCACAUAACAAAAUCUGUCAAGUAGUUUGUGAUGUUUGACAGCCUGCUGAGCACAUUUACUGGUUUUAUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-442.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -464.99

Frequency: 0.0000

Diversity: 204.78

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((...(((((...........))))).......(((((((((((.(((.(((.((........)).))).))).))).(((((((...)))))))...(((((...(((..((((((..((......))..)))))).))).))))).....(((((....((((..(((((..(((.................)))..)))))..))))...)))))(((((((.(.(((((((((.((((((((((((.((((((((((((.(.((((..((((((((.((((((((((((.(((.(((((((((..(((((((((((((((((.......)))))......(((((.....)))))((((((((((((.((((((....(.((((((((((.((....(((.((((((((((.(..((.((((.(((((((........)))))))..)).)).))..))))))))..((((((((....(((((..((((.......))))....((((((((((((.(((.(((.(.((((((..((((((((.(((((...((..........))...))))).)).)))...)))....)))))).).)))...)))))))((((((.............))))))............(((((((....)))))))))))))))...)))))....))))))))...............(((....)))..))).))))))))))))))).))))))))))))))).))))((((((.....................))).)))))))))).)))))..))))))))).))).)))))))))))).))))))))..)))).).)))))))))))).))))))))))))))).)))))).).).))))))))))))))......)))((((((((((.((((((((((((...))))).....((((((....))))))..(((((((.((((((((((((...((........))))))))))((((((.((.......))..)))))).)))).))))))).(((((((.....))))))).....(((((((.((.........)).)))))))((((((((.((((.........))))))))))))...)))))))...(((((((((((((.......)))))))..((((((......))))))((.((.(((((......((((((((.....(((((((((..(((((........)))))..)))).))))).....))))))))..))))))).)))))))).....)))))))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,((({((({{,{.......,,|||||.,..,,.((({{,,{,,,.{{{.(((.((........)).))).}}}.}}}|{{(((((...))))}||{|.,||||}}||,...{{|||{,,{{....,|}|||||||},..,,,|||,,,,,..,,,,,....((((..(((((..(((.................)))..)))))..))))...|{(((((.{(((.(.((((((((,,((((((((((((.((((((((((((.(.((((..((((((((.((((((((((((.(((.(((((((((..(((((((((((((((((.......)))))......{{{,,.....)}}},((((((((((((.((((((..,.{.{(((((((((.((....(({.((((((((((.(..((.((((.(((((((........)))))))..)).)).))..))))))))}.((((((((..{,(({....((((.......))))...,((((((((((((.(((.(((.(.(((((({{((((((((.(((((...((.,......}.))...))))).)).))}..,))).}},)))))).).)))...)))))))|(((((.............)))))|.,,......,,.(((((((....))))))),))))))},,..}))),...))))))))...............(((....)))..})).})))))))))))))).})))))))))))))).))))((((((.....................)))},))))))))),}))))..))))))))).))).)))))))))))).))))))))..)))).).)))))))))))).)))))))))))))))},))))).).))),.)))))))..,,.....,|||{|{{({|||||{{((((.(((((...)))))}}}..((((({....,)))))..(((((((.(((({(((((((...((........)})))))))|((((((.({.,.....))..)))))).)))).))))))).(((((((.....))))))).....,,{{|||,||},}}}...}})})((((((((((((((.((((.........)))))))))))).))))))|||...(((((((((((((.......)))))))..{(((((......)))))}{(.((.(((((.....,((((((((.....(((((((((..(((((........)))))..)))).))))).....)))))))),}))))))).))))))))...}}),))))),.,.